37 Quercus frainetto

37.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.mez264
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232081-230224095556074
  Created: 2023-05-11T07:00:03.643+00:00
  Modified: 2023-05-11T07:00:49.936+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232081-230224095556074.zip
  Total records: 640

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 640 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.09 ymin: 37.28139 xmax: 37.500667 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 640 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     9e8 837acfc2-… HSS:HSS:535… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 2     9e8 837acfc2-… HSS:HSS:535… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 3     8e8 834a4794-… 0BD8C17F-F4… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 4     8e8 834a4794-… 6EF0F1E5-07… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 5     8e8 271c444f-… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 6     5e8 bf2a4bf0-… http://data… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 7     5e8 bf2a4bf0-… http://data… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 8     4e8 7a2660bc-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 9     4e9 7f5260c2-… https://w.j… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
10     4e9 7f5260c2-… https://w.j… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
# ℹ 630 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 640 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus frainetto dans le monde.

Figure 37.1: Occurrences de Quercus frainetto dans le monde.

37.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 1
[1] 0
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Quercus frainetto dans la région d'endémisme.

Figure 37.2: Occurrence de Quercus frainetto dans la région d’endémisme.

37.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                        432 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                         84 
                                                    CC0_1_0 
                                                        115 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                          4 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                          2 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          3 
[1] 86.25
Occurrence de Quercus frainetto dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 37.3: Occurrence de Quercus frainetto dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 552

37.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 552 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.55787 ymin: 37.28139 xmax: 37.500667 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 552 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1    8 e8 271c444f-… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 2    4 e8 7a2660bc-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 3    4 e9 7f5260c2-… https://w.j… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 4    4 e9 7f5260c2-… https://w.j… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 5    4 e9 805d6fc6-… D21A7FBF-3D… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 6    4 e9 36555a0c-… 2cd4p9h.dkr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 7    4 e9 36555a0c-… 2cd4p9h.dkr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 8    4 e9 36555a0c-… 2cd4p9h.dkr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 9    3.e9 14d5676a-… q-102746976… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
10    3.e9 14d5676a-… q-102755005… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
# ℹ 542 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

37.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus frainetto dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 37.4: Occurrence de Quercus frainetto dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

37.2 Modélisation de la niche climatique

37.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 552, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.55787, 37.50067, 37.28139, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qufr Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  qufr

     552 presences,  0 true absences and  1655 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 6.528   Min.   :-21.144   Min.   :-5.549   Min.   : 303.2  
 1st Qu.:21.032   1st Qu.: -8.204   1st Qu.: 9.683   1st Qu.: 675.6  
 Median :26.132   Median : -3.116   Median :14.376   Median : 747.6  
 Mean   :25.676   Mean   : -4.249   Mean   :13.379   Mean   : 779.1  
 3rd Qu.:28.364   3rd Qu.:  0.174   3rd Qu.:18.186   3rd Qu.: 891.5  
 Max.   :44.660   Max.   :  9.064   Max.   :22.928   Max.   :1275.3  
 prec_wet_quart   prec_season     
 Min.   :  7.0   Min.   :  8.408  
 1st Qu.:175.0   1st Qu.: 24.896  
 Median :224.0   Median : 30.396  
 Mean   :222.7   Mean   : 35.819  
 3rd Qu.:262.0   3rd Qu.: 40.793  
 Max.   :972.0   Max.   :118.527  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 37.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 3864, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -9.979167, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 37.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

37.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for qufr_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qufr_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qufr_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qufr Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  qufr_PA1 


-=-=-=--=-=-=- qufr_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  qufr_PA2 


-=-=-=--=-=-=- qufr_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  qufr_PA3 


-=-=-=--=-=-=- qufr_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

37.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    qufr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  465.0      98.869
2    qufr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  463.5      98.869
3   qufr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  423.0      92.986
4   qufr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  420.0      93.213
5 qufr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  448.0      87.557
6 qufr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  447.0      87.557
  specificity calibration validation evaluation
1      64.027       0.627      0.600         NA
2      64.027       0.723      0.748         NA
3      90.950       0.839      0.845         NA
4      90.950       0.978      0.960         NA
5      97.511       0.848      0.855         NA
6      97.511       0.976      0.967         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 37.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

37.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 qufr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.671647
2 qufr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.280422
3 qufr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.063417
4 qufr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.272479
5 qufr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.176757
6 qufr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.048497
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 37.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 37.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

37.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 37.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

37.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : qufr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
qufr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qufr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

37.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qufr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qufr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  486.0      95.109      94.985
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  483.5      95.290      94.924
  calibration validation evaluation
1       0.902         NA         NA
2       0.990         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 37.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qufr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qufr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 qufr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 qufr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 qufr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 qufr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.175255
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.299770
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.068228
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.155018
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.139986
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.072440

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 37.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 37.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

37.3 Projections

37.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qufr/current


sp.name : qufr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qufr/qufr.AllModels.models.out )

models.projected : 
qufr_PA1_RUN1_GAM, qufr_PA1_RUN1_MARS, qufr_PA1_RUN1_MAXNET, qufr_PA1_RUN1_GBM, qufr_PA1_RUN1_ANN, qufr_PA1_RUN1_RF, qufr_PA2_RUN1_GAM, qufr_PA2_RUN1_MARS, qufr_PA2_RUN1_MAXNET, qufr_PA2_RUN1_GBM, qufr_PA2_RUN1_ANN, qufr_PA2_RUN1_RF, qufr_PA3_RUN1_GAM, qufr_PA3_RUN1_MARS, qufr_PA3_RUN1_MAXNET, qufr_PA3_RUN1_GBM, qufr_PA3_RUN1_ANN, qufr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 37.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 37.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qufr/current


sp.name : qufr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qufr/qufr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qufr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qufr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 37.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

37.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qufr/cont_gre


sp.name : qufr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qufr/qufr.AllModels.models.out )

models.projected : 
qufr_PA1_RUN1_GAM, qufr_PA1_RUN1_MARS, qufr_PA1_RUN1_MAXNET, qufr_PA1_RUN1_GBM, qufr_PA1_RUN1_ANN, qufr_PA1_RUN1_RF, qufr_PA2_RUN1_GAM, qufr_PA2_RUN1_MARS, qufr_PA2_RUN1_MAXNET, qufr_PA2_RUN1_GBM, qufr_PA2_RUN1_ANN, qufr_PA2_RUN1_RF, qufr_PA3_RUN1_GAM, qufr_PA3_RUN1_MARS, qufr_PA3_RUN1_MAXNET, qufr_PA3_RUN1_GBM, qufr_PA3_RUN1_ANN, qufr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 37.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 37.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qufr/cont_gre


sp.name : qufr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qufr/qufr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qufr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qufr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 37.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

37.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 37.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 37.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 37.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 37.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

37.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

37.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 37.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 37.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 37.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 37.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

37.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  51         244.00      358         371.8499    493         712   0      2000
 2 174         416.00      544         498.9505    621         757   126    2040
 3 160         377.00      597         513.8280    639         757   126    2060
 4 159         347.00      591         503.9806    630         754   126    2080
 5 154         353.00      589         504.6992    631         746   126    2100
 6 168         416.00      550         498.6180    623         750   245    2040
 7 163         317.00      609         515.9086    642         756   245    2060
 8 151         256.00      602         493.9985    634         750   245    2080
 9 145         236.00      590         483.4015    628         756   245    2100
10 177         409.00      546         501.3380    625         759   370    2040
11 155         304.00      607         511.7685    640         755   370    2060
12 147         247.00      584         477.2774    625         752   370    2080
13 144         251.00      356         401.3627    576         735   370    2100
14 167         408.25      552         499.0573    623         755   585    2040
15 146         271.00      599         498.4954    631         753   585    2060
16 150         230.00      445         430.7279    601         751   585    2080
17 168         237.00      271         279.7608    308         699   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 37.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.