86 Fraxinus angustifolia

86.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.34xv6d
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252193-230224095556074
  Created: 2023-05-20T12:21:22.706+00:00
  Modified: 2023-05-20T12:22:33.152+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252193-230224095556074.zip
  Total records: 30747

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 30747 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -121.716111 ymin: -43.595253 xmax: 174.927933 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 30,747 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 ebd49d9b-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
# ℹ 30,737 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 30 747 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Fraxinus angustifolia dans le monde.

Figure 86.1: Occurrences de Fraxinus angustifolia dans le monde.

86.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9298793378
[1] 0.0002276644876
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Fraxinus angustifolia dans la région d'endémisme.

Figure 86.2: Occurrence de Fraxinus angustifolia dans la région d’endémisme.

86.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      25391 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       2913 
                                                    CC0_1_0 
                                                         42 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         91 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        153 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          1 
[1] 89.49319716
Occurrence de Fraxinus angustifolia dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 86.3: Occurrence de Fraxinus angustifolia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 25587

86.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.438815 ymin: 31.845213 xmax: 45.36667 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 14d5676a-… q-101629956… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 2     2 e9 f870ac2b-… 2573f0e6-6b… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 3     3.e9 e5f16d86-… 11505ed9-3e… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… "angustifolia"      
 4     1 e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 5     1 e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 6     1 e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 7     2 e9 14d5676a-… q-101119189… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 8     1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 9     2 e9 14d5676a-… q-100782797… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
10     3.e9 14d5676a-… q-101230077… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

86.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Fraxinus angustifolia dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 86.4: Occurrence de Fraxinus angustifolia dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

86.2 Modélisation de la niche climatique

86.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.438815, 45.36667, 31.84521, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fran Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  fran

     24969 presences,  0 true absences and  72890 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min      temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.224   Min.   :-22.08   Min.   :-14.857   Min.   : 226.3  
 1st Qu.:20.980   1st Qu.: -8.70   1st Qu.:  9.431   1st Qu.: 595.9  
 Median :25.736   Median : -0.98   Median : 12.438   Median : 716.6  
 Mean   :25.803   Mean   : -3.32   Mean   : 12.218   Mean   : 748.0  
 3rd Qu.:28.896   3rd Qu.:  2.32   3rd Qu.: 15.671   3rd Qu.: 894.8  
 Max.   :45.976   Max.   : 12.12   Max.   : 26.380   Max.   :1367.3  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.688  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 25.371  
 Median : 219.0   Median : 32.808  
 Mean   : 220.5   Mean   : 37.461  
 3rd Qu.: 260.0   3rd Qu.: 41.865  
 Max.   :1250.0   Max.   :123.648  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 86.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174876, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.35417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 86.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

86.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for fran_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fran_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fran_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fran Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  fran_PA1 


-=-=-=--=-=-=- fran_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  fran_PA2 


-=-=-=--=-=-=- fran_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  fran_PA3 


-=-=-=--=-=-=- fran_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

86.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    fran_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  727.0      97.061
2    fran_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  724.5      97.076
3   fran_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  544.0      94.563
4   fran_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  543.5      94.563
5 fran_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  351.0      95.299
6 fran_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  352.5      95.229
  specificity calibration validation evaluation
1      65.185       0.622      0.624         NA
2      65.170       0.760      0.757         NA
3      91.805       0.864      0.875         NA
4      91.805       0.975      0.976         NA
5      91.995       0.873      0.884         NA
6      92.080       0.975      0.976         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 86.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

86.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 fran_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.511904
2 fran_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.046127
3 fran_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.011522
4 fran_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.506994
5 fran_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.022566
6 fran_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.018126
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 86.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 86.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

86.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 86.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

86.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : fran

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
fran_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fran_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

86.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fran_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fran_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  494.0      96.792      94.389
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  496.5      96.768      94.435
  calibration validation evaluation
1       0.912         NA         NA
2       0.993         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 86.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fran_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fran_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 fran_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 fran_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 fran_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 fran_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.314723
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.233315
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.027180
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.253501
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.151379
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.069957

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 86.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 86.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

86.3 Projections

86.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fran/current


sp.name : fran

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fran/fran.AllModels.models.out )

models.projected : 
fran_PA1_RUN1_GAM, fran_PA1_RUN1_MARS, fran_PA1_RUN1_MAXNET, fran_PA1_RUN1_GBM, fran_PA1_RUN1_ANN, fran_PA1_RUN1_RF, fran_PA2_RUN1_GAM, fran_PA2_RUN1_MARS, fran_PA2_RUN1_MAXNET, fran_PA2_RUN1_GBM, fran_PA2_RUN1_ANN, fran_PA2_RUN1_RF, fran_PA3_RUN1_GAM, fran_PA3_RUN1_MARS, fran_PA3_RUN1_MAXNET, fran_PA3_RUN1_GBM, fran_PA3_RUN1_ANN, fran_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 86.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 86.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fran/current


sp.name : fran

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fran/fran.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
fran_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fran_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 86.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

86.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fran/cont_gre


sp.name : fran

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fran/fran.AllModels.models.out )

models.projected : 
fran_PA1_RUN1_GAM, fran_PA1_RUN1_MARS, fran_PA1_RUN1_MAXNET, fran_PA1_RUN1_GBM, fran_PA1_RUN1_ANN, fran_PA1_RUN1_RF, fran_PA2_RUN1_GAM, fran_PA2_RUN1_MARS, fran_PA2_RUN1_MAXNET, fran_PA2_RUN1_GBM, fran_PA2_RUN1_ANN, fran_PA2_RUN1_RF, fran_PA3_RUN1_GAM, fran_PA3_RUN1_MARS, fran_PA3_RUN1_MAXNET, fran_PA3_RUN1_GBM, fran_PA3_RUN1_ANN, fran_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 86.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 86.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fran/cont_gre


sp.name : fran

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fran/fran.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
fran_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fran_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 86.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

86.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 86.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 86.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 86.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 86.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

86.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

86.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 86.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 86.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 86.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 86.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

86.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  55         131         272         347.1267    567         763   0      2000
 2  75         339         491         471.8101    593         765   126    2040
 3 104         440         519         505.6197    602         802   126    2060
 4 108         457         528         514.9971    609         766   126    2080
 5 108         467         542         527.8101    621         817   126    2100
 6  89         386         504         491.7086    602         783   245    2040
 7 126         457         507         499.5123    590         744   245    2060
 8 213         497         584         542.7655    630         757   245    2080
 9 232         484         583         527.1856    618         752   245    2100
10  76         324         471         450.0414    566         754   370    2040
11 129         477         535         521.8253    610         747   370    2060
12 224         476         594         528.8087    621         755   370    2080
13 184         252         477         437.0521    549         622   370    2100
14  88         371         497         480.1954    590         754   585    2040
15 183         480         544         518.8679    607         743   585    2060
16 191         263         504         461.0502    581         627   585    2080
17 165         235         386         350.1517    433         600   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 86.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.