232 Tipuana tipu

232.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.kgfxmw
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260992-230224095556074
  Created: 2023-05-25T13:13:34.992+00:00
  Modified: 2023-05-25T13:14:17.475+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260992-230224095556074.zip
  Total records: 1103

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1103 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.2186 ymin: -37.371128 xmax: 159.069193 ymax: 43.6874
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,103 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 912260123 cd6e21c8-9e8a-493… "http://spe… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 2 912259762 cd6e21c8-9e8a-493… "http://spe… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 3 910472193 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:27… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 4 910469616 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:24… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 5 910469567 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:25… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 6 910469557 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:24… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 7 781078174 962cceea-f762-11e… "MGC:MGC-Co… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 8 575049947 bf2a4bf0-5f31-11d… "http://dat… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 9  48861033 8582b50a-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
10  48681545 8582b50a-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
# ℹ 1,093 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 1 103 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Tipuana tipu dans le monde.

Figure 232.1: Occurrences de Tipuana tipu dans le monde.

232.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.508612874
[1] 0.02901178604
[1] 0.001813236627

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Tipuana tipu dans la région d'endémisme.

Figure 232.2: Occurrence de Tipuana tipu dans la région d’endémisme.

232.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0 
         506           55 
[1] 90.19607843
Occurrence de Tipuana tipu dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 232.3: Occurrence de Tipuana tipu dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 506

232.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 506 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.640184 ymin: 31.200001 xmax: 35.687056 ymax: 43.49048
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 506 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1   48861033 8582b50a-f762-11… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 2   48681545 8582b50a-f762-11… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 3   48624625 8582b50a-f762-11… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 4   42260475 8582b50a-f762-11… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 5 3987112020 d8cd16ba-bb74-44… "JX571906"   Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 6 3959278770 14d5676a-2c54-4f… "q-10275011… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 7 3959234910 14d5676a-2c54-4f… "q-10264892… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 8 3959078635 14d5676a-2c54-4f… "q-10263142… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
 9 3958995687 14d5676a-2c54-4f… "q-10250292… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
10 3958959950 14d5676a-2c54-4f… "q-10279125… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Tipu… Tipuan…
# ℹ 496 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

232.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Tipuana tipu dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 232.4: Occurrence de Tipuana tipu dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

232.2 Modélisation de la niche climatique

232.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 506, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.640184, 35.68706, 31.2, 43.49048  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= titi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  titi

     506 presences,  0 true absences and  1517 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 4.836   Min.   :-21.144   Min.   :-6.913   Min.   : 301.6  
 1st Qu.:20.802   1st Qu.: -8.421   1st Qu.:10.323   1st Qu.: 555.3  
 Median :27.284   Median : -0.844   Median :13.833   Median : 702.6  
 Mean   :26.391   Mean   : -2.410   Mean   :13.234   Mean   : 728.3  
 3rd Qu.:31.090   3rd Qu.:  4.764   3rd Qu.:16.921   3rd Qu.: 881.6  
 Max.   :44.744   Max.   : 10.267   Max.   :23.125   Max.   :1373.7  
 prec_wet_quart   prec_season     
 Min.   :  7.0   Min.   :  8.902  
 1st Qu.:167.0   1st Qu.: 28.239  
 Median :216.0   Median : 34.416  
 Mean   :214.9   Mean   : 40.919  
 3rd Qu.:249.0   3rd Qu.: 47.737  
 Max.   :998.0   Max.   :119.542  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 232.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 3542, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -9.6875, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 232.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

232.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for titi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for titi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for titi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= titi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  titi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- titi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  titi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- titi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  titi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- titi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

232.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    titi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  990.0     100.000
2    titi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  994.5     100.000
3   titi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  515.0      99.259
4   titi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  588.0      98.765
5 titi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  343.0      99.506
6 titi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  345.5      99.506
  specificity calibration validation evaluation
1      73.086       0.731      0.693         NA
2      73.086       0.865      0.845         NA
3      97.531       0.968      0.950         NA
4      98.272       0.997      0.985         NA
5      95.556       0.953      0.931         NA
6      95.802       0.995      0.991         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 232.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

232.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 titi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.443911
2 titi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.085526
3 titi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.010690
4 titi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.104450
5 titi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.007015
6 titi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.073513
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 232.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 232.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

232.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 232.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

232.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : titi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
titi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, titi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

232.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 titi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 titi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  599.0      98.024      98.088
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  597.5      98.024      98.088
  calibration validation evaluation
1       0.961         NA         NA
2       0.998         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 232.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 titi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 titi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 titi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 titi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 titi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 titi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.363651
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.682529
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.175974
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.397260
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.252383
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.079119

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 232.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 232.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

232.3 Projections

232.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/titi/current


sp.name : titi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/titi/titi.AllModels.models.out )

models.projected : 
titi_PA1_RUN1_GAM, titi_PA1_RUN1_MARS, titi_PA1_RUN1_MAXNET, titi_PA1_RUN1_GBM, titi_PA1_RUN1_ANN, titi_PA1_RUN1_RF, titi_PA2_RUN1_GAM, titi_PA2_RUN1_MARS, titi_PA2_RUN1_MAXNET, titi_PA2_RUN1_GBM, titi_PA2_RUN1_ANN, titi_PA2_RUN1_RF, titi_PA3_RUN1_GAM, titi_PA3_RUN1_MARS, titi_PA3_RUN1_MAXNET, titi_PA3_RUN1_GBM, titi_PA3_RUN1_ANN, titi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 232.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 232.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/titi/current


sp.name : titi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/titi/titi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
titi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, titi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 232.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

232.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/titi/cont_gre


sp.name : titi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/titi/titi.AllModels.models.out )

models.projected : 
titi_PA1_RUN1_GAM, titi_PA1_RUN1_MARS, titi_PA1_RUN1_MAXNET, titi_PA1_RUN1_GBM, titi_PA1_RUN1_ANN, titi_PA1_RUN1_RF, titi_PA2_RUN1_GAM, titi_PA2_RUN1_MARS, titi_PA2_RUN1_MAXNET, titi_PA2_RUN1_GBM, titi_PA2_RUN1_ANN, titi_PA2_RUN1_RF, titi_PA3_RUN1_GAM, titi_PA3_RUN1_MARS, titi_PA3_RUN1_MAXNET, titi_PA3_RUN1_GBM, titi_PA3_RUN1_ANN, titi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 232.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 232.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/titi/cont_gre


sp.name : titi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/titi/titi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
titi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, titi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 232.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

232.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 232.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 232.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 232.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 232.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

232.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

232.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 232.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 232.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 232.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 232.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

232.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 13           15          17          32.34892    22         365   0      2000
 2 13           18          21          57.55858    33         402   126    2040
 3 13           20          25          67.56696    47         444   126    2060
 4 14           22          27          77.31017    58         427   126    2080
 5 14           22          27          79.57156    62         455   126    2100
 6 14           19          22          62.25972    39         410   245    2040
 7 14           22          26          74.53142    53         432   245    2060
 8 15           27          42         113.56052   125         499   245    2080
 9 16           33          67         141.12304   186         516   245    2100
10 13           18          20          51.26830    28         390   370    2040
11 14           23          30          84.91652    69         454   370    2060
12 15           43         103         159.74708   218         533   370    2080
13 22          100         241         249.44635   334         600   370    2100
14 13           20          24          63.01368    39         409   585    2040
15 14           27          46         107.39744   115         505   585    2060
16 18           68         151         202.23054   280         600   585    2080
17 38          242         289         308.30222   377         597   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 232.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.