261 Pinus uncinata

261.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.njjz7m
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0015903-230828120925497
  Created: 2023-09-13T19:10:34.760+00:00
  Modified: 2023-09-13T19:11:40.127+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0015903-230828120925497.zip
  Total records: 21191

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 21191 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -6.71 ymin: -45.791 xmax: 176.4392 ymax: 67.49541
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 21,191 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 923054364 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 2 923053713 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 3 923051120 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 4 923049171 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 5 923046255 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 6 923040934 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 7 923039188 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 8 923038025 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 9 923036234 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
10 923035772 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
# ℹ 21,181 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 21 191 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pinus uncinata dans le monde.

Figure 261.1: Occurrences de Pinus uncinata dans le monde.

261.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9991506
[1] 0
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pinus uncinata dans la région d'endémisme.

Figure 261.2: Occurrence de Pinus uncinata dans la région d’endémisme.

261.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                   20789 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                     289 
                                                 CC0_1_0 
                                                      88 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       5 
   https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       2 
[1] 98.61144
Occurrence de Pinus uncinata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 261.3: Occurrence de Pinus uncinata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 20879

261.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 20879 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -4.79 ymin: 37.09 xmax: 19.19137 ymax: 67.49541
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 20,879 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
     <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 923054364 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 2 923053713 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 3 923051120 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 4 923049171 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 5 923046255 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 6 923040934 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 7 923039188 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 8 923038025 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 9 923036234 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
10 923035772 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
# ℹ 20,869 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

261.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pinus uncinata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 261.4: Occurrence de Pinus uncinata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

261.2 Modélisation de la niche climatique

261.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 20879, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -4.79, 19.19137, 37.09, 67.49541  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= piun Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  piun

     20868 presences,  0 true absences and  61126 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min        temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 4.188   Min.   :-22.0840   Min.   :-9.946   Min.   : 193.2  
 1st Qu.:18.716   1st Qu.: -9.1520   1st Qu.: 5.827   1st Qu.: 615.9  
 Median :21.616   Median : -4.9520   Median :11.541   Median : 712.0  
 Mean   :23.755   Mean   : -5.0897   Mean   :10.516   Mean   : 750.1  
 3rd Qu.:27.764   3rd Qu.: -0.3529   3rd Qu.:15.507   3rd Qu.: 894.3  
 Max.   :45.924   Max.   : 11.9800   Max.   :24.784   Max.   :1387.5  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.496  
 1st Qu.: 182.0   1st Qu.: 21.163  
 Median : 229.0   Median : 30.407  
 Mean   : 259.2   Mean   : 34.744  
 3rd Qu.: 359.0   3rd Qu.: 38.800  
 Max.   :1254.0   Max.   :123.698  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 261.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 146109, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.35417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 261.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

261.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for piun_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for piun_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for piun_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= piun Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  piun_PA1 


-=-=-=--=-=-=- piun_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  piun_PA2 


-=-=-=--=-=-=- piun_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  piun_PA3 


-=-=-=--=-=-=- piun_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

261.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    piun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  636.0      97.682
2    piun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  639.5      97.658
3   piun_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  561.0      97.346
4   piun_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  563.5      97.346
5 piun_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  333.0      97.879
6 piun_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  334.5      97.867
  specificity calibration validation evaluation
1      83.422       0.811      0.816         NA
2      83.464       0.875      0.882         NA
3      95.438       0.928      0.920         NA
4      95.450       0.989      0.987         NA
5      95.462       0.933      0.928         NA
6      95.504       0.991      0.990         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 261.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

261.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 piun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.253973
2 piun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.353835
3 piun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.013538
4 piun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.749319
5 piun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.151817
6 piun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.190652
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 261.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 261.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

261.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 261.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

261.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : piun

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
piun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, piun_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

261.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 piun_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 piun_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  632.0      97.388      98.133
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  632.5      97.388      98.138
  calibration validation evaluation
1       0.955         NA         NA
2       0.998         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 261.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 piun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 piun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 piun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 piun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 piun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 piun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.215906
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.412083
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.015553
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.535192
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.239739
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.126712

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 261.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 261.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

261.3 Projections

261.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piun/current


sp.name : piun

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piun/piun.AllModels.models.out )

models.projected : 
piun_PA1_RUN1_GAM, piun_PA1_RUN1_MARS, piun_PA1_RUN1_MAXNET, piun_PA1_RUN1_GBM, piun_PA1_RUN1_ANN, piun_PA1_RUN1_RF, piun_PA2_RUN1_GAM, piun_PA2_RUN1_MARS, piun_PA2_RUN1_MAXNET, piun_PA2_RUN1_GBM, piun_PA2_RUN1_ANN, piun_PA2_RUN1_RF, piun_PA3_RUN1_GAM, piun_PA3_RUN1_MARS, piun_PA3_RUN1_MAXNET, piun_PA3_RUN1_GBM, piun_PA3_RUN1_ANN, piun_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 261.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 261.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piun/current


sp.name : piun

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piun/piun.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
piun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, piun_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 261.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

261.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piun/cont_gre


sp.name : piun

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piun/piun.AllModels.models.out )

models.projected : 
piun_PA1_RUN1_GAM, piun_PA1_RUN1_MARS, piun_PA1_RUN1_MAXNET, piun_PA1_RUN1_GBM, piun_PA1_RUN1_ANN, piun_PA1_RUN1_RF, piun_PA2_RUN1_GAM, piun_PA2_RUN1_MARS, piun_PA2_RUN1_MAXNET, piun_PA2_RUN1_GBM, piun_PA2_RUN1_ANN, piun_PA2_RUN1_RF, piun_PA3_RUN1_GAM, piun_PA3_RUN1_MARS, piun_PA3_RUN1_MAXNET, piun_PA3_RUN1_GBM, piun_PA3_RUN1_ANN, piun_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 261.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 261.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piun/cont_gre


sp.name : piun

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piun/piun.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
piun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, piun_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 261.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

261.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 261.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 261.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 261.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 261.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

261.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

261.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 261.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 261.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 261.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 261.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

261.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 51          332         571         546.5200    825         898   0      2000
 2 24           69         257         307.3321    456         829   126    2040
 3 20           46         203         240.7996    353         786   126    2060
 4 22           58         242         286.1108    428         799   126    2080
 5 22           51         231         272.8124    413         799   126    2100
 6 23           67         259         301.3792    436         820   245    2040
 7 21           45         206         226.5810    332         762   245    2060
 8 20           33         178         191.5292    282         660   245    2080
 9 19           26         154         153.5766    226         565   245    2100
10 24           67         245         288.5327    423         818   370    2040
11 20           36         183         206.7083    299         722   370    2060
12 17           24         112         129.6035    208         539   370    2080
13 16           22         138         124.8572    170         437   370    2100
14 23           68         262         307.4062    452         823   585    2040
15 20           30         168         170.5188    240         647   585    2060
16 17           23         139         129.2622    181         443   585    2080
17 15          117         165         148.5616    167         430   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 261.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.