42 Populus nigra

42.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.85yex8
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232095-230224095556074
  Created: 2023-05-11T07:07:20.329+00:00
  Modified: 2023-05-11T07:09:03.101+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232095-230224095556074.zip
  Total records: 83539

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 83539 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -132.104167 ymin: -51.633081 xmax: 176.837443 ymax: 86.92284
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 83,539 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 2    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 3    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 4    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 5    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 6    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 7    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 8    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 9    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
10    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
# ℹ 83,529 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 83 539 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Populus nigra dans le monde.

Figure 42.1: Occurrences de Populus nigra dans le monde.

42.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9688648416
[1] 0.003603107531
[1] 0.002705323262

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Populus nigra dans la région d'endémisme.

Figure 42.2: Occurrence de Populus nigra dans la région d’endémisme.

42.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      61723 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       8372 
                                                    CC0_1_0 
                                                       1247 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       7494 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       1993 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                        109 
[1] 80.39734117
Occurrence de Populus nigra dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 42.3: Occurrence de Populus nigra dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 65072

42.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.260415 ymin: 31.961506 xmax: 46.84191 ymax: 62.4993
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 2    1 e9 75956ee6-… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 3    1 e9 75956ee6-… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 4    1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 5    3.e9 14d5676a-… q-100724157… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 6    2 e9 7a3679ef-… o-1007248694 Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 7    3.e9 14d81697-… 54a960a6-82… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 8    3.e9 403cea9f-… afd767eb-4b… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 9    2 e9 dd238f50-… 9f95228d-63… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
10    1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

42.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Populus nigra dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 42.4: Occurrence de Populus nigra dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

42.2 Modélisation de la niche climatique

42.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.260415, 46.84191, 31.96151, 62.4993  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= poni Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  poni

     24977 presences,  0 true absences and  72883 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.224   Min.   :-22.000   Min.   :-14.857   Min.   : 202.1  
 1st Qu.:20.704   1st Qu.: -8.724   1st Qu.:  9.324   1st Qu.: 621.9  
 Median :24.716   Median : -2.404   Median : 12.791   Median : 718.4  
 Mean   :25.341   Mean   : -3.930   Mean   : 12.305   Mean   : 754.6  
 3rd Qu.:28.521   3rd Qu.:  1.140   3rd Qu.: 16.047   3rd Qu.: 896.3  
 Max.   :46.104   Max.   : 12.124   Max.   : 26.293   Max.   :1393.2  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.852  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 22.567  
 Median : 220.0   Median : 31.160  
 Mean   : 223.6   Mean   : 35.333  
 3rd Qu.: 270.0   3rd Qu.: 39.554  
 Max.   :1261.0   Max.   :123.597  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 42.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174908, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 42.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

42.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for poni_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for poni_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for poni_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= poni Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  poni_PA1 


-=-=-=--=-=-=- poni_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  poni_PA2 


-=-=-=--=-=-=- poni_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  poni_PA3 


-=-=-=--=-=-=- poni_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

42.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    poni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  626.0      94.765
2    poni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  634.5      94.525
3   poni_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  439.0      95.661
4   poni_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  445.5      95.576
5 poni_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  369.0      94.515
6 poni_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  355.5      95.291
  specificity calibration validation evaluation
1      68.845       0.636      0.634         NA
2      69.145       0.818      0.822         NA
3      85.985       0.816      0.824         NA
4      86.100       0.962      0.962         NA
5      88.530       0.830      0.831         NA
6      87.810       0.960      0.961         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 42.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

42.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 poni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.632697
2 poni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.157845
3 poni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.016815
4 poni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.890299
5 poni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.017094
6 poni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.020860
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 42.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 42.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

42.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 42.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

42.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : poni

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
poni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, poni_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

42.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 poni_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 poni_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  591.0      94.359      93.177
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  598.5      94.183      93.453
  calibration validation evaluation
1       0.875         NA         NA
2       0.988         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 42.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 poni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 poni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 poni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 poni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 poni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 poni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.274966
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.103969
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.051353
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.469772
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.208769
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.257852

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 42.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 42.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

42.3 Projections

42.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poni/current


sp.name : poni

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poni/poni.AllModels.models.out )

models.projected : 
poni_PA1_RUN1_GAM, poni_PA1_RUN1_MARS, poni_PA1_RUN1_MAXNET, poni_PA1_RUN1_GBM, poni_PA1_RUN1_ANN, poni_PA1_RUN1_RF, poni_PA2_RUN1_GAM, poni_PA2_RUN1_MARS, poni_PA2_RUN1_MAXNET, poni_PA2_RUN1_GBM, poni_PA2_RUN1_ANN, poni_PA2_RUN1_RF, poni_PA3_RUN1_GAM, poni_PA3_RUN1_MARS, poni_PA3_RUN1_MAXNET, poni_PA3_RUN1_GBM, poni_PA3_RUN1_ANN, poni_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 42.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 42.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poni/current


sp.name : poni

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poni/poni.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
poni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, poni_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 42.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

42.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poni/cont_gre


sp.name : poni

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poni/poni.AllModels.models.out )

models.projected : 
poni_PA1_RUN1_GAM, poni_PA1_RUN1_MARS, poni_PA1_RUN1_MAXNET, poni_PA1_RUN1_GBM, poni_PA1_RUN1_ANN, poni_PA1_RUN1_RF, poni_PA2_RUN1_GAM, poni_PA2_RUN1_MARS, poni_PA2_RUN1_MAXNET, poni_PA2_RUN1_GBM, poni_PA2_RUN1_ANN, poni_PA2_RUN1_RF, poni_PA3_RUN1_GAM, poni_PA3_RUN1_MARS, poni_PA3_RUN1_MAXNET, poni_PA3_RUN1_GBM, poni_PA3_RUN1_ANN, poni_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 42.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 42.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poni/cont_gre


sp.name : poni

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poni/poni.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
poni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, poni_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 42.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

42.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 42.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 42.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 42.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 42.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

42.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

42.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 42.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 42.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 42.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 42.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

42.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 352         708         758         747.7066    808         877   0      2000
 2 374         680         741         725.3292    779         872   126    2040
 3 398         619         712         696.8527    747         868   126    2060
 4 448         675         722         715.1044    768         864   126    2080
 5 457         686         717         714.4997    747         859   126    2100
 6 396         690         750         732.2733    798         870   245    2040
 7 460         605         671         673.9394    734         850   245    2060
 8 497         610         691         678.9080    736         846   245    2080
 9 457         582         636         634.1334    687         782   245    2100
10 353         611         720         699.6075    766         870   370    2040
11 468         615         690         680.6048    732         855   370    2060
12 396         552         614         610.9689    687         783   370    2080
13 335         410         445         448.7535    482         588   370    2100
14 388         678         730         718.4759    774         869   585    2040
15 466         596         656         655.0640    711         811   585    2060
16 366         439         483         490.9196    550         617   585    2080
17 241         326         359         357.9706    393         450   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 42.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.