85 Cydonia oblonga

85.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.yvsmmn
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252187-230224095556074
  Created: 2023-05-20T12:19:50.800+00:00
  Modified: 2023-05-20T12:20:51.849+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252187-230224095556074.zip
  Total records: 17246

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 17246 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.207845 ymin: -43.595084 xmax: 176.858554 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 17,246 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 ebd49d9b-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 2      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
# ℹ 17,236 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 17 246 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Cydonia oblonga dans le monde.

Figure 85.1: Occurrences de Cydonia oblonga dans le monde.

85.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9690942827
[1] 0.0142641772
[1] 0.0007537979821

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Cydonia oblonga dans la région d'endémisme.

Figure 85.2: Occurrence de Cydonia oblonga dans la région d’endémisme.

85.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      16105 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        463 
                                                    CC0_1_0 
                                                         97 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         40 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                          6 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          2 
[1] 96.99036678
Occurrence de Cydonia oblonga dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 85.3: Occurrence de Cydonia oblonga dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 16210

85.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 16210 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.765907 ymin: 31.161811 xmax: 46.51708 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 16,210 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Cydo… Cydoni… ""                  
# ℹ 16,200 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

85.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Cydonia oblonga dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 85.4: Occurrence de Cydonia oblonga dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

85.2 Modélisation de la niche climatique

85.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 16210, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.765907, 46.51708, 31.16181, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cyob Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  cyob

     16207 presences,  0 true absences and  47787 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 3.064   Min.   :-22.000   Min.   :-11.523   Min.   : 205.1  
 1st Qu.:20.829   1st Qu.: -8.752   1st Qu.:  9.493   1st Qu.: 615.6  
 Median :24.664   Median : -2.420   Median : 13.245   Median : 733.1  
 Mean   :25.498   Mean   : -3.755   Mean   : 12.580   Mean   : 756.0  
 3rd Qu.:28.983   3rd Qu.:  1.668   3rd Qu.: 16.304   3rd Qu.: 895.9  
 Max.   :45.908   Max.   : 12.124   Max.   : 25.847   Max.   :1380.9  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.911  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 23.432  
 Median : 216.0   Median : 31.991  
 Mean   : 218.7   Mean   : 36.360  
 3rd Qu.: 255.0   3rd Qu.: 41.625  
 Max.   :1240.0   Max.   :123.000  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 85.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 113458, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.47917, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 85.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

85.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for cyob_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cyob_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cyob_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cyob Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  cyob_PA1 


-=-=-=--=-=-=- cyob_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  cyob_PA2 


-=-=-=--=-=-=- cyob_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  cyob_PA3 


-=-=-=--=-=-=- cyob_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

85.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    cyob_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  576.0      94.393
2    cyob_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  568.5      94.570
3   cyob_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  446.0      92.835
4   cyob_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  450.5      92.750
5 cyob_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  368.0      92.249
6 cyob_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  374.5      91.701
  specificity calibration validation evaluation
1      56.084       0.505      0.522         NA
2      55.976       0.689      0.701         NA
3      80.298       0.732      0.740         NA
4      80.436       0.934      0.935         NA
5      81.377       0.736      0.743         NA
6      81.963       0.936      0.938         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 85.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

85.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 cyob_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.500201
2 cyob_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.083750
3 cyob_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.010364
4 cyob_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.369209
5 cyob_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.023129
6 cyob_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.054652
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 85.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 85.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

85.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 85.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

85.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : cyob

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
cyob_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cyob_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

85.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cyob_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cyob_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  626.0      95.477       94.53
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  625.5      95.477       94.53
  calibration validation evaluation
1       0.900         NA         NA
2       0.992         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 85.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cyob_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cyob_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 cyob_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 cyob_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 cyob_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 cyob_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.578884
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.584012
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.356002
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.533442
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.455788
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.430353

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 85.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 85.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

85.3 Projections

85.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cyob/current


sp.name : cyob

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cyob/cyob.AllModels.models.out )

models.projected : 
cyob_PA1_RUN1_GAM, cyob_PA1_RUN1_MARS, cyob_PA1_RUN1_MAXNET, cyob_PA1_RUN1_GBM, cyob_PA1_RUN1_ANN, cyob_PA1_RUN1_RF, cyob_PA2_RUN1_GAM, cyob_PA2_RUN1_MARS, cyob_PA2_RUN1_MAXNET, cyob_PA2_RUN1_GBM, cyob_PA2_RUN1_ANN, cyob_PA2_RUN1_RF, cyob_PA3_RUN1_GAM, cyob_PA3_RUN1_MARS, cyob_PA3_RUN1_MAXNET, cyob_PA3_RUN1_GBM, cyob_PA3_RUN1_ANN, cyob_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 85.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 85.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cyob/current


sp.name : cyob

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cyob/cyob.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cyob_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cyob_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 85.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

85.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cyob/cont_gre


sp.name : cyob

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cyob/cyob.AllModels.models.out )

models.projected : 
cyob_PA1_RUN1_GAM, cyob_PA1_RUN1_MARS, cyob_PA1_RUN1_MAXNET, cyob_PA1_RUN1_GBM, cyob_PA1_RUN1_ANN, cyob_PA1_RUN1_RF, cyob_PA2_RUN1_GAM, cyob_PA2_RUN1_MARS, cyob_PA2_RUN1_MAXNET, cyob_PA2_RUN1_GBM, cyob_PA2_RUN1_ANN, cyob_PA2_RUN1_RF, cyob_PA3_RUN1_GAM, cyob_PA3_RUN1_MARS, cyob_PA3_RUN1_MAXNET, cyob_PA3_RUN1_GBM, cyob_PA3_RUN1_ANN, cyob_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 85.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 85.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cyob/cont_gre


sp.name : cyob

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cyob/cyob.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cyob_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cyob_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 85.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

85.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 85.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 85.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 85.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 85.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

85.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

85.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 85.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 85.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 85.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 85.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

85.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 172         528         679         673.9875    831         994   0      2000
 2 336         561         730         686.3508    805         951   126    2040
 3 319         494         641         610.0736    733         936   126    2060
 4 327         490         691         639.6992    771         966   126    2080
 5 324         477         647         605.3562    724         926   126    2100
 6 346         577         730         679.2563    791         944   245    2040
 7 282         446         601         594.4374    743         919   245    2060
 8 325         394         627         586.6119    727         916   245    2080
 9 268         372         565         535.0976    655         858   245    2100
10 344         537         711         676.8850    802         954   370    2040
11 324         426         604         577.3735    701         922   370    2060
12 313         355         560         525.8479    649         879   370    2080
13 217         359         392         421.5788    495         645   370    2100
14 319         521         719         666.2196    792         964   585    2040
15 286         386         583         554.5513    673         856   585    2060
16 210         356         403         444.5673    562         640   585    2080
17 211         348         381         377.0425    405         637   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 85.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.