219 Pyrus spinosa

219.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.yt9gxp
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260927-230224095556074
  Created: 2023-05-25T12:28:36.849+00:00
  Modified: 2023-05-25T12:29:39.053+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260927-230224095556074.zip
  Total records: 7219

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 7219 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.739188 ymin: -34.911781 xmax: 138.833333 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 7,219 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1  895206398 834a4794-f762-11… D7278BE0-13… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 2  895206239 834a4794-f762-11… 96C73431-80… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 3  895206215 834a4794-f762-11… F347E627-1F… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 4  895189651 834a4794-f762-11… 45EDA0A2-BF… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 5  895189310 834a4794-f762-11… 540D1EBA-28… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 6  895187724 834a4794-f762-11… 5490CBB7-77… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 7  788817112 aab0cf80-0c64-11… LD:General:… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 8  788816990 aab0cf80-0c64-11… LD:General:… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 9 4111744316 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
10 4091945201 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
# ℹ 7,209 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 7 219 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pyrus spinosa dans le monde.

Figure 219.1: Occurrences de Pyrus spinosa dans le monde.

219.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9997229533
[1] 0
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pyrus spinosa dans la région d'endémisme.

Figure 219.2: Occurrence de Pyrus spinosa dans la région d’endémisme.

219.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        6782          340           95 
[1] 95.28890121
Occurrence de Pyrus spinosa dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 219.3: Occurrence de Pyrus spinosa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 6877

219.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 6877 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.739188 ymin: 34.658001 xmax: 33.689619 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,877 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 4089647687 7f5260c2-f762-11… https://w.j… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 2 4089644243 7f5260c2-f762-11… https://w.j… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 3 4089642698 7f5260c2-f762-11… https://w.j… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 4 4089641707 7f5260c2-f762-11… https://w.j… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 5 4050318570 5cf165d9-9437-47… 0d22bc47-b1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 6 4049833372 0d08b2fb-3d2a-49… 40df20b5-5a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 7 3998741385 14d5676a-2c54-4f… q-101586663… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 8 3997893343 14d5676a-2c54-4f… q-100958088… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
 9 3997771395 7a3679ef-5582-4a… o-1006709166 Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
10 3992668030 cdd69da4-9ac3-47… 79cbc154-b4… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus …
# ℹ 6,867 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

219.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pyrus spinosa dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 219.4: Occurrence de Pyrus spinosa dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

219.2 Modélisation de la niche climatique

219.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 6877, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.739188, 33.68962, 34.658, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pysp Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pysp

     6867 presences,  0 true absences and  20478 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 2.804   Min.   :-21.740   Min.   :-8.920   Min.   : 229.5  
 1st Qu.:20.984   1st Qu.: -8.684   1st Qu.: 9.441   1st Qu.: 608.6  
 Median :25.968   Median : -1.660   Median :12.448   Median : 713.0  
 Mean   :25.794   Mean   : -3.508   Mean   :12.179   Mean   : 751.9  
 3rd Qu.:28.768   3rd Qu.:  2.012   3rd Qu.:15.558   3rd Qu.: 896.1  
 Max.   :45.600   Max.   : 12.132   Max.   :26.407   Max.   :1365.5  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :   4   Min.   :  5.671  
 1st Qu.: 181   1st Qu.: 26.500  
 Median : 224   Median : 32.800  
 Mean   : 225   Mean   : 37.885  
 3rd Qu.: 273   3rd Qu.: 42.045  
 Max.   :1251   Max.   :123.597  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 219.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 48099, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 219.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

219.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pysp_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pysp_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pysp_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pysp Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pysp_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pysp_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pysp_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pysp_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pysp_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pysp_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

219.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pysp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  889.0      99.072
2    pysp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  904.5      99.054
3   pysp_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  463.0      98.234
4   pysp_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  478.0      98.143
5 pysp_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  328.0      97.761
6 pysp_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  339.5      97.434
  specificity calibration validation evaluation
1      67.557       0.666      0.679         NA
2      67.648       0.798      0.802         NA
3      94.220       0.925      0.935         NA
4      94.348       0.989      0.990         NA
5      94.856       0.927      0.934         NA
6      95.365       0.989      0.989         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 219.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

219.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pysp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.656796
2 pysp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.072774
3 pysp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.047692
4 pysp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.672805
5 pysp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.015535
6 pysp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.059382
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 219.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 219.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

219.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 219.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

219.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pysp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pysp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pysp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

219.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pysp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pysp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  591.0      97.626      97.973
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  585.5      97.670      97.944
  calibration validation evaluation
1       0.956         NA         NA
2       0.998         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 219.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pysp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pysp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pysp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pysp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pysp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pysp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.341597
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.248598
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.105337
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.372765
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.332016
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.125081

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 219.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 219.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

219.3 Projections

219.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pysp/current


sp.name : pysp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pysp/pysp.AllModels.models.out )

models.projected : 
pysp_PA1_RUN1_GAM, pysp_PA1_RUN1_MARS, pysp_PA1_RUN1_MAXNET, pysp_PA1_RUN1_GBM, pysp_PA1_RUN1_ANN, pysp_PA1_RUN1_RF, pysp_PA2_RUN1_GAM, pysp_PA2_RUN1_MARS, pysp_PA2_RUN1_MAXNET, pysp_PA2_RUN1_GBM, pysp_PA2_RUN1_ANN, pysp_PA2_RUN1_RF, pysp_PA3_RUN1_GAM, pysp_PA3_RUN1_MARS, pysp_PA3_RUN1_MAXNET, pysp_PA3_RUN1_GBM, pysp_PA3_RUN1_ANN, pysp_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 219.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 219.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pysp/current


sp.name : pysp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pysp/pysp.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pysp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pysp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 219.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

219.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pysp/cont_gre


sp.name : pysp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pysp/pysp.AllModels.models.out )

models.projected : 
pysp_PA1_RUN1_GAM, pysp_PA1_RUN1_MARS, pysp_PA1_RUN1_MAXNET, pysp_PA1_RUN1_GBM, pysp_PA1_RUN1_ANN, pysp_PA1_RUN1_RF, pysp_PA2_RUN1_GAM, pysp_PA2_RUN1_MARS, pysp_PA2_RUN1_MAXNET, pysp_PA2_RUN1_GBM, pysp_PA2_RUN1_ANN, pysp_PA2_RUN1_RF, pysp_PA3_RUN1_GAM, pysp_PA3_RUN1_MARS, pysp_PA3_RUN1_MAXNET, pysp_PA3_RUN1_GBM, pysp_PA3_RUN1_ANN, pysp_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 219.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 219.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pysp/cont_gre


sp.name : pysp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pysp/pysp.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pysp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pysp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 219.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

219.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 219.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 219.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 219.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 219.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

219.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

219.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 219.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 219.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 219.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 219.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

219.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  95         154         215         263.7345    355         689   0      2000
 2  98         215         284         296.3533    363         598   126    2040
 3  93         250         323         321.9445    378         729   126    2060
 4 100         302         391         393.6608    483         794   126    2080
 5  95         277         352         347.5837    416         727   126    2100
 6  97         217         294         298.7723    366         583   245    2040
 7  87         268         328         327.9255    387         739   245    2060
 8  86         267         340         335.7285    403         704   245    2080
 9  82         233         328         329.6854    422         639   245    2100
10  91         205         264         275.0092    333         610   370    2040
11  86         263         324         323.7572    383         684   370    2060
12  80         202         275         284.8446    369         616   370    2080
13  72         173         239         263.1737    374         482   370    2100
14 102         291         381         382.9970    471         782   585    2040
15  88         269         321         318.3501    373         646   585    2060
16  75         193         257         276.7491    377         481   585    2080
17  58         128         179         196.9648    238         428   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 219.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.