31 Fraxinus velutina

31.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.tmq67b
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232041-230224095556074
  Created: 2023-05-11T06:44:00.257+00:00
  Modified: 2023-05-11T06:44:47.713+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232041-230224095556074.zip
  Total records: 1000

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.5234 ymin: 16.720805 xmax: 25.95619 ymax: 56.689383
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,000 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 2     8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 3     8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 4     6e8 bf2a4bf0-… "http://dat… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 5     6e8 bf2a4bf0-… "http://dat… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 6     4e9 262ac9a4-… "00704b51-a… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 7     4e9 50c9509d-… "https://ww… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 8     4e9 50c9509d-… "https://ww… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 9     4e9 8bd8c361-… "38d0151c-7… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
10     4e9 50c9509d-… "https://ww… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
# ℹ 990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 1 000 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 31.1: Occurrences de Fraxinus velutina dans le monde.

31.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.01

[1] 0.989

[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Figure 31.2: Occurrence de Fraxinus velutina dans la région d’endémisme.

31.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         386          517           86 

[1] 47.72497472

Figure 31.3: Occurrence de Fraxinus velutina dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 472

Moins de 500 occurrences utilisables