97 Fagus sylvatica

97.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.f432k3
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252274-230224095556074
  Created: 2023-05-20T13:15:29.308+00:00
  Modified: 2023-05-20T13:20:16.043+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252274-230224095556074.zip
  Total records: 679519

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 679438 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.636334 ymin: -46.427412 xmax: 175.710107 ymax: 68.196336
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 679,438 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 9     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
# ℹ 679,428 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 679 438 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Fagus sylvatica dans le monde.

Figure 97.1: Occurrences de Fagus sylvatica dans le monde.

97.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9994318834
[1] 0.0005151316235
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Fagus sylvatica dans la région d'endémisme.

Figure 97.2: Occurrence de Fagus sylvatica dans la région d’endémisme.

97.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      485199        76625       117228 
[1] 88.71588626
Occurrence de Fagus sylvatica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 97.3: Occurrence de Fagus sylvatica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 602427

97.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.880574 ymin: 37.706295 xmax: 41.771946 ymax: 64.9351
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 bf97ab5c-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … "sylvatica"         
 2     2 e9 fe4baa57-… "15e2eb5b-2… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 3     2 e9 14d5676a-… "q-10092328… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 4     3.e9 e5f16d86-… "f7b3165e-a… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 5     2 e9 67fabcac-… "3961529"    Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 6     2 e9 14d5676a-… "q-10006575… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 7     2 e9 fe4baa57-… "d9d1a916-9… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 8     2 e9 67fabcac-… "13534359"   Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
 9     3.e9 c7d7f268-… "DSS0043900… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
10     2 e9 67fabcac-… "20969446"   Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

97.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Fagus sylvatica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 97.4: Occurrence de Fagus sylvatica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

97.2 Modélisation de la niche climatique

97.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.880574, 41.77195, 37.70629, 64.9351  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fasy Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  fasy

     24993 presences,  0 true absences and  72897 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.224   Min.   :-21.992   Min.   :-14.857   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.112   1st Qu.: -8.744   1st Qu.:  8.119   1st Qu.: 613.9  
 Median :23.028   Median : -3.332   Median : 12.308   Median : 718.8  
 Mean   :24.571   Mean   : -4.270   Mean   : 11.785   Mean   : 752.4  
 3rd Qu.:27.900   3rd Qu.:  0.792   3rd Qu.: 15.953   3rd Qu.: 895.8  
 Max.   :45.744   Max.   : 12.148   Max.   : 26.185   Max.   :1374.0  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  6.116  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 21.394  
 Median : 218.0   Median : 30.336  
 Mean   : 224.3   Mean   : 34.771  
 3rd Qu.: 257.0   3rd Qu.: 39.226  
 Max.   :1264.0   Max.   :123.521  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 97.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174972, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 97.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

97.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for fasy_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fasy_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fasy_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fasy Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  fasy_PA1 


-=-=-=--=-=-=- fasy_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  fasy_PA2 


-=-=-=--=-=-=- fasy_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  fasy_PA3 


-=-=-=--=-=-=- fasy_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

97.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    fasy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  646.0      95.674
2    fasy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  641.5      95.794
3   fasy_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  492.0      96.539
4   fasy_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  496.5      96.494
5 fasy_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  350.0      96.169
6 fasy_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  348.5      96.224
  specificity calibration validation evaluation
1      61.135       0.568      0.569         NA
2      61.045       0.733      0.731         NA
3      87.665       0.842      0.841         NA
4      87.755       0.962      0.959         NA
5      87.750       0.839      0.837         NA
6      87.745       0.962      0.960         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 97.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

97.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 fasy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.299213
2 fasy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.221602
3 fasy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.010291
4 fasy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.450982
5 fasy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.018821
6 fasy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.026603
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 97.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 97.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

97.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 97.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

97.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : fasy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
fasy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fasy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

97.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fasy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fasy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  618.0      94.378      93.089
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  618.5      94.358      93.109
  calibration validation evaluation
1       0.875         NA         NA
2       0.987         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 97.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fasy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fasy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 fasy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 fasy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 fasy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 fasy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.196673
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.119387
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.017667
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.363192
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.040345
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.100143

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 97.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 97.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

97.3 Projections

97.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fasy/current


sp.name : fasy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fasy/fasy.AllModels.models.out )

models.projected : 
fasy_PA1_RUN1_GAM, fasy_PA1_RUN1_MARS, fasy_PA1_RUN1_MAXNET, fasy_PA1_RUN1_GBM, fasy_PA1_RUN1_RF, fasy_PA2_RUN1_GAM, fasy_PA2_RUN1_MARS, fasy_PA2_RUN1_MAXNET, fasy_PA2_RUN1_GBM, fasy_PA2_RUN1_RF, fasy_PA3_RUN1_GAM, fasy_PA3_RUN1_MARS, fasy_PA3_RUN1_MAXNET, fasy_PA3_RUN1_GBM, fasy_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 97.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 97.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fasy/current


sp.name : fasy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fasy/fasy.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
fasy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fasy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 97.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

97.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fasy/cont_gre


sp.name : fasy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fasy/fasy.AllModels.models.out )

models.projected : 
fasy_PA1_RUN1_GAM, fasy_PA1_RUN1_MARS, fasy_PA1_RUN1_MAXNET, fasy_PA1_RUN1_GBM, fasy_PA1_RUN1_RF, fasy_PA2_RUN1_GAM, fasy_PA2_RUN1_MARS, fasy_PA2_RUN1_MAXNET, fasy_PA2_RUN1_GBM, fasy_PA2_RUN1_RF, fasy_PA3_RUN1_GAM, fasy_PA3_RUN1_MARS, fasy_PA3_RUN1_MAXNET, fasy_PA3_RUN1_GBM, fasy_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 97.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 97.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fasy/cont_gre


sp.name : fasy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fasy/fasy.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
fasy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fasy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 97.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

97.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 97.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 97.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 97.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 97.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

97.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

97.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 97.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 97.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 97.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 97.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

97.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 214         433         780         660.82821   836         862   0      2000
 2 121         260         559         514.18948   750         835   126    2040
 3  95         207         436         448.01697   676         824   126    2060
 4 101         210         442         453.57255   690         825   126    2080
 5  95         202         449         454.48248   698         826   126    2100
 6 112         232         523         495.58137   746         840   245    2040
 7 106         204         359         397.41438   581         808   245    2060
 8  96         185         293         339.89735   460         810   245    2080
 9  80         182         248         273.10025   329         770   245    2100
10 134         257         501         486.42666   696         839   370    2040
11  94         197         349         397.07900   584         814   370    2060
12  80         177         225         241.39756   291         739   370    2080
13  64         124         142         144.87816   162         344   370    2100
14 108         233         524         491.63612   732         829   585    2040
15  95         184         303         346.80772   480         794   585    2060
16  68         142         162         168.06656   193         408   585    2080
17  56          72          98          94.18074   116         182   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 97.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.