124 Cedrus deodara

124.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.cz4d2u
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252506-230224095556074
  Created: 2023-05-20T16:04:17.496+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:05:07.011+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252506-230224095556074.zip
  Total records: 3317

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 3298 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -155.583 ymin: -44.67751 xmax: 172.651199 ymax: 57.981692
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 3,298 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
# ℹ 3,288 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 3 298 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Cedrus deodara dans le monde.

Figure 124.1: Occurrences de Cedrus deodara dans le monde.

124.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.8929654336
[1] 0.04244996968
[1] 0.03972104306

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Cedrus deodara dans la région d'endémisme.

Figure 124.2: Occurrence de Cedrus deodara dans la région d’endémisme.

124.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       2242 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                         78 
                                                    CC0_1_0 
                                                          9 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                        402 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         78 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                        136 
[1] 83.70118846
Occurrence de Cedrus deodara dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 124.3: Occurrence de Cedrus deodara dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 2465

124.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 2465 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.31955 ymin: 37.15 xmax: 41.710369 ymax: 57.981692
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,465 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 4      9e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 5      9e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 6      4e9 017f23ba-… "34a79719-b… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 7      4e9 017f23ba-… "7b5638e9-9… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 8      4e9 0a013f89-… "29159578"   Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
 9      4e9 0a013f89-… "29159576"   Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
10      4e9 36555a0c-… "2cd4p9h.cs… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Cedr… Cedrus… NA                  
# ℹ 2,455 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

124.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Cedrus deodara dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 124.4: Occurrence de Cedrus deodara dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

124.2 Modélisation de la niche climatique

124.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 2465, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.31955, 41.71037, 37.15, 57.98169  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cede Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  cede

     2461 presences,  0 true absences and  7369 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 5.996   Min.   :-21.540   Min.   :-9.010   Min.   : 210.8  
 1st Qu.:20.894   1st Qu.: -8.516   1st Qu.: 9.303   1st Qu.: 617.4  
 Median :24.948   Median : -1.728   Median :13.370   Median : 750.6  
 Mean   :25.563   Mean   : -3.654   Mean   :12.657   Mean   : 757.4  
 3rd Qu.:28.827   3rd Qu.:  1.548   3rd Qu.:16.442   3rd Qu.: 894.5  
 Max.   :44.648   Max.   : 10.600   Max.   :23.843   Max.   :1367.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   5.0   Min.   :  4.852  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 22.491  
 Median : 217.0   Median : 31.097  
 Mean   : 223.1   Mean   : 35.172  
 3rd Qu.: 266.0   3rd Qu.: 40.144  
 Max.   :1090.0   Max.   :118.695  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 124.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 17239, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.35417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 124.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

124.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for cede_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cede_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cede_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cede Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  cede_PA1 


-=-=-=--=-=-=- cede_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  cede_PA2 


-=-=-=--=-=-=- cede_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  cede_PA3 


-=-=-=--=-=-=- cede_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

124.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    cede_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  525.0      98.324
2    cede_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  527.5      98.324
3   cede_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  592.0      93.093
4   cede_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  591.5      93.093
5 cede_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  426.0      92.026
6 cede_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  425.5      92.026
  specificity calibration validation evaluation
1      66.785       0.651      0.635         NA
2      66.785       0.756      0.737         NA
3      88.996       0.821      0.844         NA
4      88.996       0.955      0.956         NA
5      90.213       0.821      0.848         NA
6      90.213       0.952      0.955         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 124.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

124.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 cede_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.505537
2 cede_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.007984
3 cede_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.000268
4 cede_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.772447
5 cede_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.032597
6 cede_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.013131
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 124.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 124.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

124.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 124.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

124.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : cede

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
cede_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cede_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

124.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cede_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cede_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  572.0      94.636      92.007
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  579.5      94.514      92.211
  calibration validation evaluation
1       0.867         NA         NA
2       0.983         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 124.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cede_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cede_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 cede_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 cede_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 cede_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 cede_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.244383
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.561327
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.036008
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.136081
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.182480
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.178652

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 124.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 124.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

124.3 Projections

124.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cede/current


sp.name : cede

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cede/cede.AllModels.models.out )

models.projected : 
cede_PA1_RUN1_GAM, cede_PA1_RUN1_MARS, cede_PA1_RUN1_MAXNET, cede_PA1_RUN1_GBM, cede_PA1_RUN1_ANN, cede_PA1_RUN1_RF, cede_PA2_RUN1_GAM, cede_PA2_RUN1_MARS, cede_PA2_RUN1_MAXNET, cede_PA2_RUN1_GBM, cede_PA2_RUN1_ANN, cede_PA2_RUN1_RF, cede_PA3_RUN1_GAM, cede_PA3_RUN1_MARS, cede_PA3_RUN1_MAXNET, cede_PA3_RUN1_GBM, cede_PA3_RUN1_ANN, cede_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 124.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 124.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cede/current


sp.name : cede

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cede/cede.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cede_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cede_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 124.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

124.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cede/cont_gre


sp.name : cede

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cede/cede.AllModels.models.out )

models.projected : 
cede_PA1_RUN1_GAM, cede_PA1_RUN1_MARS, cede_PA1_RUN1_MAXNET, cede_PA1_RUN1_GBM, cede_PA1_RUN1_ANN, cede_PA1_RUN1_RF, cede_PA2_RUN1_GAM, cede_PA2_RUN1_MARS, cede_PA2_RUN1_MAXNET, cede_PA2_RUN1_GBM, cede_PA2_RUN1_ANN, cede_PA2_RUN1_RF, cede_PA3_RUN1_GAM, cede_PA3_RUN1_MARS, cede_PA3_RUN1_MAXNET, cede_PA3_RUN1_GBM, cede_PA3_RUN1_ANN, cede_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 124.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 124.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cede/cont_gre


sp.name : cede

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cede/cede.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cede_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cede_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 124.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

124.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 124.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 124.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 124.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 124.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

124.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

124.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 124.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 124.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 124.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 124.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

124.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 247         548         671         649.6558    783         863   0      2000
 2 430         705         794         765.1511    842         864   126    2040
 3 422         713         796         770.2184    843         864   126    2060
 4 424         715         815         772.9244    842         867   126    2080
 5 428         716         796         770.2172    836         865   126    2100
 6 432         724         818         775.3198    840         863   245    2040
 7 411         713         817         773.4531    848         864   245    2060
 8 413         714         827         776.2231    852         867   245    2080
 9 399         702         801         760.1647    851         867   245    2100
10 420         701         791         762.5009    844         865   370    2040
11 417         718         813         775.1272    846         867   370    2060
12 398         692         817         755.7676    851         866   370    2080
13 379         607         738         703.8159    823         862   370    2100
14 424         707         797         765.1398    839         863   585    2040
15 417         719         827         778.8222    852         866   585    2060
16 383         649         774         731.4283    848         867   585    2080
17 288         455         641         590.3526    695         853   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 124.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.