195 Carya illinoinensis

195.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.2xjyj6
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260765-230224095556074
  Created: 2023-05-25T09:31:37.879+00:00
  Modified: 2023-05-25T09:32:38.507+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260765-230224095556074.zip
  Total records: 3697

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 3697 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.3513 ymin: -34.392713 xmax: 151.547222 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 3,697 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3050997649 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 2 3051283612 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 3  930742955 0096dfc0-9925-47… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 4  930742950 0096dfc0-9925-47… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 5  930742939 0096dfc0-9925-47… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 6  930741035 0096dfc0-9925-47… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 7  930741000 0096dfc0-9925-47… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 8  930740623 0096dfc0-9925-47… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 9  930739847 0096dfc0-9925-47… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
10  923918580 50c9509d-22c7-4a… http://www.… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
# ℹ 3,687 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 3 697 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Carya illinoinensis dans le monde.

Figure 195.1: Occurrences de Carya illinoinensis dans le monde.

195.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.005950770895
[1] 0.9826886665
[1] 0.001352447931

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Carya illinoinensis dans la région d'endémisme.

Figure 195.2: Occurrence de Carya illinoinensis dans la région d’endémisme.

195.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         821         2586          226 
[1] 28.81915772
Occurrence de Carya illinoinensis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 195.3: Occurrence de Carya illinoinensis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1047

195.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1047 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.3513 ymin: 16.98556 xmax: -73.839841 ymax: 47.6499
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,047 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3050997649 c4e1739b-e225-47… "BISON:New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 2 3051283612 c4e1739b-e225-47… "BISON:New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 3  930742955 0096dfc0-9925-47… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 4  930742950 0096dfc0-9925-47… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 5  930742939 0096dfc0-9925-47… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 6  930741035 0096dfc0-9925-47… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 7  930741000 0096dfc0-9925-47… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 8  930740623 0096dfc0-9925-47… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
 9  930739847 0096dfc0-9925-47… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
10  920928633 6ac3f774-d9fb-47… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya …
# ℹ 1,037 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

195.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Carya illinoinensis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 195.4: Occurrence de Carya illinoinensis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

195.2 Modélisation de la niche climatique

195.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1047, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -122.3513, -73.83984, 16.98556, 47.6499  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cail Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  cail

     1047 presences,  0 true absences and  3139 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.596   Min.   :-10.78   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:24.31   1st Qu.:-14.434   1st Qu.: 13.20   1st Qu.: 670.0  
 Median :29.86   Median : -5.174   Median : 18.67   Median : 819.4  
 Mean   :28.68   Mean   : -6.194   Mean   : 17.38   Mean   : 830.7  
 3rd Qu.:33.12   3rd Qu.:  2.168   3rd Qu.: 22.93   3rd Qu.:1027.3  
 Max.   :44.24   Max.   : 22.600   Max.   : 32.89   Max.   :1458.4  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :  27.0   Min.   :  6.36  
 1st Qu.: 207.0   1st Qu.: 24.34  
 Median : 290.0   Median : 38.99  
 Mean   : 309.7   Mean   : 44.79  
 3rd Qu.: 346.0   3rd Qu.: 61.23  
 Max.   :1859.0   Max.   :132.06  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 195.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 7329, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.7708, -53.14583, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 195.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

195.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for cail_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cail_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cail_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cail Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  cail_PA1 


-=-=-=--=-=-=- cail_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  cail_PA2 


-=-=-=--=-=-=- cail_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  cail_PA3 


-=-=-=--=-=-=- cail_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

195.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    cail_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  914.0      97.375
2    cail_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  898.5      97.494
3   cail_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  515.0      93.437
4   cail_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  512.5      93.675
5 cail_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  368.0      96.897
6 cail_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  367.5      96.897
  specificity calibration validation evaluation
1      70.406       0.678      0.684         NA
2      70.286       0.858      0.857         NA
3      84.368       0.779      0.770         NA
4      84.368       0.948      0.941         NA
5      81.623       0.784      0.789         NA
6      81.623       0.945      0.947         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 195.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

195.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 cail_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.288748
2 cail_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.448510
3 cail_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.078978
4 cail_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.067510
5 cail_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.027688
6 cail_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.105267
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 195.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 195.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

195.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 195.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

195.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : cail

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
cail_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cail_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

195.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cail_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cail_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS    646      93.696      94.521
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC    649      93.696      94.712
  calibration validation evaluation
1       0.882         NA         NA
2       0.987         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 195.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cail_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cail_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 cail_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 cail_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 cail_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 cail_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.322885
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.499687
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.298890
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.182282
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.120603
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.082551

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 195.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 195.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

195.3 Projections

195.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cail/current


sp.name : cail

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cail/cail.AllModels.models.out )

models.projected : 
cail_PA1_RUN1_GAM, cail_PA1_RUN1_MARS, cail_PA1_RUN1_MAXNET, cail_PA1_RUN1_GBM, cail_PA1_RUN1_ANN, cail_PA1_RUN1_RF, cail_PA2_RUN1_GAM, cail_PA2_RUN1_MARS, cail_PA2_RUN1_MAXNET, cail_PA2_RUN1_GBM, cail_PA2_RUN1_ANN, cail_PA2_RUN1_RF, cail_PA3_RUN1_GAM, cail_PA3_RUN1_MARS, cail_PA3_RUN1_MAXNET, cail_PA3_RUN1_GBM, cail_PA3_RUN1_ANN, cail_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 195.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 195.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cail/current


sp.name : cail

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cail/cail.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cail_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cail_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 195.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

195.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cail/cont_gre


sp.name : cail

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cail/cail.AllModels.models.out )

models.projected : 
cail_PA1_RUN1_GAM, cail_PA1_RUN1_MARS, cail_PA1_RUN1_MAXNET, cail_PA1_RUN1_GBM, cail_PA1_RUN1_ANN, cail_PA1_RUN1_RF, cail_PA2_RUN1_GAM, cail_PA2_RUN1_MARS, cail_PA2_RUN1_MAXNET, cail_PA2_RUN1_GBM, cail_PA2_RUN1_ANN, cail_PA2_RUN1_RF, cail_PA3_RUN1_GAM, cail_PA3_RUN1_MARS, cail_PA3_RUN1_MAXNET, cail_PA3_RUN1_GBM, cail_PA3_RUN1_ANN, cail_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 195.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 195.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cail/cont_gre


sp.name : cail

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cail/cail.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cail_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cail_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 195.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

195.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 195.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 195.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 195.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 195.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

195.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

195.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 195.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 195.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 195.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 195.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

195.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  54         129         175         233.8014    232         634   0      2000
 2 107         244         304         353.8548    498         681   126    2040
 3 123         273         323         380.2122    495         700   126    2060
 4 110         282         327         390.1550    518         721   126    2080
 5 121         272         336         386.7363    501         703   126    2100
 6 119         267         311         368.9537    509         695   245    2040
 7 126         292         331         394.7333    514         705   245    2060
 8 208         324         372         427.0111    535         708   245    2080
 9 194         352         390         437.5481    570         724   245    2100
10 102         233         302         346.5377    492         682   370    2040
11 148         296         353         401.6608    502         707   370    2060
12 212         365         465         450.0410    573         706   370    2080
13 276         535         584         566.5471    635         739   370    2100
14 102         252         311         366.1586    522         709   585    2040
15 184         322         374         422.8552    519         712   585    2060
16 225         442         539         523.0112    620         722   585    2080
17 309         568         592         617.3855    688         757   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 195.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.