63 Pistacia chinensis
63.1 Données d’occurrences GBIF
Collecte des données du GBIF :
<<gbif download metadata>>
Status: SUCCEEDED
DOI: 10.15468/dl.zpggsv
Format: SIMPLE_CSV
Download key: 0252098-230224095556074
Created: 2023-05-20T11:29:48.024+00:00
Modified: 2023-05-20T11:31:42.549+00:00
Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252098-230224095556074.zip
Total records: 1757Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et
exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du
tableau) :
Simple feature collection with 1757 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension: XY
Bounding box: xmin: -122.826855 ymin: -36.590166 xmax: 159.071827 ymax: 63.434
Geodetic CRS: WGS 84
# A tibble: 1,757 × 51
gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
* <int64> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
1 3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist… Pistac… ""
2 3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist… Pistac… ""
3 3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist… Pistac… ""
4 3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist… Pistac… ""
5 3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist… Pistac… ""
6 3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist… Pistac… ""
7 3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist… Pistac… ""
8 3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist… Pistac… ""
9 3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist… Pistac… ""
10 3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist… Pistac… ""
# ℹ 1,747 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
# verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
# occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
# decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
# elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
# day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …Il y a 1 757 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :
Figure 63.1: Occurrences de Pistacia chinensis dans le monde.
63.1.1 Données par région
On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.
[1] 0.002845759818[1] 0.7518497439[1] 0.1354581673
Figure 63.2: Occurrence de Pistacia chinensis dans la région d’endémisme.
63.1.2 Licences
On s’intéresse ici au problème particulier des licences :
CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0 CC0_1_0
135 1112 74 [1] 15.82134746
Figure 63.3: Occurrence de Pistacia chinensis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.
Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres
d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les
données en CC BY-NC.
[1] 209Moins de 500 occurrences utilisables