78 Phellodendron amurense

78.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.fayugs
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252154-230224095556074
  Created: 2023-05-20T12:02:14.681+00:00
  Modified: 2023-05-20T12:02:58.162+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252154-230224095556074.zip
  Total records: 1685

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1557 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.259829 ymin: -35.266667 xmax: 149.1 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,557 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
 9     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
# ℹ 1,547 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 1 557 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Phellodendron amurense dans le monde.

Figure 78.1: Occurrences de Phellodendron amurense dans le monde.

78.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.04367373154
[1] 0.2960822094
[1] 0.4412331407

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Phellodendron amurense dans la région d'endémisme.

Figure 78.2: Occurrence de Phellodendron amurense dans la région d’endémisme.

78.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         510          140           37 
[1] 79.62154294
Occurrence de Phellodendron amurense dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 78.3: Occurrence de Phellodendron amurense dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 547

78.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 547 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 87.6132 ymin: 31.779167 xmax: 146.82339 ymax: 51.7698
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 547 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… ""                  
 2      7e8 86185376-… "7d35dc06-f… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… "japonicum"         
 3      7e8 86185376-… "7bf9012e-f… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… "japonicum"         
 4      7e8 86185376-… "7bf8517a-f… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… "japonicum"         
 5      4e9 2507f17c-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… "amurense"          
 6      4e9 2507f17c-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… "amurense"          
 7      4e9 2507f17c-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… "amurense"          
 8      4e9 2507f17c-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… "japonicum"         
 9      4e9 2507f17c-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… "amurense"          
10      4e9 2507f17c-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Phel… Phello… "amurense"          
# ℹ 537 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

78.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Phellodendron amurense dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 78.4: Occurrence de Phellodendron amurense dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

78.2 Modélisation de la niche climatique

78.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 547, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 87.6132, 146.8234, 31.77917, 51.7698  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pham Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pham

     544 presences,  0 true absences and  1640 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 4.544   Min.   :-43.724   Min.   :-12.76   Min.   :  30.01  
 1st Qu.:21.388   1st Qu.:-24.581   1st Qu.: 14.13   1st Qu.: 761.96  
 Median :25.376   Median :-15.038   Median : 18.64   Median : 956.49  
 Mean   :24.870   Mean   :-11.798   Mean   : 18.22   Mean   : 994.22  
 3rd Qu.:29.324   3rd Qu.: -1.116   3rd Qu.: 23.04   3rd Qu.:1353.20  
 Max.   :40.116   Max.   : 23.560   Max.   : 34.54   Max.   :1912.91  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :  10.0   Min.   : 12.56  
 1st Qu.: 195.8   1st Qu.: 51.94  
 Median : 387.5   Median : 73.80  
 Mean   : 441.5   Mean   : 78.02  
 3rd Qu.: 610.2   3rd Qu.:102.07  
 Max.   :4668.0   Max.   :167.46  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 78.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 3817, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.10417, 146.8234, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 78.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

78.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pham_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pham_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pham_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pham Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pham_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pham_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pham_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pham_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pham_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pham_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

78.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pham_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  636.0     100.000
2    pham_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  641.0     100.000
3   pham_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  505.0      97.241
4   pham_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  506.5      97.241
5 pham_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  283.0      99.770
6 pham_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  281.0      99.770
  specificity calibration validation evaluation
1      82.420       0.824      0.771         NA
2      82.420       0.913      0.886         NA
3      95.434       0.929      0.927         NA
4      95.662       0.990      0.985         NA
5      94.292       0.941      0.917         NA
6      94.292       0.990      0.985         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 78.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

78.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pham_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.096037
2 pham_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.143787
3 pham_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.431826
4 pham_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.099927
5 pham_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.673735
6 pham_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.239411
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 78.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 78.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

78.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 78.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

78.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pham

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pham_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pham_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

78.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pham_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pham_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  537.0      99.081      96.646
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  534.5      99.081      96.646
  calibration validation evaluation
1       0.957         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 78.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pham_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pham_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pham_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pham_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pham_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pham_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.301611
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.365146
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.087732
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.382954
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.363774
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.351124

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 78.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 78.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

78.3 Projections

78.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pham/current


sp.name : pham

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pham/pham.AllModels.models.out )

models.projected : 
pham_PA1_RUN1_GAM, pham_PA1_RUN1_MARS, pham_PA1_RUN1_MAXNET, pham_PA1_RUN1_GBM, pham_PA1_RUN1_RF, pham_PA2_RUN1_GAM, pham_PA2_RUN1_MARS, pham_PA2_RUN1_MAXNET, pham_PA2_RUN1_GBM, pham_PA2_RUN1_ANN, pham_PA2_RUN1_RF, pham_PA3_RUN1_GAM, pham_PA3_RUN1_MARS, pham_PA3_RUN1_MAXNET, pham_PA3_RUN1_GBM, pham_PA3_RUN1_ANN, pham_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 78.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 78.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pham/current


sp.name : pham

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pham/pham.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pham_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pham_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 78.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

78.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pham/cont_gre


sp.name : pham

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pham/pham.AllModels.models.out )

models.projected : 
pham_PA1_RUN1_GAM, pham_PA1_RUN1_MARS, pham_PA1_RUN1_MAXNET, pham_PA1_RUN1_GBM, pham_PA1_RUN1_RF, pham_PA2_RUN1_GAM, pham_PA2_RUN1_MARS, pham_PA2_RUN1_MAXNET, pham_PA2_RUN1_GBM, pham_PA2_RUN1_ANN, pham_PA2_RUN1_RF, pham_PA3_RUN1_GAM, pham_PA3_RUN1_MARS, pham_PA3_RUN1_MAXNET, pham_PA3_RUN1_GBM, pham_PA3_RUN1_ANN, pham_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 78.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 78.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pham/cont_gre


sp.name : pham

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pham/pham.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pham_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pham_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 78.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

78.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 78.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 78.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 78.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 78.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

78.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

78.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 78.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 78.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 78.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 78.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

78.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 51          123         155         222.2339    283         659   0      2000
 2 48          114         151         200.1102    235         661   126    2040
 3 44          108         149         177.6215    185         653   126    2060
 4 52          119         153         214.5903    263         670   126    2080
 5 49          115         151         206.4754    244         663   126    2100
 6 51          118         152         203.4022    258         660   245    2040
 7 50          119         151         201.0475    241         670   245    2060
 8 44          112         147         166.4661    171         631   245    2080
 9 38          103         146         156.5281    158         616   245    2100
10 50          118         152         205.5646    243         664   370    2040
11 45          111         148         178.2734    187         654   370    2060
12 31           95         137         125.9267    147         544   370    2080
13 27           66         145         125.5450    148         474   370    2100
14 51          120         154         220.2019    278         671   585    2040
15 46          112         148         179.1684    207         652   585    2060
16 28           84         145         140.3089    154         589   585    2080
17 26           91         108         119.1916    145         368   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 78.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.