80 Robinia pseudoacacia

80.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.xg7zmw
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252158-230224095556074
  Created: 2023-05-20T12:04:19.670+00:00
  Modified: 2023-05-20T12:10:44.060+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252158-230224095556074.zip
  Total records: 201812

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 195523 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -125.907733 ymin: -44.994285 xmax: 176.879958 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 195,523 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 6     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 9     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
# ℹ 195,513 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 195 523 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Robinia pseudoacacia dans le monde.

Figure 80.1: Occurrences de Robinia pseudoacacia dans le monde.

80.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9448658214
[1] 0.04051697243
[1] 0.007779135958

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Robinia pseudoacacia dans la région d'endémisme.

Figure 80.2: Occurrence de Robinia pseudoacacia dans la région d’endémisme.

80.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      153109        18415        13219 
[1] 90.03209865
Occurrence de Robinia pseudoacacia dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 80.3: Occurrence de Robinia pseudoacacia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 166328

80.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.336579 ymin: 33.244714 xmax: 46.8002 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 e5f16d86-… 784f9f40-e2… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 2     1.e9 64dabd3c-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 3     3.e9 bd8ee748-… 254f063d-b9… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 4     3.e9 bd8ee748-… 51ab1b47-5e… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 5     3.e9 e13c8785-… feb124e1-c2… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 6     1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 7     3.e9 ca89af9a-… DSS00439000… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 8     2 e9 86306e4b-… b13e7867-7f… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
 9     2 e9 629befd5-… Natagora:Ob… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
10     2 e9 dd238f50-… 6279d8c9-87… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Robi… Robini… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

80.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Robinia pseudoacacia dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 80.4: Occurrence de Robinia pseudoacacia dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

80.2 Modélisation de la niche climatique

80.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.336579, 46.8002, 33.24471, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= rops Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  rops

     24983 presences,  0 true absences and  72879 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.224   Min.   :-22.000   Min.   :-14.857   Min.   : 182.8  
 1st Qu.:20.832   1st Qu.: -8.732   1st Qu.:  8.921   1st Qu.: 609.9  
 Median :24.304   Median : -2.364   Median : 12.890   Median : 719.4  
 Mean   :25.183   Mean   : -3.916   Mean   : 12.348   Mean   : 752.6  
 3rd Qu.:28.196   3rd Qu.:  1.092   3rd Qu.: 16.238   3rd Qu.: 895.7  
 Max.   :45.976   Max.   : 12.400   Max.   : 26.126   Max.   :1385.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.773  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 20.655  
 Median : 217.0   Median : 30.629  
 Mean   : 220.3   Mean   : 34.395  
 3rd Qu.: 259.0   3rd Qu.: 39.445  
 Max.   :1261.0   Max.   :124.090  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 80.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174932, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 80.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

80.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for rops_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for rops_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for rops_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= rops Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  rops_PA1 


-=-=-=--=-=-=- rops_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  rops_PA2 


-=-=-=--=-=-=- rops_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  rops_PA3 


-=-=-=--=-=-=- rops_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

80.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    rops_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  626.0      94.496
2    rops_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  623.5      94.561
3   rops_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  552.0      93.776
4   rops_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  552.5      93.761
5 rops_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  368.0      94.161
6 rops_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  363.5      94.381
  specificity calibration validation evaluation
1      60.780       0.553      0.545         NA
2      60.735       0.696      0.689         NA
3      89.605       0.834      0.836         NA
4      89.645       0.965      0.966         NA
5      90.300       0.845      0.846         NA
6      90.135       0.965      0.965         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 80.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

80.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 rops_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.409028
2 rops_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.160880
3 rops_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.002413
4 rops_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.476181
5 rops_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.013382
6 rops_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.063837
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 80.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 80.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

80.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 80.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

80.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : rops

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
rops_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, rops_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

80.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 rops_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 rops_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  556.0      94.760      93.614
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  551.5      94.865      93.536
  calibration validation evaluation
1       0.884         NA         NA
2       0.988         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 80.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 rops_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 rops_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 rops_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 rops_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 rops_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 rops_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.168044
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.090893
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.040765
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.300483
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.115775
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.193156

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 80.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 80.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

80.3 Projections

80.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/rops/current


sp.name : rops

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/rops/rops.AllModels.models.out )

models.projected : 
rops_PA1_RUN1_GAM, rops_PA1_RUN1_MARS, rops_PA1_RUN1_MAXNET, rops_PA1_RUN1_GBM, rops_PA1_RUN1_ANN, rops_PA1_RUN1_RF, rops_PA2_RUN1_GAM, rops_PA2_RUN1_MARS, rops_PA2_RUN1_MAXNET, rops_PA2_RUN1_GBM, rops_PA2_RUN1_RF, rops_PA3_RUN1_GAM, rops_PA3_RUN1_MARS, rops_PA3_RUN1_MAXNET, rops_PA3_RUN1_GBM, rops_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 80.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 80.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/rops/current


sp.name : rops

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/rops/rops.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
rops_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, rops_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 80.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

80.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/rops/cont_gre


sp.name : rops

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/rops/rops.AllModels.models.out )

models.projected : 
rops_PA1_RUN1_GAM, rops_PA1_RUN1_MARS, rops_PA1_RUN1_MAXNET, rops_PA1_RUN1_GBM, rops_PA1_RUN1_ANN, rops_PA1_RUN1_RF, rops_PA2_RUN1_GAM, rops_PA2_RUN1_MARS, rops_PA2_RUN1_MAXNET, rops_PA2_RUN1_GBM, rops_PA2_RUN1_RF, rops_PA3_RUN1_GAM, rops_PA3_RUN1_MARS, rops_PA3_RUN1_MAXNET, rops_PA3_RUN1_GBM, rops_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 80.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 80.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/rops/cont_gre


sp.name : rops

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/rops/rops.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
rops_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, rops_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 80.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

80.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 80.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 80.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 80.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 80.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

80.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

80.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 80.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 80.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 80.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 80.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

80.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 239         585         683         679.0415    783         866   0      2000
 2 300         513         709         641.3365    777         864   126    2040
 3 310         478         643         600.3531    745         859   126    2060
 4 322         501         660         617.7619    753         858   126    2080
 5 349         528         680         633.0448    749         846   126    2100
 6 296         516         706         646.1946    790         863   245    2040
 7 317         426         539         562.6769    716         843   245    2060
 8 330         451         569         572.8349    705         834   245    2080
 9 291         413         523         521.0973    629         751   245    2100
10 273         473         656         611.3810    767         859   370    2040
11 339         466         575         580.9394    717         843   370    2060
12 268         390         502         500.0564    606         758   370    2080
13 205         239         278         288.0496    329         492   370    2100
14 296         502         687         625.4040    756         857   585    2040
15 328         425         535         549.7625    683         812   585    2060
16 211         258         324         326.7159    384         567   585    2080
17 140         202         225         223.8609    240         368   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 80.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.