233 Ulmus glabra

233.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.xjhbfr
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260999-230224095556074
  Created: 2023-05-25T13:14:39.842+00:00
  Modified: 2023-05-25T13:27:36.050+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260999-230224095556074.zip
  Total records: 135230

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 135230 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.806144 ymin: -45.899014 xmax: 172.678961 ymax: 70.286807
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 135,230 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 1106527421 75956ee6-1a2b-4f… http://digi… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 2 1114145262 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 3 1111809376 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 4 1113778315 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 5 1119421687 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnp… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 6 1119908587 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnp… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 7 1112142131 75956ee6-1a2b-4f… http://sigo… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 8 1114074601 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 9 1114588220 75956ee6-1a2b-4f… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
10 1102661976 75956ee6-1a2b-4f… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
# ℹ 135,220 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 135 230 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ulmus glabra dans le monde.

Figure 233.1: Occurrences de Ulmus glabra dans le monde.

233.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9980995341
[1] 0.0006581379871
[1] 2.218442653e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Ulmus glabra dans la région d'endémisme.

Figure 233.2: Occurrence de Ulmus glabra dans la région d’endémisme.

233.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
       64623        31285        39065 
[1] 76.82129018
Occurrence de Ulmus glabra dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 233.3: Occurrence de Ulmus glabra dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 103688

233.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.130696 ymin: 37.33 xmax: 46.60708 ymax: 69.656523
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 1884181293 38b4c89f-584c-41… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 2 2924325897 5e43a220-a91d-48… 6418057      Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 3 2974286156 7a3679ef-5582-4a… o-1006088350 Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 4 1434394634 38b4c89f-584c-41… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 5 1268761307 3cf0df27-6416-46… 37D628BD-57… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 6 2876695877 83fdfd3d-3a25-47… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 7  856394873 38b4c89f-584c-41… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 8 2401998450 b124e1e0-4755-43… urn:uuid:80… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 9 2604830929 38b4c89f-584c-41… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
10 1926081549 8ea4250e-0ff0-44… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

233.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ulmus glabra dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 233.4: Occurrence de Ulmus glabra dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

233.2 Modélisation de la niche climatique

233.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.1307, 46.60708, 37.33, 69.65652  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ulgl Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  ulgl

     24980 presences,  0 true absences and  72865 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min        temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.656   Min.   :-22.0360   Min.   :-12.253   Min.   : 202.1  
 1st Qu.:19.825   1st Qu.: -9.0440   1st Qu.:  8.575   1st Qu.: 634.7  
 Median :22.232   Median : -4.3960   Median : 13.151   Median : 740.8  
 Mean   :24.212   Mean   : -4.7659   Mean   : 12.139   Mean   : 763.4  
 3rd Qu.:27.860   3rd Qu.:  0.2667   3rd Qu.: 15.951   3rd Qu.: 899.2  
 Max.   :45.800   Max.   : 12.3760   Max.   : 26.344   Max.   :1394.1  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.911  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 23.356  
 Median : 215.0   Median : 30.783  
 Mean   : 224.7   Mean   : 35.587  
 3rd Qu.: 255.0   3rd Qu.: 39.134  
 Max.   :1248.0   Max.   :122.900  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 233.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174920, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 233.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

233.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for ulgl_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ulgl_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ulgl_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ulgl Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  ulgl_PA1 


-=-=-=--=-=-=- ulgl_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  ulgl_PA2 


-=-=-=--=-=-=- ulgl_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  ulgl_PA3 


-=-=-=--=-=-=- ulgl_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

233.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    ulgl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  485.0      96.462
2    ulgl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  490.5      96.382
3   ulgl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  510.0      92.874
4   ulgl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  506.5      92.944
5 ulgl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  386.0      92.944
6 ulgl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  389.5      92.659
  specificity calibration validation evaluation
1      57.640       0.541      0.543         NA
2      57.790       0.716      0.714         NA
3      84.910       0.777      0.779         NA
4      84.850       0.942      0.943         NA
5      84.095       0.770      0.770         NA
6      84.445       0.940      0.942         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 233.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

233.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 ulgl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.404586
2 ulgl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.353907
3 ulgl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.068880
4 ulgl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.086865
5 ulgl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.021175
6 ulgl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.095222
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 233.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 233.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

233.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 233.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

233.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : ulgl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
ulgl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ulgl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

233.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ulgl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ulgl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  645.0      95.276      95.239
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  657.5      95.008      95.585
  calibration validation evaluation
1       0.905         NA         NA
2       0.992         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 233.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ulgl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ulgl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 ulgl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 ulgl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 ulgl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 ulgl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.610675
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.466749
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.225948
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.347691
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.274986
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.344266

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 233.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 233.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

233.3 Projections

233.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulgl/current


sp.name : ulgl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulgl/ulgl.AllModels.models.out )

models.projected : 
ulgl_PA1_RUN1_GAM, ulgl_PA1_RUN1_MARS, ulgl_PA1_RUN1_MAXNET, ulgl_PA1_RUN1_GBM, ulgl_PA1_RUN1_ANN, ulgl_PA1_RUN1_RF, ulgl_PA2_RUN1_GAM, ulgl_PA2_RUN1_MARS, ulgl_PA2_RUN1_MAXNET, ulgl_PA2_RUN1_GBM, ulgl_PA2_RUN1_ANN, ulgl_PA2_RUN1_RF, ulgl_PA3_RUN1_GAM, ulgl_PA3_RUN1_MARS, ulgl_PA3_RUN1_MAXNET, ulgl_PA3_RUN1_GBM, ulgl_PA3_RUN1_ANN, ulgl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 233.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 233.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulgl/current


sp.name : ulgl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulgl/ulgl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ulgl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ulgl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 233.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

233.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulgl/cont_gre


sp.name : ulgl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulgl/ulgl.AllModels.models.out )

models.projected : 
ulgl_PA1_RUN1_GAM, ulgl_PA1_RUN1_MARS, ulgl_PA1_RUN1_MAXNET, ulgl_PA1_RUN1_GBM, ulgl_PA1_RUN1_ANN, ulgl_PA1_RUN1_RF, ulgl_PA2_RUN1_GAM, ulgl_PA2_RUN1_MARS, ulgl_PA2_RUN1_MAXNET, ulgl_PA2_RUN1_GBM, ulgl_PA2_RUN1_ANN, ulgl_PA2_RUN1_RF, ulgl_PA3_RUN1_GAM, ulgl_PA3_RUN1_MARS, ulgl_PA3_RUN1_MAXNET, ulgl_PA3_RUN1_GBM, ulgl_PA3_RUN1_ANN, ulgl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 233.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 233.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulgl/cont_gre


sp.name : ulgl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulgl/ulgl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ulgl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ulgl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 233.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

233.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 233.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 233.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 233.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 233.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

233.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

233.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 233.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 233.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 233.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 233.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

233.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 201         448         716         662.7046    861         941   0      2000
 2  84         207         373         421.4955    656         864   126    2040
 3  95         156         241         327.1173    512         778   126    2060
 4  90         136         216         302.9576    452         787   126    2080
 5 110         166         227         324.0195    499         767   126    2100
 6  94         199         339         408.5917    641         873   245    2040
 7  96         133         183         251.7330    309         748   245    2060
 8 105         131         155         194.3941    218         736   245    2080
 9  93         131         141         147.3200    153         675   245    2100
10  90         182         361         404.4381    627         857   370    2040
11 106         133         183         253.5167    310         749   370    2060
12 112         134         143         150.8420    158         624   370    2080
13  75         121         133         128.1746    139         179   370    2100
14  93         155         279         365.5723    610         826   585    2040
15 100         133         149         201.5208    214         717   585    2060
16  72         109         133         127.3119    142         349   585    2080
17  79         114         120         119.6875    127         164   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 233.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.