139 Gymnocladus dioicus

139.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.xt2pgs
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252603-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:16:07.043+00:00
  Modified: 2023-05-20T17:16:58.073+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252603-230224095556074.zip
  Total records: 5136

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1193 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -121.808056 ymin: 33.328868 xmax: 49.37102 ymax: 56.684342
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,193 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
# ℹ 1,183 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 1 193 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Gymnocladus dioicus dans le monde.

Figure 139.1: Occurrences de Gymnocladus dioicus dans le monde.

139.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.03688181056
[1] 0.9622799665
[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Gymnocladus dioicus dans la région d'endémisme.

Figure 139.2: Occurrence de Gymnocladus dioicus dans la région d’endémisme.

139.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         345          611          192 
[1] 46.77700348
Occurrence de Gymnocladus dioicus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 139.3: Occurrence de Gymnocladus dioicus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 537

139.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 537 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -116.198 ymin: 33.328868 xmax: -73.530864 ymax: 45.561958
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 537 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Gymn… Gymnoc… NA                  
# ℹ 527 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

139.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Gymnocladus dioicus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 139.4: Occurrence de Gymnocladus dioicus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

139.2 Modélisation de la niche climatique

139.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 537, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -116.198, -73.53086, 33.32887, 45.56196  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= gydi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  gydi

     536 presences,  0 true absences and  1610 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   :14.28   Min.   :-30.628   Min.   :-10.23   Min.   :  80.33  
 1st Qu.:24.48   1st Qu.:-14.491   1st Qu.: 13.20   1st Qu.: 787.39  
 Median :28.66   Median : -6.884   Median : 17.28   Median : 912.44  
 Mean   :27.80   Mean   : -8.294   Mean   : 16.42   Mean   : 901.04  
 3rd Qu.:31.35   3rd Qu.: -3.604   3rd Qu.: 22.08   3rd Qu.:1055.80  
 Max.   :42.10   Max.   : 21.420   Max.   : 33.06   Max.   :1450.42  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  26.0   Min.   :  6.145  
 1st Qu.: 228.0   1st Qu.: 17.983  
 Median : 306.5   Median : 32.521  
 Mean   : 316.1   Mean   : 39.089  
 3rd Qu.: 356.0   3rd Qu.: 55.224  
 Max.   :1760.0   Max.   :133.646  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 139.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 3755, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.5625, -52.77083, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 139.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

139.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for gydi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for gydi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for gydi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= gydi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  gydi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- gydi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  gydi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- gydi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  gydi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- gydi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

139.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    gydi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  490.0      99.301
2    gydi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  493.5      99.301
3   gydi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  423.0      96.270
4   gydi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  424.5      96.270
5 gydi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  381.0      94.639
6 gydi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  381.5      94.639
  specificity calibration validation evaluation
1      73.953       0.733      0.607         NA
2      73.953       0.860      0.786         NA
3      88.372       0.846      0.813         NA
4      88.372       0.979      0.968         NA
5      90.000       0.849      0.813         NA
6      90.233       0.974      0.962         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 139.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

139.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 gydi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.040324
2 gydi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.852895
3 gydi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.029418
4 gydi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.288789
5 gydi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.030560
6 gydi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.311057
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 139.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 139.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

139.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 139.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

139.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : gydi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
gydi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, gydi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

139.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 gydi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 gydi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS    588       94.03      94.037
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC    594       94.03      94.224
  calibration validation evaluation
1       0.881         NA         NA
2       0.988         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 139.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 gydi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 gydi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 gydi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 gydi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 gydi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 gydi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.381178
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.257806
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.049126
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.160657
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.040636
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.158409

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 139.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 139.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

139.3 Projections

139.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gydi/current


sp.name : gydi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gydi/gydi.AllModels.models.out )

models.projected : 
gydi_PA1_RUN1_GAM, gydi_PA1_RUN1_MARS, gydi_PA1_RUN1_MAXNET, gydi_PA1_RUN1_GBM, gydi_PA1_RUN1_RF, gydi_PA2_RUN1_GAM, gydi_PA2_RUN1_MARS, gydi_PA2_RUN1_MAXNET, gydi_PA2_RUN1_GBM, gydi_PA2_RUN1_RF, gydi_PA3_RUN1_GAM, gydi_PA3_RUN1_MARS, gydi_PA3_RUN1_MAXNET, gydi_PA3_RUN1_GBM, gydi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 139.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 139.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gydi/current


sp.name : gydi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gydi/gydi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
gydi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, gydi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 139.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

139.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gydi/cont_gre


sp.name : gydi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gydi/gydi.AllModels.models.out )

models.projected : 
gydi_PA1_RUN1_GAM, gydi_PA1_RUN1_MARS, gydi_PA1_RUN1_MAXNET, gydi_PA1_RUN1_GBM, gydi_PA1_RUN1_RF, gydi_PA2_RUN1_GAM, gydi_PA2_RUN1_MARS, gydi_PA2_RUN1_MAXNET, gydi_PA2_RUN1_GBM, gydi_PA2_RUN1_RF, gydi_PA3_RUN1_GAM, gydi_PA3_RUN1_MARS, gydi_PA3_RUN1_MAXNET, gydi_PA3_RUN1_GBM, gydi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 139.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 139.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gydi/cont_gre


sp.name : gydi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gydi/gydi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
gydi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, gydi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 139.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

139.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 139.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 139.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 139.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 139.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

139.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

139.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 139.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 139.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 139.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 139.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

139.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 40           55          63         100.6202    180         226   0      2000
 2 45           69         146         138.4916    199         283   126    2040
 3 31           78         172         150.2678    200         268   126    2060
 4 23           74         126         128.4000    176         268   126    2080
 5 27           77         166         144.8683    192         249   126    2100
 6 47           74         171         144.4817    199         274   245    2040
 7 25          114         187         167.8706    216         289   245    2060
 8 39          168         188         182.6888    213         259   245    2080
 9 30          156         179         174.8835    209         258   245    2100
10 43           70         156         142.7478    205         295   370    2040
11 28          122         180         164.4284    208         265   370    2060
12 48          174         187         191.0116    214         261   370    2080
13 59          101         118         129.6335    152         266   370    2100
14 22           64         118         118.9071    169         276   585    2040
15 34          161         186         178.1485    214         269   585    2060
16 48          109         133         140.8039    166         279   585    2080
17 68           91         101         103.6588    113         194   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 139.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.