191 Arbutus unedo

191.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.knbqa8
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260727-230224095556074
  Created: 2023-05-25T09:04:53.793+00:00
  Modified: 2023-05-25T09:06:13.197+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260727-230224095556074.zip
  Total records: 41351

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 41351 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.2813 ymin: -46.608277 xmax: 178.042058 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 41,351 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 932707451 ebd49d9b-696b-4db… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 2 932705548 ebd49d9b-696b-4db… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 3 932704299 ebd49d9b-696b-4db… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 4 920670168 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 5 920668445 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 6 920666611 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 7 920666405 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 8 920661593 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 9 920660639 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
10 920659854 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
# ℹ 41,341 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 41 351 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Arbutus unedo dans le monde.

Figure 191.1: Occurrences de Arbutus unedo dans le monde.

191.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9885371575
[1] 0.001450992721
[1] 2.418321201e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Arbutus unedo dans la région d'endémisme.

Figure 191.2: Occurrence de Arbutus unedo dans la région d’endémisme.

191.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      33771 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       6841 
                                                    CC0_1_0 
                                                        141 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         82 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         22 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         20 
[1] 83.06382562
Occurrence de Arbutus unedo dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 191.3: Occurrence de Arbutus unedo dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 33954

191.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.130738 ymin: 32.272078 xmax: 41.851609 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3958407894 14d5676a-2c54-4f… q-102602776… Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 2 2645709762 7a3679ef-5582-4a… o-1005233639 Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 3 2977548406 14d5676a-2c54-4f… q-102574129… Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 4 2976513398 14d5676a-2c54-4f… q-102657546… Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 5 3848132355 23f9546d-6ad8-41… 47e3677e-dd… Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 6 2647406035 14d5676a-2c54-4f… q-100616991… Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 7 3473799825 e5f16d86-e225-48… 6e55ee48-ba… Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 8 2647915901 14d5676a-2c54-4f… q-100599171… Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 9 2490332782 1876c0d1-bc99-42… c19bd6e0-76… Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
10 1118562471 75956ee6-1a2b-4f… http://flor… Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

191.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Arbutus unedo dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 191.4: Occurrence de Arbutus unedo dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

191.2 Modélisation de la niche climatique

191.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.13074, 41.85161, 32.27208, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= arun Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  arun

     24691 presences,  0 true absences and  72895 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 3.256   Min.   :-21.952   Min.   :-12.253   Min.   : 225.4  
 1st Qu.:20.912   1st Qu.: -8.660   1st Qu.:  9.612   1st Qu.: 576.4  
 Median :25.648   Median : -0.824   Median : 12.620   Median : 718.8  
 Mean   :25.756   Mean   : -3.029   Mean   : 12.348   Mean   : 741.3  
 3rd Qu.:28.937   3rd Qu.:  3.076   3rd Qu.: 15.752   3rd Qu.: 895.3  
 Max.   :45.704   Max.   : 12.036   Max.   : 25.169   Max.   :1393.9  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.047  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 27.251  
 Median : 221.0   Median : 33.986  
 Mean   : 225.2   Mean   : 38.831  
 3rd Qu.: 275.0   3rd Qu.: 44.899  
 Max.   :1257.0   Max.   :124.090  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 191.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 173764, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.52083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 191.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

191.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for arun_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for arun_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for arun_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= arun Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  arun_PA1 


-=-=-=--=-=-=- arun_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  arun_PA2 


-=-=-=--=-=-=- arun_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  arun_PA3 


-=-=-=--=-=-=- arun_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

191.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    arun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  455.0      99.033
2    arun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  500.0      98.861
3   arun_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  443.0      95.854
4   arun_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  443.5      95.854
5 arun_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  340.0      94.998
6 arun_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  342.5      94.856
  specificity calibration validation evaluation
1      66.815       0.658      0.654         NA
2      67.005       0.809      0.806         NA
3      91.650       0.875      0.876         NA
4      91.670       0.982      0.983         NA
5      92.260       0.872      0.876         NA
6      92.435       0.982      0.982         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 191.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

191.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 arun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.367105
2 arun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.258558
3 arun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.003241
4 arun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.303357
5 arun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.003455
6 arun_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.025174
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 191.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 191.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

191.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 191.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

191.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : arun

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
arun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, arun_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

191.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 arun_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 arun_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  448.0      97.853      93.823
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  451.5      97.797      93.895
  calibration validation evaluation
1       0.917         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 191.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 arun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 arun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 arun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 arun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 arun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 arun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.177757
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.553918
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.024673
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.079298
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.100252
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.052411

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 191.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 191.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

191.3 Projections

191.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/arun/current


sp.name : arun

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/arun/arun.AllModels.models.out )

models.projected : 
arun_PA1_RUN1_GAM, arun_PA1_RUN1_MARS, arun_PA1_RUN1_MAXNET, arun_PA1_RUN1_GBM, arun_PA1_RUN1_RF, arun_PA2_RUN1_GAM, arun_PA2_RUN1_MARS, arun_PA2_RUN1_MAXNET, arun_PA2_RUN1_GBM, arun_PA2_RUN1_RF, arun_PA3_RUN1_GAM, arun_PA3_RUN1_MARS, arun_PA3_RUN1_MAXNET, arun_PA3_RUN1_GBM, arun_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 191.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 191.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/arun/current


sp.name : arun

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/arun/arun.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
arun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, arun_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 191.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

191.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/arun/cont_gre


sp.name : arun

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/arun/arun.AllModels.models.out )

models.projected : 
arun_PA1_RUN1_GAM, arun_PA1_RUN1_MARS, arun_PA1_RUN1_MAXNET, arun_PA1_RUN1_GBM, arun_PA1_RUN1_RF, arun_PA2_RUN1_GAM, arun_PA2_RUN1_MARS, arun_PA2_RUN1_MAXNET, arun_PA2_RUN1_GBM, arun_PA2_RUN1_RF, arun_PA3_RUN1_GAM, arun_PA3_RUN1_MARS, arun_PA3_RUN1_MAXNET, arun_PA3_RUN1_GBM, arun_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 191.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 191.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/arun/cont_gre


sp.name : arun

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/arun/arun.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
arun_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, arun_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 191.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

191.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 191.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 191.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 191.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 191.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

191.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

191.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 191.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 191.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 191.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 191.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

191.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  20          67         141         212.6741    354         694   0      2000
 2  33         275         432         430.0332    603         763   126    2040
 3  53         338         512         489.1569    658         747   126    2060
 4  55         367         520         501.4754    664         758   126    2080
 5  67         361         544         508.0191    671         753   126    2100
 6  51         324         459         461.0138    622         738   245    2040
 7  69         361         535         505.8757    668         755   245    2060
 8 164         462         646         567.2321    702         759   245    2080
 9 152         467         648         568.2820    712         760   245    2100
10  32         264         409         411.7538    580         739   370    2040
11  94         407         581         530.5728    678         748   370    2060
12 169         461         661         566.9876    714         757   370    2080
13 127         260         549         497.2904    652         764   370    2100
14  38         291         457         453.6923    626         764   585    2040
15 143         468         639         566.4498    698         759   585    2060
16 122         270         585         526.4343    702         768   585    2080
17 115         226         433         386.6915    506         749   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 191.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.