68 Magnolia grandiflora

68.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.rspsux
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252127-230224095556074
  Created: 2023-05-20T11:46:32.851+00:00
  Modified: 2023-05-20T11:48:09.553+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252127-230224095556074.zip
  Total records: 4559

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 4499 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -155.07332 ymin: -43.563601 xmax: 174.650804 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 4,499 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
# ℹ 4,489 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 4 499 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Magnolia grandiflora dans le monde.

Figure 68.1: Occurrences de Magnolia grandiflora dans le monde.

68.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.05601244721
[1] 0.8981995999
[1] 0.01022449433

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Magnolia grandiflora dans la région d'endémisme.

Figure 68.2: Occurrence de Magnolia grandiflora dans la région d’endémisme.

68.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         796         2941          304 
[1] 27.2209849
Occurrence de Magnolia grandiflora dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 68.3: Occurrence de Magnolia grandiflora dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1100

68.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1100 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.13 ymin: 16.0364 xmax: -61.66857 ymax: 49.24
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,100 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn… Magnol… NA                  
# ℹ 1,090 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

68.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Magnolia grandiflora dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 68.4: Occurrence de Magnolia grandiflora dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

68.2 Modélisation de la niche climatique

68.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1100, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.13, -61.66857, 16.0364, 49.24  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= magr Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  magr

     1099 presences,  0 true absences and  3296 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   :11.06   Min.   :-30.628   Min.   :-13.01   Min.   :  63.34  
 1st Qu.:24.19   1st Qu.:-14.220   1st Qu.: 12.10   1st Qu.: 671.76  
 Median :29.64   Median : -4.800   Median : 17.56   Median : 826.58  
 Mean   :28.16   Mean   : -6.279   Mean   : 16.91   Mean   : 832.38  
 3rd Qu.:32.17   3rd Qu.:  1.844   3rd Qu.: 23.22   3rd Qu.:1019.15  
 Max.   :44.25   Max.   : 22.380   Max.   : 33.10   Max.   :1456.54  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  27.0   Min.   :  5.718  
 1st Qu.: 231.0   1st Qu.: 18.996  
 Median : 314.0   Median : 34.328  
 Mean   : 338.2   Mean   : 40.530  
 3rd Qu.: 402.0   3rd Qu.: 56.961  
 Max.   :1674.0   Max.   :137.186  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 68.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 7696, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.8542, -52.64583, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 68.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

68.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for magr_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for magr_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for magr_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= magr Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  magr_PA1 


-=-=-=--=-=-=- magr_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  magr_PA2 


-=-=-=--=-=-=- magr_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  magr_PA3 


-=-=-=--=-=-=- magr_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

68.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    magr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  687.0     100.000
2    magr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  684.5     100.000
3   magr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  439.0      97.156
4   magr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  427.5      97.270
5 magr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  397.0      96.473
6 magr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  402.0      96.359
  specificity calibration validation evaluation
1      70.114       0.701      0.750         NA
2      70.114       0.852      0.878         NA
3      87.955       0.851      0.868         NA
4      87.841       0.968      0.971         NA
5      88.409       0.849      0.882         NA
6      88.750       0.961      0.971         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 68.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

68.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 magr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.246460
2 magr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.144545
3 magr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.126512
4 magr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.197338
5 magr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.093596
6 magr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.256451
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 68.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 68.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

68.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 68.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

68.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : magr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
magr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, magr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

68.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 magr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 magr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  410.0      98.544      89.017
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  414.5      98.544      89.108
  calibration validation evaluation
1       0.876         NA         NA
2       0.984         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 68.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 magr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 magr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 magr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 magr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 magr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 magr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.048187
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.555078
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.048782
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.133657
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.232456
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.097952

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 68.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 68.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

68.3 Projections

68.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/magr/current


sp.name : magr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/magr/magr.AllModels.models.out )

models.projected : 
magr_PA1_RUN1_GAM, magr_PA1_RUN1_MARS, magr_PA1_RUN1_MAXNET, magr_PA1_RUN1_GBM, magr_PA1_RUN1_ANN, magr_PA1_RUN1_RF, magr_PA2_RUN1_GAM, magr_PA2_RUN1_MARS, magr_PA2_RUN1_MAXNET, magr_PA2_RUN1_GBM, magr_PA2_RUN1_ANN, magr_PA2_RUN1_RF, magr_PA3_RUN1_GAM, magr_PA3_RUN1_MARS, magr_PA3_RUN1_MAXNET, magr_PA3_RUN1_GBM, magr_PA3_RUN1_ANN, magr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 68.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 68.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/magr/current


sp.name : magr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/magr/magr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
magr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, magr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 68.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

68.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/magr/cont_gre


sp.name : magr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/magr/magr.AllModels.models.out )

models.projected : 
magr_PA1_RUN1_GAM, magr_PA1_RUN1_MARS, magr_PA1_RUN1_MAXNET, magr_PA1_RUN1_GBM, magr_PA1_RUN1_ANN, magr_PA1_RUN1_RF, magr_PA2_RUN1_GAM, magr_PA2_RUN1_MARS, magr_PA2_RUN1_MAXNET, magr_PA2_RUN1_GBM, magr_PA2_RUN1_ANN, magr_PA2_RUN1_RF, magr_PA3_RUN1_GAM, magr_PA3_RUN1_MARS, magr_PA3_RUN1_MAXNET, magr_PA3_RUN1_GBM, magr_PA3_RUN1_ANN, magr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 68.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 68.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/magr/cont_gre


sp.name : magr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/magr/magr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
magr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, magr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 68.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

68.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 68.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 68.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 68.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 68.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

68.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

68.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 68.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 68.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 68.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 68.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

68.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 221         369         437         438.4556    486         654   0      2000
 2 299         484         524         529.5851    577         746   126    2040
 3 293         488         551         543.8739    606         773   126    2060
 4 316         479         533         533.1080    590         746   126    2080
 5 324         511         579         576.0657    636         785   126    2100
 6 350         509         549         556.3416    600         762   245    2040
 7 324         494         555         558.3023    621         762   245    2060
 8 303         534         601         595.0859    674         795   245    2080
 9 277         537         607         594.4864    686         786   245    2100
10 292         477         524         526.0760    575         746   370    2040
11 312         517         585         581.3732    646         790   370    2060
12 228         486         582         572.0436    699         800   370    2080
13 230         474         610         578.9461    729         768   370    2100
14 293         461         500         502.5010    557         703   585    2040
15 364         555         613         614.1381    682         793   585    2060
16 259         519         688         610.6622    721         762   585    2080
17 197         401         509         514.8810    674         768   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 68.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.