64 Salix viminalis

64.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.462yf6
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252102-230224095556074
  Created: 2023-05-20T11:32:05.651+00:00
  Modified: 2023-05-20T11:33:45.525+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252102-230224095556074.zip
  Total records: 58239

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 58239 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.948889 ymin: -46.175235 xmax: 175.660449 ymax: 72.73668
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 58,239 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 3      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 4      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 5      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 6      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 7      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 8      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 9      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
10      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
# ℹ 58,229 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 58 239 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Salix viminalis dans le monde.

Figure 64.1: Occurrences de Salix viminalis dans le monde.

64.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9820223562
[1] 0.0007383368533
[1] 0.007314686035

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Salix viminalis dans la région d'endémisme.

Figure 64.2: Occurrence de Salix viminalis dans la région d’endémisme.

64.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      33854 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       4833 
                                                    CC0_1_0 
                                                       6737 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       9895 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       1769 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                        104 
[1] 74.24814659
Occurrence de Salix viminalis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 64.3: Occurrence de Salix viminalis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 42464

64.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.025409 ymin: 37.14 xmax: 46.8163 ymax: 67.56119
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 2      2e9 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 3      2e9 67fabcac-… "1624152"    Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 4      2e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 5      1e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 6      2e9 67fabcac-… "18837132"   Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 7      2e9 dd238f50-… "8983b347-2… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 8      2e9 67fabcac-… "14308068"   Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 9      1e9 75956ee6-… "http://dig… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
10      2e9 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

64.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Salix viminalis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 64.4: Occurrence de Salix viminalis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

64.2 Modélisation de la niche climatique

64.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.02541, 46.8163, 37.14, 67.56119  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= savi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  savi

     24967 presences,  0 true absences and  72870 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.272   Min.   :-22.080   Min.   :-12.267   Min.   : 197.0  
 1st Qu.:20.196   1st Qu.: -8.908   1st Qu.:  8.568   1st Qu.: 616.2  
 Median :22.976   Median : -3.360   Median : 13.043   Median : 724.6  
 Mean   :24.559   Mean   : -4.298   Mean   : 12.284   Mean   : 755.9  
 3rd Qu.:27.836   3rd Qu.:  0.708   3rd Qu.: 16.207   3rd Qu.: 898.9  
 Max.   :45.968   Max.   : 11.980   Max.   : 26.380   Max.   :1392.7  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.61  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 21.47  
 Median : 213.0   Median : 30.32  
 Mean   : 214.9   Mean   : 34.76  
 3rd Qu.: 245.0   3rd Qu.: 39.04  
 Max.   :1255.0   Max.   :123.00  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 64.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174868, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 64.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

64.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for savi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for savi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for savi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= savi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  savi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- savi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  savi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- savi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  savi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- savi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

64.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    savi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  737.0      92.660
2    savi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  734.5      92.766
3   savi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  500.0      95.114
4   savi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  507.5      95.019
5 savi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  392.0      93.837
6 savi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  392.5      93.812
  specificity calibration validation evaluation
1      61.835       0.545      0.538         NA
2      61.780       0.702      0.695         NA
3      86.975       0.821      0.816         NA
4      87.105       0.949      0.947         NA
5      87.565       0.814      0.806         NA
6      87.615       0.947      0.945         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 64.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

64.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 savi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.328481
2 savi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.094719
3 savi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.033513
4 savi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.285635
5 savi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.043517
6 savi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.120314
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 64.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 64.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

64.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 64.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

64.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : savi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
savi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, savi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

64.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 savi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 savi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  670.0      92.029      95.366
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  672.5      91.925      95.481
  calibration validation evaluation
1       0.874         NA         NA
2       0.987         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 64.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 savi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 savi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 savi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 savi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 savi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 savi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.467637
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.140862
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.040381
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.193862
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.036423
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.220314

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 64.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 64.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

64.3 Projections

64.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/savi/current


sp.name : savi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/savi/savi.AllModels.models.out )

models.projected : 
savi_PA1_RUN1_GAM, savi_PA1_RUN1_MARS, savi_PA1_RUN1_MAXNET, savi_PA1_RUN1_GBM, savi_PA1_RUN1_RF, savi_PA2_RUN1_GAM, savi_PA2_RUN1_MARS, savi_PA2_RUN1_MAXNET, savi_PA2_RUN1_GBM, savi_PA2_RUN1_RF, savi_PA3_RUN1_GAM, savi_PA3_RUN1_MARS, savi_PA3_RUN1_MAXNET, savi_PA3_RUN1_GBM, savi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 64.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 64.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/savi/current


sp.name : savi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/savi/savi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
savi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, savi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 64.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

64.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/savi/cont_gre


sp.name : savi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/savi/savi.AllModels.models.out )

models.projected : 
savi_PA1_RUN1_GAM, savi_PA1_RUN1_MARS, savi_PA1_RUN1_MAXNET, savi_PA1_RUN1_GBM, savi_PA1_RUN1_RF, savi_PA2_RUN1_GAM, savi_PA2_RUN1_MARS, savi_PA2_RUN1_MAXNET, savi_PA2_RUN1_GBM, savi_PA2_RUN1_RF, savi_PA3_RUN1_GAM, savi_PA3_RUN1_MARS, savi_PA3_RUN1_MAXNET, savi_PA3_RUN1_GBM, savi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 64.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 64.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/savi/cont_gre


sp.name : savi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/savi/savi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
savi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, savi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 64.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

64.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 64.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 64.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 64.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 64.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

64.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

64.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 64.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 64.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 64.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 64.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

64.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 108         312         727         583.80561   762         807   0      2000
 2  85         182         534         450.62451   683         766   126    2040
 3  76         152         384         387.20999   612         745   126    2060
 4  71         143         356         373.48537   594         738   126    2080
 5  78         153         380         384.52231   602         724   126    2100
 6  79         180         497         444.84787   688         761   245    2040
 7  56         126         295         326.90772   525         725   245    2060
 8  59         112         247         275.70044   387         696   245    2080
 9  38          98         200         214.48623   291         662   245    2100
10  71         174         491         434.05545   666         771   370    2040
11  66         130         302         332.97124   534         710   370    2060
12  38          98         183         195.51887   272         658   370    2080
13  25          36          60          69.85770    98         358   370    2100
14  77         161         461         415.41816   640         744   585    2040
15  53         107         256         283.57655   424         690   585    2060
16  28          41          78          87.93293   126         465   585    2080
17  20          24          29          30.82821    35         113   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 64.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.