151 Paulownia tomentosa

151.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.h5gbm4
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252640-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:41:48.868+00:00
  Modified: 2023-05-20T17:42:46.860+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252640-230224095556074.zip
  Total records: 17127

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 16931 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -155.620127 ymin: -45.89327 xmax: 177.109476 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 16,931 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
# ℹ 16,921 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 16 931 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Paulownia tomentosa dans le monde.

Figure 151.1: Occurrences de Paulownia tomentosa dans le monde.

151.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.7209851751
[1] 0.2269800957
[1] 0.04471088536

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Paulownia tomentosa dans la région d'endémisme.

Figure 151.2: Occurrence de Paulownia tomentosa dans la région d’endémisme.

151.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                   10606 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                    1411 
                                                 CC0_1_0 
                                                     165 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                      22 
   https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       3 
[1] 88.26083395
Occurrence de Paulownia tomentosa dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 151.3: Occurrence de Paulownia tomentosa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 10774

151.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 10774 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.147282 ymin: 30.029 xmax: 46.098694 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 10,774 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Paulo… Paul… Paulow… ""                  
# ℹ 10,764 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

151.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Paulownia tomentosa dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 151.4: Occurrence de Paulownia tomentosa dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

151.2 Modélisation de la niche climatique

151.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 10774, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.147282, 46.09869, 30.029, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pato Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pato

     10773 presences,  0 true absences and  31935 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 4.38   Min.   :-21.896   Min.   :-9.226   Min.   : 251.3  
 1st Qu.:20.86   1st Qu.: -8.628   1st Qu.: 9.480   1st Qu.: 624.2  
 Median :24.33   Median : -2.936   Median :13.612   Median : 743.4  
 Mean   :25.24   Mean   : -3.945   Mean   :12.840   Mean   : 757.9  
 3rd Qu.:28.40   3rd Qu.:  1.436   3rd Qu.:16.833   3rd Qu.: 895.4  
 Max.   :45.62   Max.   : 12.376   Max.   :26.027   Max.   :1393.9  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   4.0   Min.   :  7.255  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 23.146  
 Median : 218.0   Median : 31.504  
 Mean   : 225.4   Mean   : 35.667  
 3rd Qu.: 263.0   3rd Qu.: 41.016  
 Max.   :1264.0   Max.   :122.887  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 151.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 75414, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.27083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 151.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

151.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pato_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pato_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pato_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pato Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pato_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pato_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pato_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pato_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pato_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pato_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

151.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pato_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  606.0      95.579
2    pato_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  608.5      95.533
3   pato_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  524.0      94.129
4   pato_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  522.5      94.210
5 pato_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  384.0      95.289
6 pato_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  375.5      95.799
  specificity calibration validation evaluation
1      64.404       0.600      0.604         NA
2      64.497       0.732      0.736         NA
3      86.646       0.808      0.806         NA
4      86.634       0.949      0.948         NA
5      86.947       0.823      0.835         NA
6      86.576       0.959      0.959         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 151.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

151.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pato_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.311901
2 pato_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.259830
3 pato_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.020562
4 pato_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.465975
5 pato_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.042411
6 pato_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.019163
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 151.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 151.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

151.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 151.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

151.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pato

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pato_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pato_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

151.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pato_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pato_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  549.0      96.909      92.200
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  549.5      96.909      92.225
  calibration validation evaluation
1       0.891         NA         NA
2       0.989         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 151.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pato_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pato_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pato_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pato_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pato_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pato_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.137860
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.322011
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.041734
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.225429
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.119516
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.132594

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 151.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 151.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

151.3 Projections

151.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pato/current


sp.name : pato

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pato/pato.AllModels.models.out )

models.projected : 
pato_PA1_RUN1_GAM, pato_PA1_RUN1_MARS, pato_PA1_RUN1_MAXNET, pato_PA1_RUN1_GBM, pato_PA1_RUN1_ANN, pato_PA1_RUN1_RF, pato_PA2_RUN1_GAM, pato_PA2_RUN1_MARS, pato_PA2_RUN1_MAXNET, pato_PA2_RUN1_GBM, pato_PA2_RUN1_ANN, pato_PA2_RUN1_RF, pato_PA3_RUN1_GAM, pato_PA3_RUN1_MARS, pato_PA3_RUN1_MAXNET, pato_PA3_RUN1_GBM, pato_PA3_RUN1_ANN, pato_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 151.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 151.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pato/current


sp.name : pato

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pato/pato.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pato_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pato_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 151.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

151.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pato/cont_gre


sp.name : pato

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pato/pato.AllModels.models.out )

models.projected : 
pato_PA1_RUN1_GAM, pato_PA1_RUN1_MARS, pato_PA1_RUN1_MAXNET, pato_PA1_RUN1_GBM, pato_PA1_RUN1_ANN, pato_PA1_RUN1_RF, pato_PA2_RUN1_GAM, pato_PA2_RUN1_MARS, pato_PA2_RUN1_MAXNET, pato_PA2_RUN1_GBM, pato_PA2_RUN1_ANN, pato_PA2_RUN1_RF, pato_PA3_RUN1_GAM, pato_PA3_RUN1_MARS, pato_PA3_RUN1_MAXNET, pato_PA3_RUN1_GBM, pato_PA3_RUN1_ANN, pato_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 151.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 151.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pato/cont_gre


sp.name : pato

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pato/pato.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pato_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pato_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 151.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

151.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 151.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 151.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 151.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 151.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

151.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

151.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 151.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 151.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 151.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 151.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

151.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 114         423         567         559.3853    692         818   0      2000
 2 213         506         717         648.9083    771         816   126    2040
 3 203         480         709         633.5881    753         809   126    2060
 4 226         485         729         645.3790    764         813   126    2080
 5 215         497         710         638.1488    753         807   126    2100
 6 274         533         745         660.9178    776         811   245    2040
 7 238         465         708         629.5909    754         803   245    2060
 8 276         464         715         631.7501    757         806   245    2080
 9 239         444         659         597.8893    725         782   245    2100
10 208         487         708         638.6757    763         807   370    2040
11 231         477         711         631.6294    750         804   370    2060
12 236         425         635         582.4872    715         782   370    2080
13 223         373         483         484.4288    586         755   370    2100
14 219         492         720         645.6795    767         807   585    2040
15 275         477         717         633.8135    750         801   585    2060
16 199         398         541         529.3290    640         773   585    2080
17 126         296         347         347.7405    402         683   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 151.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.