129 Cornus mas

129.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.qfwtbn
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252520-230224095556074
  Created: 2023-05-20T16:09:53.566+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:11:21.938+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252520-230224095556074.zip
  Total records: 57221

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 53825 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.294151 ymin: -43.644 xmax: 172.466 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 53,825 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
# ℹ 53,815 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 53 825 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Cornus mas dans le monde.

Figure 129.1: Occurrences de Cornus mas dans le monde.

129.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9907849512
[1] 0.008843474222
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Cornus mas dans la région d'endémisme.

Figure 129.2: Occurrence de Cornus mas dans la région d’endémisme.

129.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      49048 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       2831 
                                                    CC0_1_0 
                                                       1354 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         77 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         16 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          3 
[1] 94.54705695
Occurrence de Cornus mas dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 129.3: Occurrence de Cornus mas dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 50421

129.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -4.938775 ymin: 38.83389 xmax: 46.46389 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 f97eeccc-… "48650"      Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 2     9 e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 3     3.e9 f946666e-… "BDBB97C3-3… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 4     3.e9 dd238f50-… "dcf5f243-8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 5     3.e9 dd238f50-… "acad036d-e… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 6     1.e9 8ea4250e-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 7     3.e9 7a3679ef-… "o-10067288… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 8     3.e9 e5f16d86-… "b6c65f66-1… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 9     3.e9 c7d7f268-… "DSS0043900… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
10     1.e9 8ea4250e-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

129.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Cornus mas dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 129.4: Occurrence de Cornus mas dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

129.2 Modélisation de la niche climatique

129.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -4.938775, 46.46389, 38.83389, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= coma Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  coma

     24999 presences,  0 true absences and  72885 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.224   Min.   :-22.076   Min.   :-14.857   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.864   1st Qu.: -8.716   1st Qu.:  8.625   1st Qu.: 620.3  
 Median :23.908   Median : -2.588   Median : 13.050   Median : 727.8  
 Mean   :25.097   Mean   : -4.094   Mean   : 12.298   Mean   : 758.4  
 3rd Qu.:28.060   3rd Qu.:  0.712   3rd Qu.: 16.382   3rd Qu.: 895.7  
 Max.   :45.744   Max.   : 12.196   Max.   : 26.185   Max.   :1380.9  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.496  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 20.584  
 Median : 217.0   Median : 30.766  
 Mean   : 219.8   Mean   : 34.393  
 3rd Qu.: 252.0   3rd Qu.: 39.445  
 Max.   :1240.0   Max.   :123.521  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 129.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174996, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 129.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

129.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for coma_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for coma_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for coma_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= coma Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  coma_PA1 


-=-=-=--=-=-=- coma_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  coma_PA2 


-=-=-=--=-=-=- coma_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  coma_PA3 


-=-=-=--=-=-=- coma_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

129.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    coma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  636.0      94.955
2    coma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  632.5      95.035
3   coma_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  403.0      96.590
4   coma_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  403.5      96.585
5 coma_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  367.0      94.305
6 coma_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  369.5      94.145
  specificity calibration validation evaluation
1      60.455       0.554      0.550         NA
2      60.425       0.716      0.716         NA
3      86.140       0.827      0.826         NA
4      86.165       0.963      0.964         NA
5      88.220       0.826      0.822         NA
6      88.435       0.964      0.965         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 129.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

129.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 coma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.364957
2 coma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.240219
3 coma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.006535
4 coma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.281042
5 coma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.029147
6 coma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.009934
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 129.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 129.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

129.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 129.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

129.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : coma

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
coma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, coma_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

129.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 coma_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 coma_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  526.0       95.80      92.152
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  519.5       95.94      92.026
  calibration validation evaluation
1       0.880         NA         NA
2       0.987         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 129.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 coma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 coma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 coma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 coma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 coma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 coma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.170306
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.363594
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.032707
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.121459
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.075353
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.128907

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 129.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 129.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

129.3 Projections

129.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coma/current


sp.name : coma

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coma/coma.AllModels.models.out )

models.projected : 
coma_PA1_RUN1_GAM, coma_PA1_RUN1_MARS, coma_PA1_RUN1_MAXNET, coma_PA1_RUN1_GBM, coma_PA1_RUN1_RF, coma_PA2_RUN1_GAM, coma_PA2_RUN1_MARS, coma_PA2_RUN1_MAXNET, coma_PA2_RUN1_GBM, coma_PA2_RUN1_RF, coma_PA3_RUN1_GAM, coma_PA3_RUN1_MARS, coma_PA3_RUN1_MAXNET, coma_PA3_RUN1_GBM, coma_PA3_RUN1_ANN, coma_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 129.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 129.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coma/current


sp.name : coma

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coma/coma.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
coma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, coma_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 129.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

129.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coma/cont_gre


sp.name : coma

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coma/coma.AllModels.models.out )

models.projected : 
coma_PA1_RUN1_GAM, coma_PA1_RUN1_MARS, coma_PA1_RUN1_MAXNET, coma_PA1_RUN1_GBM, coma_PA1_RUN1_RF, coma_PA2_RUN1_GAM, coma_PA2_RUN1_MARS, coma_PA2_RUN1_MAXNET, coma_PA2_RUN1_GBM, coma_PA2_RUN1_RF, coma_PA3_RUN1_GAM, coma_PA3_RUN1_MARS, coma_PA3_RUN1_MAXNET, coma_PA3_RUN1_GBM, coma_PA3_RUN1_ANN, coma_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 129.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 129.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coma/cont_gre


sp.name : coma

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coma/coma.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
coma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, coma_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 129.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

129.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 129.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 129.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 129.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 129.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

129.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

129.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 129.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 129.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 129.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 129.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

129.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 304         568         716         679.9607    813         858   0      2000
 2 254         569         775         688.3628    823         862   126    2040
 3 246         513         741         654.7157    802         857   126    2060
 4 253         517         750         664.0074    817         859   126    2080
 5 254         535         759         666.9025    804         853   126    2100
 6 240         560         791         687.7260    828         861   245    2040
 7 258         472         703         630.8226    790         859   245    2060
 8 259         435         689         614.6564    786         852   245    2080
 9 248         379         618         562.6786    720         843   245    2100
10 233         542         748         669.0153    816         861   370    2040
11 260         479         715         633.7423    785         852   370    2060
12 249         342         576         537.3072    699         846   370    2080
13 146         257         363         358.8263    436         667   370    2100
14 246         541         755         674.8228    819         861   585    2040
15 260         442         689         613.5218    778         851   585    2060
16 151         277         437         420.8806    527         697   585    2080
17  97         195         220         227.6003    263         507   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 129.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.