226 Quercus pyrenaica

226.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.p4gsct
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260967-230224095556074
  Created: 2023-05-25T13:00:43.016+00:00
  Modified: 2023-05-25T13:01:41.031+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260967-230224095556074.zip
  Total records: 13512

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 13512 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -93.73036 ymin: 30.30762 xmax: 24.35352 ymax: 58.90898
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 13,512 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 932706847 ebd49d9b-696b-4db… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 2 932704708 ebd49d9b-696b-4db… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 3 932704520 ebd49d9b-696b-4db… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 4 910487684 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:56… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 5 910487497 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:56… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 6 910486561 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:55… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 7 910486514 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:55… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 8 910486331 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:55… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 9 910485781 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:54… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
10 910485761 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:54… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
# ℹ 13,502 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 13 512 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus pyrenaica dans le monde.

Figure 226.1: Occurrences de Quercus pyrenaica dans le monde.

226.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9997779751
[1] 0.0002220248668
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Quercus pyrenaica dans la région d'endémisme.

Figure 226.2: Occurrence de Quercus pyrenaica dans la région d’endémisme.

226.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       8023 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       5395 
                                                    CC0_1_0 
                                                         84 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                          5 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                          1 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          1 
[1] 60.0266489
Occurrence de Quercus pyrenaica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 226.3: Occurrence de Quercus pyrenaica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 8109

226.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 8109 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.389338 ymin: 36.34 xmax: 24.35352 ymax: 58.90898
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 8,109 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
     <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 474601250 857aa892-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 2 474601239 857aa892-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 3 474601212 857aa892-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 4 474601210 857aa892-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 5 474601206 857aa892-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 6 416147137 857aa892-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 7 416147136 857aa892-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 8 416147134 857aa892-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 9 416147132 857aa892-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
10 416147085 857aa892-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
# ℹ 8,099 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

226.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus pyrenaica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 226.4: Occurrence de Quercus pyrenaica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

226.2 Modélisation de la niche climatique

226.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 8109, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.389338, 24.35352, 36.34, 58.90898  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qupy Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  qupy

     8107 presences,  0 true absences and  24100 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 2.924   Min.   :-21.908   Min.   :-9.411   Min.   : 202.8  
 1st Qu.:20.986   1st Qu.: -8.704   1st Qu.: 7.121   1st Qu.: 544.1  
 Median :25.112   Median : -1.020   Median :11.185   Median : 715.5  
 Mean   :25.379   Mean   : -3.420   Mean   :11.334   Mean   : 734.0  
 3rd Qu.:27.994   3rd Qu.:  2.016   3rd Qu.:15.524   3rd Qu.: 896.4  
 Max.   :44.900   Max.   : 11.500   Max.   :24.973   Max.   :1375.5  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.61  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 21.09  
 Median : 220.0   Median : 30.09  
 Mean   : 226.7   Mean   : 34.83  
 3rd Qu.: 287.0   3rd Qu.: 39.47  
 Max.   :1214.0   Max.   :124.09  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 226.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 56755, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.3125, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 226.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

226.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for qupy_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qupy_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qupy_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qupy Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  qupy_PA1 


-=-=-=--=-=-=- qupy_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  qupy_PA2 


-=-=-=--=-=-=- qupy_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  qupy_PA3 


-=-=-=--=-=-=- qupy_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

226.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    qupy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  848.0      96.731
2    qupy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  849.0      96.731
3   qupy_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  703.0      94.095
4   qupy_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  704.0      94.095
5 qupy_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  351.0      95.035
6 qupy_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  340.5      95.513
  specificity calibration validation evaluation
1      80.268       0.770      0.774         NA
2      80.314       0.845      0.841         NA
3      97.241       0.914      0.914         NA
4      97.256       0.987      0.988         NA
5      96.208       0.913      0.922         NA
6      95.822       0.987      0.988         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 226.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

226.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 qupy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.356887
2 qupy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.249385
3 qupy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.026901
4 qupy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.564741
5 qupy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.024106
6 qupy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.119637
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 226.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 226.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

226.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 226.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

226.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : qupy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
qupy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qupy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

226.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qupy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qupy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  423.0      96.670      96.394
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  425.5      96.633      96.436
  calibration validation evaluation
1       0.931         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 226.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qupy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qupy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 qupy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 qupy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 qupy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 qupy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.351877
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.152480
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.064374
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.368407
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.033389
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.135349

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 226.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 226.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

226.3 Projections

226.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupy/current


sp.name : qupy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupy/qupy.AllModels.models.out )

models.projected : 
qupy_PA1_RUN1_GAM, qupy_PA1_RUN1_MARS, qupy_PA1_RUN1_MAXNET, qupy_PA1_RUN1_GBM, qupy_PA1_RUN1_ANN, qupy_PA1_RUN1_RF, qupy_PA2_RUN1_GAM, qupy_PA2_RUN1_MARS, qupy_PA2_RUN1_MAXNET, qupy_PA2_RUN1_GBM, qupy_PA2_RUN1_ANN, qupy_PA2_RUN1_RF, qupy_PA3_RUN1_GAM, qupy_PA3_RUN1_MARS, qupy_PA3_RUN1_MAXNET, qupy_PA3_RUN1_GBM, qupy_PA3_RUN1_ANN, qupy_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 226.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 226.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupy/current


sp.name : qupy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupy/qupy.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qupy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qupy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 226.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

226.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupy/cont_gre


sp.name : qupy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupy/qupy.AllModels.models.out )

models.projected : 
qupy_PA1_RUN1_GAM, qupy_PA1_RUN1_MARS, qupy_PA1_RUN1_MAXNET, qupy_PA1_RUN1_GBM, qupy_PA1_RUN1_ANN, qupy_PA1_RUN1_RF, qupy_PA2_RUN1_GAM, qupy_PA2_RUN1_MARS, qupy_PA2_RUN1_MAXNET, qupy_PA2_RUN1_GBM, qupy_PA2_RUN1_ANN, qupy_PA2_RUN1_RF, qupy_PA3_RUN1_GAM, qupy_PA3_RUN1_MARS, qupy_PA3_RUN1_MAXNET, qupy_PA3_RUN1_GBM, qupy_PA3_RUN1_ANN, qupy_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 226.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 226.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupy/cont_gre


sp.name : qupy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupy/qupy.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qupy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qupy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 226.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

226.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 226.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 226.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 226.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 226.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

226.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

226.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 226.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 226.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 226.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 226.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

226.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 42           92         181         206.46426   295         703   0      2000
 2 57          126         194         199.80729   240         544   126    2040
 3 60          130         206         201.52121   237         522   126    2060
 4 57          131         211         203.47374   239         529   126    2080
 5 67          142         221         216.68840   254         540   126    2100
 6 62          135         203         203.56188   241         537   245    2040
 7 56          117         196         187.34272   228         484   245    2060
 8 53          108         185         180.65855   225         476   245    2080
 9 54           92         169         169.22416   224         423   245    2100
10 53          122         188         192.97670   235         531   370    2040
11 61          121         202         193.92595   233         492   370    2060
12 53           88         154         163.85594   226         402   370    2080
13 38           50          80         112.03309   201         268   370    2100
14 57          125         197         197.14242   235         540   585    2040
15 51          100         167         169.03682   220         459   585    2060
16 41           52          80         114.38878   205         293   585    2080
17 29           42          58          95.77053   172         226   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 226.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.