55 Alnus glutinosa

55.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.vy95v6
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232305-230224095556074
  Created: 2023-05-11T09:11:19.134+00:00
  Modified: 2023-05-11T09:18:46.799+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232305-230224095556074.zip
  Total records: 458651

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 458651 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.93145 ymin: -46.897879 xmax: 176.837443 ymax: 69.377236
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 458,651 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 2    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 3    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 4    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 6    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 7    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 8    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 9    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
10    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
# ℹ 458,641 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 458 651 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Alnus glutinosa dans le monde.

Figure 55.1: Occurrences de Alnus glutinosa dans le monde.

55.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9964242965
[1] 0.001624328738
[1] 4.142583359e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Alnus glutinosa dans la région d'endémisme.

Figure 55.2: Occurrence de Alnus glutinosa dans la région d’endémisme.

55.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      312520        76458        68033 
[1] 83.26998694
Occurrence de Alnus glutinosa dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 55.3: Occurrence de Alnus glutinosa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 380553

55.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.1364 ymin: 37.176107 xmax: 45.1021 ymax: 66.446182
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    2 e9 67fabcac-… 13568457     Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 2    2 e9 72b6bac4-… 82e3ca54-94… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 3    1 e9 75956ee6-… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 4    1.e9 740df67d-… 24EA8B62-62… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 5    2 e9 86306e4b-… 6d588f91-27… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 6    2 e9 67fabcac-… 5232952      Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 7    3 e9 4f6de508-… f6d78d18-4f… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 8    2 e9 67fabcac-… 16038097     Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 9    3.e9 f8b9ff6b-… 0aa6831c-89… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
10    2 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

55.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Alnus glutinosa dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 55.4: Occurrence de Alnus glutinosa dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

55.2 Modélisation de la niche climatique

55.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.1364, 45.1021, 37.17611, 66.44618  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= algl Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  algl

     24955 presences,  0 true absences and  72894 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.292   Min.   :-21.996   Min.   :-13.553   Min.   : 210.8  
 1st Qu.:20.050   1st Qu.: -9.008   1st Qu.:  8.548   1st Qu.: 611.3  
 Median :23.028   Median : -3.476   Median : 12.809   Median : 730.0  
 Mean   :24.585   Mean   : -4.314   Mean   : 12.176   Mean   : 755.6  
 3rd Qu.:27.921   3rd Qu.:  0.752   3rd Qu.: 16.073   3rd Qu.: 898.7  
 Max.   :45.864   Max.   : 12.400   Max.   : 26.215   Max.   :1386.3  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :   3   Min.   :  5.358  
 1st Qu.: 176   1st Qu.: 21.805  
 Median : 215   Median : 30.658  
 Mean   : 218   Mean   : 34.959  
 3rd Qu.: 250   3rd Qu.: 39.375  
 Max.   :1241   Max.   :123.760  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 55.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174820, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.60417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 55.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

55.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for algl_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for algl_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for algl_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= algl Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  algl_PA1 


-=-=-=--=-=-=- algl_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  algl_PA2 


-=-=-=--=-=-=- algl_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  algl_PA3 


-=-=-=--=-=-=- algl_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

55.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    algl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  657.0      93.153
2    algl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  658.5      93.128
3   algl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  472.0      94.565
4   algl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  469.5      94.640
5 algl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  365.0      93.979
6 algl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  364.5      93.979
  specificity calibration validation evaluation
1      67.570       0.607      0.608         NA
2      67.655       0.818      0.817         NA
3      84.690       0.793      0.790         NA
4      84.640       0.945      0.943         NA
5      84.860       0.788      0.784         NA
6      84.860       0.943      0.941         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 55.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

55.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 algl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.106660
2 algl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.259809
3 algl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.045962
4 algl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.340017
5 algl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.023296
6 algl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.070274
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 55.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 55.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

55.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 55.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

55.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : algl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
algl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, algl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

55.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 algl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 algl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  707.0      95.736       96.44
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  704.5      95.776       96.40
  calibration validation evaluation
1       0.922         NA         NA
2       0.995         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 55.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 algl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 algl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 algl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 algl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 algl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 algl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.587038
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.542135
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.427078
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.538785
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.381915
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.472571

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 55.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 55.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

55.3 Projections

55.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/algl/current


sp.name : algl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/algl/algl.AllModels.models.out )

models.projected : 
algl_PA1_RUN1_GAM, algl_PA1_RUN1_MARS, algl_PA1_RUN1_MAXNET, algl_PA1_RUN1_GBM, algl_PA1_RUN1_RF, algl_PA2_RUN1_GAM, algl_PA2_RUN1_MARS, algl_PA2_RUN1_MAXNET, algl_PA2_RUN1_GBM, algl_PA2_RUN1_RF, algl_PA3_RUN1_GAM, algl_PA3_RUN1_MARS, algl_PA3_RUN1_MAXNET, algl_PA3_RUN1_GBM, algl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 55.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 55.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/algl/current


sp.name : algl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/algl/algl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
algl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, algl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 55.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

55.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/algl/cont_gre


sp.name : algl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/algl/algl.AllModels.models.out )

models.projected : 
algl_PA1_RUN1_GAM, algl_PA1_RUN1_MARS, algl_PA1_RUN1_MAXNET, algl_PA1_RUN1_GBM, algl_PA1_RUN1_RF, algl_PA2_RUN1_GAM, algl_PA2_RUN1_MARS, algl_PA2_RUN1_MAXNET, algl_PA2_RUN1_GBM, algl_PA2_RUN1_RF, algl_PA3_RUN1_GAM, algl_PA3_RUN1_MARS, algl_PA3_RUN1_MAXNET, algl_PA3_RUN1_GBM, algl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 55.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 55.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/algl/cont_gre


sp.name : algl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/algl/algl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
algl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, algl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 55.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

55.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 55.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 55.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 55.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 55.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

55.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

55.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 55.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 55.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 55.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 55.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

55.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 151         457         711         659.4331    799         1000  0      2000
 2 101         311         518         502.2934    677          999  126    2040
 3  92         215         362         411.4948    583          958  126    2060
 4  72         216         365         401.3312    568          905  126    2080
 5 118         229         356         396.4223    538          882  126    2100
 6  98         291         520         494.8550    677          991  245    2040
 7  99         188         250         338.3452    484          883  245    2060
 8  99         173         220         289.2922    381          814  245    2080
 9  80         153         175         213.7900    235          665  245    2100
10 103         251         438         479.5110    680          996  370    2040
11 111         195         263         344.0908    487          860  370    2060
12 109         159         176         205.7002    219          674  370    2080
13  27          91         137         148.5078    200          317  370    2100
14  85         270         454         457.3059    629          945  585    2040
15  89         164         211         271.4419    364          754  585    2060
16  33         105         127         140.7546    176          286  585    2080
17  71         164         193         200.8737    247          338  585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 55.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.