296 Prunus sargentii

296.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.npfwes
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018321-230828120925497
  Created: 2023-09-16T09:43:26.609+00:00
  Modified: 2023-09-16T09:44:12.810+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018321-230828120925497.zip
  Total records: 1017

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1017 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.2333 ymin: 32.5 xmax: 145.2819 ymax: 62.40116
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,017 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 875697164 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 2 736077366 86185376-f762… 7a839368-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 3 729327746 81031dbc-47f2… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 4 729327632 81031dbc-47f2… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 5 729318002 81031dbc-47f2… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 6 729318001 81031dbc-47f2… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 7 729318000 81031dbc-47f2… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 8 729317998 81031dbc-47f2… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 9 729304407 81031dbc-47f2… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
10 729301864 81031dbc-47f2… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
# ℹ 1,007 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 1 017 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 296.1: Occurrences de Prunus sargentii dans le monde.

296.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.05211406

[1] 0.0186824

[1] 0.9292035

Espèce endémique d’Asie

Figure 296.2: Occurrence de Prunus sargentii dans la région d’endémisme.

296.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         305          620           20 

[1] 34.39153

Figure 296.3: Occurrence de Prunus sargentii dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 325

Moins de 500 occurrences utilisables