65 Pinus sylvestris

65.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.7tqgsc
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252105-230224095556074
  Created: 2023-05-20T11:34:08.650+00:00
  Modified: 2023-05-20T11:41:22.505+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252105-230224095556074.zip
  Total records: 467097

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 467097 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.94699 ymin: -45.021667 xmax: 176.461854 ymax: 70.9369
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 467,097 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 7     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
# ℹ 467,087 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 467 097 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pinus sylvestris dans le monde.

Figure 65.1: Occurrences de Pinus sylvestris dans le monde.

65.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9795417226
[1] 0.00285165608
[1] 0.0091372884

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pinus sylvestris dans la région d'endémisme.

Figure 65.2: Occurrence de Pinus sylvestris dans la région d’endémisme.

65.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      318831        56046        82664 
[1] 87.75060596
Occurrence de Pinus sylvestris dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 65.3: Occurrence de Pinus sylvestris dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 401495

65.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.487441 ymin: 36.96 xmax: 45.7318 ymax: 70.179988
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 75956ee6-… "http://flo… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 2     3.e9 e5f16d86-… "bb03408d-e… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 3     2 e9 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 4     1.e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 5     1.e9 f2e389da-… "http://tun… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 6     1 e9 75956ee6-… "http://pif… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 7     3.e9 f11a63fa-… "cf42329d-6… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 8     1 e9 75956ee6-… "http://flo… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 9     3.e9 f2e389da-… "http://tun… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
10     1.e9 8ea4250e-… "http://id.… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

65.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pinus sylvestris dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 65.4: Occurrence de Pinus sylvestris dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

65.2 Modélisation de la niche climatique

65.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.487441, 45.7318, 36.96, 70.17999  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pisy Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pisy

     24954 presences,  0 true absences and  72881 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.104   Min.   :-11.549   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:19.58   1st Qu.:-10.336   1st Qu.:  8.723   1st Qu.: 631.4  
 Median :22.79   Median : -4.388   Median : 12.831   Median : 761.3  
 Mean   :24.36   Mean   : -5.043   Mean   : 12.117   Mean   : 773.3  
 3rd Qu.:28.00   3rd Qu.:  0.300   3rd Qu.: 15.917   3rd Qu.: 916.5  
 Max.   :46.05   Max.   : 11.356   Max.   : 24.819   Max.   :1394.1  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.61  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 23.67  
 Median : 216.0   Median : 31.27  
 Mean   : 218.9   Mean   : 35.80  
 3rd Qu.: 250.0   3rd Qu.: 39.44  
 Max.   :1245.0   Max.   :122.84  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 65.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174816, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 65.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

65.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pisy_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pisy_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pisy_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pisy Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pisy_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pisy_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pisy_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pisy_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pisy_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pisy_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

65.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  548.0      91.850
2    pisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  549.5      91.765
3   pisy_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  432.0      93.273
4   pisy_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  426.5      93.493
5 pisy_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  387.0      92.932
6 pisy_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  385.5      93.057
  specificity calibration validation evaluation
1      74.870       0.667      0.667         NA
2      75.010       0.894      0.891         NA
3      74.905       0.682      0.676         NA
4      74.685       0.901      0.896         NA
5      77.125       0.700      0.703         NA
6      77.020       0.904      0.901         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 65.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

65.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.132363
2 pisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.101298
3 pisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.148857
4 pisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.591681
5 pisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.116306
6 pisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.289194
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 65.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 65.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

65.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 65.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

65.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pisy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pisy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

65.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pisy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pisy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  657.0      95.832      94.936
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  664.5      95.608      95.178
  calibration validation evaluation
1       0.908         NA         NA
2       0.993         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 65.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.591897
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.489987
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.406724
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.514898
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.400307
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.484935

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 65.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 65.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

65.3 Projections

65.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pisy/current


sp.name : pisy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pisy/pisy.AllModels.models.out )

models.projected : 
pisy_PA1_RUN1_GAM, pisy_PA1_RUN1_MARS, pisy_PA1_RUN1_MAXNET, pisy_PA1_RUN1_GBM, pisy_PA1_RUN1_RF, pisy_PA2_RUN1_GAM, pisy_PA2_RUN1_MARS, pisy_PA2_RUN1_MAXNET, pisy_PA2_RUN1_GBM, pisy_PA2_RUN1_RF, pisy_PA3_RUN1_GAM, pisy_PA3_RUN1_MARS, pisy_PA3_RUN1_MAXNET, pisy_PA3_RUN1_GBM, pisy_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 65.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 65.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pisy/current


sp.name : pisy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pisy/pisy.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pisy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 65.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

65.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pisy/cont_gre


sp.name : pisy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pisy/pisy.AllModels.models.out )

models.projected : 
pisy_PA1_RUN1_GAM, pisy_PA1_RUN1_MARS, pisy_PA1_RUN1_MAXNET, pisy_PA1_RUN1_GBM, pisy_PA1_RUN1_RF, pisy_PA2_RUN1_GAM, pisy_PA2_RUN1_MARS, pisy_PA2_RUN1_MAXNET, pisy_PA2_RUN1_GBM, pisy_PA2_RUN1_RF, pisy_PA3_RUN1_GAM, pisy_PA3_RUN1_MARS, pisy_PA3_RUN1_MAXNET, pisy_PA3_RUN1_GBM, pisy_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 65.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 65.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pisy/cont_gre


sp.name : pisy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pisy/pisy.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pisy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 65.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

65.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 65.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 65.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 65.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 65.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

65.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

65.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 65.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 65.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 65.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 65.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

65.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 243         542         735         698.09924   866         999   0      2000
 2  30         233         434         418.59630   602         903   126    2040
 3  23         139         314         324.27293   489         766   126    2060
 4  23         127         292         314.03522   451         778   126    2080
 5  49         164         316         331.78855   481         747   126    2100
 6  39         219         409         402.47227   563         923   245    2040
 7  27          77         209         223.46940   339         668   245    2060
 8  50          75         143         191.42658   276         648   245    2080
 9  40          74          99         120.13637   146         458   245    2100
10  48         179         377         374.49237   514         849   370    2040
11  39          81         228         247.50510   378         676   370    2060
12  45          61          92         114.57959   154         453   370    2080
13   5          28          38          38.95783    48         149   370    2100
14  21         193         371         368.36722   520         849   585    2040
15  53          76         137         178.75246   254         575   585    2060
16   3          31          39          40.85686    50         186   585    2080
17   5          23          29          29.59545    35          88   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 65.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.