26 Gleditsia triacanthos

26.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.krjbtd
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232011-230224095556074
  Created: 2023-05-11T06:28:20.606+00:00
  Modified: 2023-05-11T06:29:59.029+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232011-230224095556074.zip
  Total records: 98046

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 15288 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.145567 ymin: -43.661765 xmax: 178.027093 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 15,288 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit… ""                  
 2    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit… ""                  
 3    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit… ""                  
 4    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit… ""                  
 5    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit… ""                  
 6    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit… ""                  
 7    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit… ""                  
 8    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit… ""                  
 9    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit… ""                  
10    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit… ""                  
# ℹ 15,278 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 15 288 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Gleditsia triacanthos dans le monde.

Figure 26.1: Occurrences de Gleditsia triacanthos dans le monde.

26.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.27433281
[1] 0.4525117739
[1] 0.0009157509158

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Gleditsia triacanthos dans la région d'endémisme.

Figure 26.2: Occurrence de Gleditsia triacanthos dans la région d’endémisme.

26.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1103         5181          634 
[1] 25.10841284
Occurrence de Gleditsia triacanthos dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 26.3: Occurrence de Gleditsia triacanthos dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1737

26.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1737 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -119.99 ymin: 18.460278 xmax: -70.014251 ymax: 47.768867
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,737 × 51
      gbifID datasetKey                     occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
     <int64> <chr>                          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 1.51e-314 c4e1739b-e225-4773-b2ca-b9dd9… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit…
 2 1.51e-314 c4e1739b-e225-4773-b2ca-b9dd9… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit…
 3 1.51e-314 c4e1739b-e225-4773-b2ca-b9dd9… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit…
 4 1.54e-314 5f06e39d-81cf-4606-8891-6db72… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit…
 5 1.54e-314 5f06e39d-81cf-4606-8891-6db72… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit…
 6 1.54e-314 5f06e39d-81cf-4606-8891-6db72… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit…
 7 1.51e-314 c4e1739b-e225-4773-b2ca-b9dd9… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit…
 8 1.51e-314 c4e1739b-e225-4773-b2ca-b9dd9… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit…
 9 1.51e-314 c4e1739b-e225-4773-b2ca-b9dd9… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit…
10 1.51e-314 c4e1739b-e225-4773-b2ca-b9dd9… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gled… Gledit…
# ℹ 1,727 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>,
#   locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, elevation <dbl>,
#   elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>, day <int>, …

26.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Gleditsia triacanthos dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 26.4: Occurrence de Gleditsia triacanthos dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

26.2 Modélisation de la niche climatique

26.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1737, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -119.99, -70.01425, 18.46028, 47.76887  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= gltr Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  gltr

     1736 presences,  0 true absences and  5206 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.752   Min.   :-12.07   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:24.07   1st Qu.:-14.641   1st Qu.: 12.54   1st Qu.: 759.1  
 Median :28.42   Median : -8.069   Median : 17.94   Median : 896.7  
 Mean   :27.80   Mean   : -8.068   Mean   : 16.44   Mean   : 882.9  
 3rd Qu.:31.77   3rd Qu.: -1.084   3rd Qu.: 22.03   3rd Qu.:1045.8  
 Max.   :42.18   Max.   : 22.443   Max.   : 33.13   Max.   :1468.0  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  25.0   Min.   :  5.718  
 1st Qu.: 223.0   1st Qu.: 19.659  
 Median : 299.0   Median : 33.141  
 Mean   : 313.0   Mean   : 39.918  
 3rd Qu.: 342.8   3rd Qu.: 55.857  
 Max.   :1848.0   Max.   :132.000  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 26.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 12155, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.8542, -53.14583, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 26.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

26.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for gltr_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for gltr_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for gltr_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= gltr Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  gltr_PA1 


-=-=-=--=-=-=- gltr_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  gltr_PA2 


-=-=-=--=-=-=- gltr_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  gltr_PA3 


-=-=-=--=-=-=- gltr_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

26.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    gltr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  566.0      94.240
2    gltr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  563.5      94.312
3   gltr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  523.0      87.185
4   gltr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  524.5      87.185
5 gltr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  348.0      92.657
6 gltr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  347.0      92.657
  specificity calibration validation evaluation
1      56.763       0.510      0.553         NA
2      56.763       0.730      0.750         NA
3      80.719       0.679      0.677         NA
4      80.863       0.917      0.919         NA
5      75.612       0.682      0.692         NA
6      75.612       0.915      0.922         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 26.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

26.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 gltr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.158143
2 gltr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.592618
3 gltr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.041355
4 gltr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.052894
5 gltr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.095625
6 gltr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.086153
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 26.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 26.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

26.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 26.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

26.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : gltr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: none

models failed: 
gltr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, gltr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

26.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 gltr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 gltr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS    589        94.7      92.028
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC    591        94.7      92.067
  calibration validation evaluation
1       0.867         NA         NA
2       0.985         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 26.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 gltr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 gltr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 gltr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 gltr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 gltr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 gltr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.414518
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.590642
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.395909
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.259429
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.119704
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.160553

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 26.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 26.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

26.3 Projections

26.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gltr/current


sp.name : gltr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gltr/gltr.AllModels.models.out )

models.projected : 
gltr_PA1_RUN1_GAM, gltr_PA1_RUN1_MARS, gltr_PA1_RUN1_MAXNET, gltr_PA1_RUN1_GBM, gltr_PA1_RUN1_ANN, gltr_PA1_RUN1_RF, gltr_PA2_RUN1_GAM, gltr_PA2_RUN1_MARS, gltr_PA2_RUN1_MAXNET, gltr_PA2_RUN1_GBM, gltr_PA2_RUN1_ANN, gltr_PA2_RUN1_RF, gltr_PA3_RUN1_GAM, gltr_PA3_RUN1_MARS, gltr_PA3_RUN1_MAXNET, gltr_PA3_RUN1_GBM, gltr_PA3_RUN1_ANN, gltr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 26.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 26.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gltr/current


sp.name : gltr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gltr/gltr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
gltr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, gltr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 26.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

26.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gltr/cont_gre


sp.name : gltr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gltr/gltr.AllModels.models.out )

models.projected : 
gltr_PA1_RUN1_GAM, gltr_PA1_RUN1_MARS, gltr_PA1_RUN1_MAXNET, gltr_PA1_RUN1_GBM, gltr_PA1_RUN1_ANN, gltr_PA1_RUN1_RF, gltr_PA2_RUN1_GAM, gltr_PA2_RUN1_MARS, gltr_PA2_RUN1_MAXNET, gltr_PA2_RUN1_GBM, gltr_PA2_RUN1_ANN, gltr_PA2_RUN1_RF, gltr_PA3_RUN1_GAM, gltr_PA3_RUN1_MARS, gltr_PA3_RUN1_MAXNET, gltr_PA3_RUN1_GBM, gltr_PA3_RUN1_ANN, gltr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 26.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 26.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gltr/cont_gre


sp.name : gltr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gltr/gltr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
gltr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, gltr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 26.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

26.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 26.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 26.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 26.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 26.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

26.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

26.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 26.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 26.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 26.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 26.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

26.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 103         130         147         254.5118    456         558   0      2000
 2 106         198         369         343.8213    505         593   126    2040
 3 103         220         446         376.8885    506         590   126    2060
 4  99         212         432         377.9947    512         602   126    2080
 5 103         219         440         378.3844    512         587   126    2100
 6 116         209         415         359.0624    512         592   245    2040
 7 108         262         473         410.6262    518         602   245    2060
 8 124         418         495         455.6918    521         590   245    2080
 9 128         448         497         478.4237    527         591   245    2100
10 102         202         384         349.7008    510         599   370    2040
11 107         280         479         416.3231    520         596   370    2060
12 147         456         488         484.9079    520         595   370    2080
13 347         482         514         514.7874    547         622   370    2100
14  94         189         381         344.9448    501         588   585    2040
15 122         397         492         443.3383    525         599   585    2060
16 190         489         525         519.9581    559         618   585    2080
17 401         515         529         544.2586    578         677   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 26.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.