150 Morus alba

150.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.6rfrvt
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252638-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:40:17.455+00:00
  Modified: 2023-05-20T17:41:08.597+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252638-230224095556074.zip
  Total records: 11209

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 11078 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -158.047617 ymin: -38.184559 xmax: 174.8 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 11,078 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 8     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
# ℹ 11,068 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 11 078 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Morus alba dans le monde.

Figure 150.1: Occurrences de Morus alba dans le monde.

150.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.3381476801
[1] 0.4650658964
[1] 0.09613648673

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Morus alba dans la région d'endémisme.

Figure 150.2: Occurrence de Morus alba dans la région d’endémisme.

150.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         822         3628          702 
[1] 29.58074534
Occurrence de Morus alba dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 150.3: Occurrence de Morus alba dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1524

150.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1524 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.58136 ymin: 13.25305 xmax: -70.990225 ymax: 50.562528
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,524 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 8     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
# ℹ 1,514 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

150.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Morus alba dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 150.4: Occurrence de Morus alba dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

150.2 Modélisation de la niche climatique

150.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1524, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -122.5814, -70.99022, 13.25305, 50.56253  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= moal Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  moal

     1522 presences,  0 true absences and  4561 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 8.85   Min.   :-30.708   Min.   :-11.27   Min.   :  55.98  
 1st Qu.:24.17   1st Qu.:-14.752   1st Qu.: 12.30   1st Qu.: 756.54  
 Median :28.36   Median : -7.864   Median : 17.78   Median : 899.37  
 Mean   :27.75   Mean   : -8.078   Mean   : 16.46   Mean   : 885.53  
 3rd Qu.:31.49   3rd Qu.: -1.574   3rd Qu.: 22.02   3rd Qu.:1055.73  
 Max.   :42.93   Max.   : 22.443   Max.   : 33.30   Max.   :1456.98  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  25.0   Min.   :  5.752  
 1st Qu.: 219.0   1st Qu.: 19.262  
 Median : 295.0   Median : 34.875  
 Mean   : 308.4   Mean   : 40.317  
 3rd Qu.: 341.0   3rd Qu.: 56.256  
 Max.   :1966.0   Max.   :128.242  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 150.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 10660, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.8958, -53.10417, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 150.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

150.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for moal_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for moal_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for moal_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= moal Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  moal_PA1 


-=-=-=--=-=-=- moal_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  moal_PA2 


-=-=-=--=-=-=- moal_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  moal_PA3 


-=-=-=--=-=-=- moal_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

150.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    moal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  545.0      96.962
2    moal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  547.5      96.962
3   moal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  435.0      90.640
4   moal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  432.5      91.215
5 moal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  427.0      87.192
6 moal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  426.5      87.192
  specificity calibration validation evaluation
1      57.178       0.541      0.498         NA
2      57.178       0.741      0.731         NA
3      77.194       0.678      0.649         NA
4      76.866       0.917      0.917         NA
5      79.491       0.667      0.662         NA
6      79.491       0.917      0.918         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 150.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

150.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 moal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.226922
2 moal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.785497
3 moal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.009909
4 moal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.266340
5 moal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.021198
6 moal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.052139
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 150.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 150.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

150.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 150.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

150.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : moal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
moal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, moal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

150.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 moal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 moal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  556.0      95.664      92.019
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  558.5      95.598      92.173
  calibration validation evaluation
1       0.877         NA         NA
2       0.986         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 150.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 moal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 moal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 moal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 moal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 moal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 moal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.532336
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.564607
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.475567
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.437048
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.363271
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.470526

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 150.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 150.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

150.3 Projections

150.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/moal/current


sp.name : moal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/moal/moal.AllModels.models.out )

models.projected : 
moal_PA1_RUN1_GAM, moal_PA1_RUN1_MARS, moal_PA1_RUN1_MAXNET, moal_PA1_RUN1_GBM, moal_PA1_RUN1_ANN, moal_PA1_RUN1_RF, moal_PA2_RUN1_GAM, moal_PA2_RUN1_MARS, moal_PA2_RUN1_MAXNET, moal_PA2_RUN1_GBM, moal_PA2_RUN1_ANN, moal_PA2_RUN1_RF, moal_PA3_RUN1_GAM, moal_PA3_RUN1_MARS, moal_PA3_RUN1_MAXNET, moal_PA3_RUN1_GBM, moal_PA3_RUN1_ANN, moal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 150.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 150.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/moal/current


sp.name : moal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/moal/moal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
moal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, moal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 150.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

150.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/moal/cont_gre


sp.name : moal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/moal/moal.AllModels.models.out )

models.projected : 
moal_PA1_RUN1_GAM, moal_PA1_RUN1_MARS, moal_PA1_RUN1_MAXNET, moal_PA1_RUN1_GBM, moal_PA1_RUN1_ANN, moal_PA1_RUN1_RF, moal_PA2_RUN1_GAM, moal_PA2_RUN1_MARS, moal_PA2_RUN1_MAXNET, moal_PA2_RUN1_GBM, moal_PA2_RUN1_ANN, moal_PA2_RUN1_RF, moal_PA3_RUN1_GAM, moal_PA3_RUN1_MARS, moal_PA3_RUN1_MAXNET, moal_PA3_RUN1_GBM, moal_PA3_RUN1_ANN, moal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 150.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 150.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/moal/cont_gre


sp.name : moal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/moal/moal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
moal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, moal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 150.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

150.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 150.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 150.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 150.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 150.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

150.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

150.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 150.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 150.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 150.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 150.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

150.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  48         126         149         200.2922    307         488   0      2000
 2  72         217         294         281.3121    355         524   126    2040
 3  74         250         334         315.1563    387         552   126    2060
 4  69         258         319         310.2391    372         533   126    2080
 5  77         252         339         316.2064    381         564   126    2100
 6  86         237         308         294.9798    369         532   245    2040
 7  71         262         333         319.1539    375         536   245    2060
 8 113         336         378         362.9918    400         559   245    2080
 9 143         343         389         376.5221    415         561   245    2100
10  58         215         295         279.1320    351         506   370    2040
11 100         278         368         341.4058    395         538   370    2060
12 163         352         405         390.2021    429         587   370    2080
13 219         439         479         471.5888    511         679   370    2100
14  67         231         300         284.9681    358         495   585    2040
15 105         324         382         360.7573    400         594   585    2060
16 225         406         440         434.8888    471         662   585    2080
17 333         486         510         507.1545    534         639   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 150.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.