103 Abies alba

103.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.jmpahh
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252420-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:18:46.609+00:00
  Modified: 2023-05-20T15:24:33.325+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252420-230224095556074.zip
  Total records: 128944

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 128944 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.296237 ymin: -43.358 xmax: 172.839797 ymax: 69.557984
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 128,944 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      3e7 835613da-… 00DDF612-ED… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 2      2e9 835613da-… 8ABC5B75-B8… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 3      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 4      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 5      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 6      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 7      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 8      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 9      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
10      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
# ℹ 128,934 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 128 944 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Abies alba dans le monde.

Figure 103.1: Occurrences de Abies alba dans le monde.

103.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9998448939
[1] 0.0001008189602
[1] 1.551060926e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Abies alba dans la région d'endémisme.

Figure 103.2: Occurrence de Abies alba dans la région d’endémisme.

103.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      120848         4297         3779 
[1] 96.66702864
Occurrence de Abies alba dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 103.3: Occurrence de Abies alba dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 124627

103.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -7.731111 ymin: 37.87 xmax: 23.427361 ymax: 69.557984
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 2     4 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 3     1 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 4     3.e9 77f833ab-… c8d20d1a-63… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 5     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 6     4 e9 72e23311-… AmphiConsul… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 7     3.e9 f11a63fa-… 8324c99a-3c… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 8     2 e9 4ebe5835-… 96fdf224-05… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 9     3.e9 2e102194-… 41712_IPlus… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
10     2 e9 67fabcac-… 22058616     Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

103.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Abies alba dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 103.4: Occurrence de Abies alba dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

103.2 Modélisation de la niche climatique

103.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -7.731111, 23.427361, 37.87, 69.557984  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= abal Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  abal

     24993 presences,  0 true absences and  72918 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min          temp_wet_quart       temp_season        prec_wet_quart     
 Min.   : 2.272   Min.   :-22.084000   Min.   :-9.618667   Min.   : 202.5070   Min.   :   3.0000  
 1st Qu.:19.980   1st Qu.: -8.720000   1st Qu.: 7.992666   1st Qu.: 619.7362   1st Qu.: 181.0000  
 Median :22.764   Median : -3.928000   Median :12.348001   Median : 719.0775   Median : 225.0000  
 Mean   :24.455   Mean   : -4.620752   Mean   :11.587506   Mean   : 755.4477   Mean   : 238.6631  
 3rd Qu.:27.820   3rd Qu.: -0.108000   3rd Qu.:15.840000   3rd Qu.: 896.5271   3rd Qu.: 303.0000  
 Max.   :45.924   Max.   : 12.148000   Max.   :25.216667   Max.   :1374.3781   Max.   :1264.0000  
  prec_season        
 Min.   :  4.687692  
 1st Qu.: 20.740456  
 Median : 30.328802  
 Mean   : 34.493990  
 3rd Qu.: 39.081699  
 Max.   :123.602058  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 103.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174972, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97916667, 29.02083333, 70.97916667  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10                              11 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)"        "Presences (validation)" 
                             12                              19                              20 
       "Presences (evaluation)"             "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22                              29 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)"           "**Pseudo-Absences**" 
                             30                              31                               1 
"Pseudo-Absences (calibration)"  "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 103.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

103.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for abal_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for abal_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for abal_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= abal Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  abal_PA1 


-=-=-=--=-=-=- abal_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  abal_PA2 


-=-=-=--=-=-=- abal_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  abal_PA3 


-=-=-=--=-=-=- abal_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

103.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    abal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  707.0      91.828
2    abal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  704.5      91.878
3   abal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  552.0      93.908
4   abal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  557.5      93.813
5 abal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  370.0      93.498
6 abal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  356.5      94.343
  specificity calibration validation evaluation
1      78.110       0.699      0.703         NA
2      78.065       0.864      0.864         NA
3      90.555       0.845      0.853         NA
4      90.710       0.975      0.975         NA
5      90.775       0.843      0.849         NA
6      90.005       0.977      0.977         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 103.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

103.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 abal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.272505
2 abal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.176341
3 abal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.019082
4 abal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.592206
5 abal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.071112
6 abal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.203696
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 103.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 103.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

103.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 103.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

103.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : abal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
abal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

103.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 abal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 abal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  477.0      97.047      93.312
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  460.5      97.535      92.829
  calibration validation evaluation
1       0.904         NA         NA
2       0.993         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 103.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 abal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 abal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 abal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 abal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 abal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 abal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.161583
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.134038
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.011868
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.333151
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.065484
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.092129

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 103.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 103.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

103.3 Projections

103.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abal/current


sp.name : abal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abal/abal.AllModels.models.out )

models.projected : 
abal_PA1_RUN1_GAM, abal_PA1_RUN1_MARS, abal_PA1_RUN1_MAXNET, abal_PA1_RUN1_GBM, abal_PA1_RUN1_RF, abal_PA2_RUN1_GAM, abal_PA2_RUN1_MARS, abal_PA2_RUN1_MAXNET, abal_PA2_RUN1_GBM, abal_PA2_RUN1_RF, abal_PA3_RUN1_GAM, abal_PA3_RUN1_MARS, abal_PA3_RUN1_MAXNET, abal_PA3_RUN1_GBM, abal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 103.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 103.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abal/current


sp.name : abal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abal/abal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
abal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 103.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

103.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abal/cont_gre


sp.name : abal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abal/abal.AllModels.models.out )

models.projected : 
abal_PA1_RUN1_GAM, abal_PA1_RUN1_MARS, abal_PA1_RUN1_MAXNET, abal_PA1_RUN1_GBM, abal_PA1_RUN1_RF, abal_PA2_RUN1_GAM, abal_PA2_RUN1_MARS, abal_PA2_RUN1_MAXNET, abal_PA2_RUN1_GBM, abal_PA2_RUN1_RF, abal_PA3_RUN1_GAM, abal_PA3_RUN1_MARS, abal_PA3_RUN1_MAXNET, abal_PA3_RUN1_GBM, abal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 103.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 103.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abal/cont_gre


sp.name : abal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abal/abal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
abal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 103.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

103.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 103.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 103.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 103.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 103.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

103.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

103.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 103.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 103.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 103.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 103.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

103.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 277         581         785         708.4254    852         873   0      2000
 2 145         299         485         501.4302    727         858   126    2040
 3 102         237         375         416.5785    591         841   126    2060
 4 141         249         382         432.9629    623         847   126    2080
 5 144         248         384         424.2717    601         832   126    2100
 6 143         281         459         485.7943    710         860   245    2040
 7 104         224         338         371.0124    495         814   245    2060
 8  97         203         287         312.3975    381         768   245    2080
 9  91         180         235         248.2430    313         653   245    2100
10 111         294         462         480.6416    668         853   370    2040
11 102         219         329         359.6543    473         796   370    2060
12  82         169         219         228.0011    283         613   370    2080
13  44          97         114         151.7401    197         358   370    2100
14 145         276         449         475.6322    695         852   585    2040
15 100         194         278         304.1080    376         751   585    2060
16  52         111         137         165.3353    190         378   585    2080
17  40          51          65         122.7472    238         318   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 103.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.