58 Betula pendula

58.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.kafmwp
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252050-230224095556074
  Created: 2023-05-20T10:48:20.873+00:00
  Modified: 2023-05-20T10:55:58.047+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252050-230224095556074.zip
  Total records: 408422

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 408174 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -161.61 ymin: -46.560876 xmax: 176.526276 ymax: 69.672836
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 408,174 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
# ℹ 408,164 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 408 174 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Betula pendula dans le monde.

Figure 58.1: Occurrences de Betula pendula dans le monde.

58.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9746162176
[1] 0.001523859922
[1] 0.01143139935

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Betula pendula dans la région d'endémisme.

Figure 58.2: Occurrence de Betula pendula dans la région d’endémisme.

58.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      280504        59925        57384 
[1] 84.93638971
Occurrence de Betula pendula dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 58.3: Occurrence de Betula pendula dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 337888

58.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.481755 ymin: 37.17 xmax: 46.526 ymax: 69.584557
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 84b18cce-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 2     3.e9 c55cf28c-… "595444"     Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 3     1.e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 4     2 e9 67fabcac-… "7992017"    Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 5     4 e9 c7d94ec0-… "c7c1581f-e… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 6     8 e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 7     3.e9 8cec13a3-… "7485c644-c… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 8     1.e9 f2e389da-… "http://tun… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 9     3.e9 dd238f50-… "66994634-8… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
10     7 e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

58.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Betula pendula dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 58.4: Occurrence de Betula pendula dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

58.2 Modélisation de la niche climatique

58.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.481755, 46.526, 37.17, 69.58456  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= bepe Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  bepe

     24958 presences,  0 true absences and  72915 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august       temp_min          temp_wet_quart        temp_season        prec_wet_quart     
 Min.   : 2.56400   Min.   :-22.016001   Min.   :-12.078000   Min.   : 218.6477   Min.   :   3.0000  
 1st Qu.:19.99600   1st Qu.: -9.432000   1st Qu.:  8.376667   1st Qu.: 611.1687   1st Qu.: 176.0000  
 Median :23.00400   Median : -3.728000   Median : 12.887334   Median : 738.4327   Median : 215.0000  
 Mean   :24.53289   Mean   : -4.502611   Mean   : 12.109874   Mean   : 759.6013   Mean   : 217.4517  
 3rd Qu.:27.88000   3rd Qu.:  0.692000   3rd Qu.: 16.068666   3rd Qu.: 903.5914   3rd Qu.: 249.0000  
 Max.   :45.12800   Max.   : 11.808000   Max.   : 24.860666   Max.   :1393.8783   Max.   :1240.0000  
  prec_season        
 Min.   :  4.629845  
 1st Qu.: 21.558020  
 Median : 30.692575  
 Mean   : 34.869070  
 3rd Qu.: 39.294724  
 Max.   :123.759880  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 58.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174832, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.60416667, 46.97916667, 29.02083333, 70.97916667  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10                              11 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)"        "Presences (validation)" 
                             12                              19                              20 
       "Presences (evaluation)"             "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22                              29 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)"           "**Pseudo-Absences**" 
                             30                              31                               1 
"Pseudo-Absences (calibration)"  "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 58.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

58.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for bepe_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for bepe_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for bepe_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= bepe Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  bepe_PA1 


-=-=-=--=-=-=- bepe_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  bepe_PA2 


-=-=-=--=-=-=- bepe_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  bepe_PA3 


-=-=-=--=-=-=- bepe_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

58.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    bepe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  596.0      89.232
2    bepe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  637.5      87.569
3   bepe_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  517.0      90.619
4   bepe_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  521.5      90.499
5 bepe_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  378.0      90.754
6 bepe_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  388.5      89.943
  specificity calibration validation evaluation
1      72.430       0.617      0.632         NA
2      74.180       0.845      0.845         NA
3      84.580       0.752      0.765         NA
4      84.725       0.933      0.937         NA
5      84.105       0.749      0.763         NA
6      84.995       0.932      0.936         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 58.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

58.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 bepe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.372398
2 bepe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.018705
3 bepe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.044180
4 bepe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.482405
5 bepe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.065661
6 bepe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.354812
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 58.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 58.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

58.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 58.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

58.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : bepe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
bepe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, bepe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

58.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 bepe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 bepe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  636.0      96.570      95.142
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  632.5      96.654      95.078
  calibration validation evaluation
1       0.917         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 58.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 bepe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 bepe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 bepe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 bepe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 bepe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 bepe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.604382
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.495201
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.411289
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.510339
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.403832
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.494933

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 58.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 58.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

58.3 Projections

58.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bepe/current


sp.name : bepe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bepe/bepe.AllModels.models.out )

models.projected : 
bepe_PA1_RUN1_GAM, bepe_PA1_RUN1_MARS, bepe_PA1_RUN1_MAXNET, bepe_PA1_RUN1_GBM, bepe_PA1_RUN1_ANN, bepe_PA1_RUN1_RF, bepe_PA2_RUN1_GAM, bepe_PA2_RUN1_MARS, bepe_PA2_RUN1_MAXNET, bepe_PA2_RUN1_GBM, bepe_PA2_RUN1_RF, bepe_PA3_RUN1_GAM, bepe_PA3_RUN1_MARS, bepe_PA3_RUN1_MAXNET, bepe_PA3_RUN1_GBM, bepe_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 58.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 58.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bepe/current


sp.name : bepe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bepe/bepe.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
bepe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, bepe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 58.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

58.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bepe/cont_gre


sp.name : bepe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bepe/bepe.AllModels.models.out )

models.projected : 
bepe_PA1_RUN1_GAM, bepe_PA1_RUN1_MARS, bepe_PA1_RUN1_MAXNET, bepe_PA1_RUN1_GBM, bepe_PA1_RUN1_ANN, bepe_PA1_RUN1_RF, bepe_PA2_RUN1_GAM, bepe_PA2_RUN1_MARS, bepe_PA2_RUN1_MAXNET, bepe_PA2_RUN1_GBM, bepe_PA2_RUN1_RF, bepe_PA3_RUN1_GAM, bepe_PA3_RUN1_MARS, bepe_PA3_RUN1_MAXNET, bepe_PA3_RUN1_GBM, bepe_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 58.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 58.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bepe/cont_gre


sp.name : bepe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bepe/bepe.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
bepe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, bepe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 58.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

58.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 58.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 58.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 58.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 58.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

58.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

58.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 58.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 58.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 58.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 58.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

58.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 275         689         792         764.37399   857         996   0      2000
 2  55         239         492         467.17805   698         966   126    2040
 3  41         136         372         357.67467   555         882   126    2060
 4  41         109         329         325.91066   513         837   126    2080
 5  85         136         342         345.17339   529         834   126    2100
 6  67         190         468         448.86456   684         920   245    2040
 7  48         104         250         283.84547   454         812   245    2060
 8  64         109         140         222.58932   323         731   245    2080
 9  49         124         145         174.49430   194         535   245    2100
10  64         237         486         459.89485   674         929   370    2040
11  58         115         240         283.46349   451         790   370    2060
12  73         121         142         170.89009   204         589   370    2080
13   5          51          61          70.23533    84         207   370    2100
14  46         159         411         391.15679   605         866   585    2040
15  49         112         141         221.70439   339         618   585    2060
16   7          52          65          69.51963    89         235   585    2080
17  20          53          65          63.62973    72         144   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 58.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.