172 Quercus pubescens

172.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.byuzwd
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252744-230224095556074
  Created: 2023-05-20T18:38:59.011+00:00
  Modified: 2023-05-20T18:43:46.656+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252744-230224095556074.zip
  Total records: 169621

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 169621 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.17 ymin: 34.468611 xmax: 47.080161 ymax: 54.36
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 169,621 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      2e9 835613da-… 99A628F0-C2… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2      3e7 835613da-… 8C38BD5D-E3… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3      3e7 835613da-… BF9D6634-15… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4      2e9 835613da-… 6BD39EFF-B2… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5      2e9 835613da-… 5F3EDA5D-69… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6      2e9 835613da-… 3B48849C-05… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 169,611 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 169 621 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus pubescens dans le monde.

Figure 172.1: Occurrences de Quercus pubescens dans le monde.

172.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.999988209
[1] 0
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Quercus pubescens dans la région d'endémisme.

Figure 172.2: Occurrence de Quercus pubescens dans la région d’endémisme.

172.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      150231         2793        16595 
[1] 98.35336843
Occurrence de Quercus pubescens dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 172.3: Occurrence de Quercus pubescens dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 166826

172.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -4.77 ymin: 35.22 xmax: 38.538962 ymax: 53.662287
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2     2 e9 fe4baa57-… 42609ab6-9c… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3     1 e9 75956ee6-… http://ofsa… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4     3.e9 1579cabf-… 4685c4c4-ec… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5     2 e9 14c7ada0-… 55C06E4D-5C… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6     3.e9 f7e109bd-… 170fd15c-89… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7     3.e9 d6414950-… 4daead87-42… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8     2 e9 86306e4b-… 5b56e21f-99… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9     1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10     2 e9 0d8cc344-… a4584768-8d… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

172.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus pubescens dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 172.4: Occurrence de Quercus pubescens dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

172.2 Modélisation de la niche climatique

172.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -4.77, 38.53896, 35.22, 53.66229  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qupu Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  qupu

     24987 presences,  0 true absences and  72865 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.104   Min.   :-12.310   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.89   1st Qu.: -8.676   1st Qu.:  8.818   1st Qu.: 614.1  
 Median :24.94   Median : -2.040   Median : 12.263   Median : 713.5  
 Mean   :25.49   Mean   : -3.757   Mean   : 12.005   Mean   : 752.3  
 3rd Qu.:28.54   3rd Qu.:  1.464   3rd Qu.: 15.717   3rd Qu.: 895.5  
 Max.   :46.10   Max.   : 12.376   Max.   : 26.293   Max.   :1379.6  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.63  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 23.85  
 Median : 223.0   Median : 31.21  
 Mean   : 226.3   Mean   : 35.73  
 3rd Qu.: 275.0   3rd Qu.: 39.62  
 Max.   :1251.0   Max.   :123.76  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 172.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174948, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 172.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

172.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for qupu_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qupu_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qupu_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qupu Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  qupu_PA1 


-=-=-=--=-=-=- qupu_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  qupu_PA2 


-=-=-=--=-=-=- qupu_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  qupu_PA3 


-=-=-=--=-=-=- qupu_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

172.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    qupu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  737.0      96.868
2    qupu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  722.5      97.079
3   qupu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  454.0      98.104
4   qupu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  420.0      98.449
5 qupu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  325.0      98.274
6 qupu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  330.5      98.109
  specificity calibration validation evaluation
1      68.255       0.651      0.657         NA
2      68.080       0.778      0.779         NA
3      91.775       0.899      0.905         NA
4      91.445       0.981      0.981         NA
5      92.225       0.905      0.907         NA
6      92.495       0.980      0.978         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 172.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

172.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 qupu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.451048
2 qupu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.229585
3 qupu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.017081
4 qupu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.548762
5 qupu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.037302
6 qupu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.001080
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 172.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 172.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

172.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 172.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

172.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : qupu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
qupu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qupu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

172.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qupu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qupu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  586.0      97.983      96.546
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  587.5      97.975      96.584
  calibration validation evaluation
1       0.946         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 172.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qupu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qupu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 qupu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 qupu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 qupu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 qupu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.119390
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.086575
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.018878
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.476636
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.093726
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.124955

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 172.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 172.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

172.3 Projections

172.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupu/current


sp.name : qupu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupu/qupu.AllModels.models.out )

models.projected : 
qupu_PA1_RUN1_GAM, qupu_PA1_RUN1_MARS, qupu_PA1_RUN1_MAXNET, qupu_PA1_RUN1_GBM, qupu_PA1_RUN1_RF, qupu_PA2_RUN1_GAM, qupu_PA2_RUN1_MARS, qupu_PA2_RUN1_MAXNET, qupu_PA2_RUN1_GBM, qupu_PA2_RUN1_RF, qupu_PA3_RUN1_GAM, qupu_PA3_RUN1_MARS, qupu_PA3_RUN1_MAXNET, qupu_PA3_RUN1_GBM, qupu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 172.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 172.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupu/current


sp.name : qupu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupu/qupu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qupu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qupu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 172.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

172.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupu/cont_gre


sp.name : qupu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupu/qupu.AllModels.models.out )

models.projected : 
qupu_PA1_RUN1_GAM, qupu_PA1_RUN1_MARS, qupu_PA1_RUN1_MAXNET, qupu_PA1_RUN1_GBM, qupu_PA1_RUN1_RF, qupu_PA2_RUN1_GAM, qupu_PA2_RUN1_MARS, qupu_PA2_RUN1_MAXNET, qupu_PA2_RUN1_GBM, qupu_PA2_RUN1_RF, qupu_PA3_RUN1_GAM, qupu_PA3_RUN1_MARS, qupu_PA3_RUN1_MAXNET, qupu_PA3_RUN1_GBM, qupu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 172.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 172.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupu/cont_gre


sp.name : qupu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupu/qupu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qupu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qupu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 172.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

172.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 172.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 172.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 172.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 172.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

172.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

172.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 172.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 172.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 172.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 172.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

172.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 134         486         698         638.6506    783         869   0      2000
 2 153         435         654         592.8201    741         861   126    2040
 3 152         393         629         557.5827    728         843   126    2060
 4 154         414         643         582.6215    738         841   126    2080
 5 168         495         662         599.5005    736         835   126    2100
 6 156         444         663         605.4960    759         859   245    2040
 7 137         367         566         504.8193    694         825   245    2060
 8 135         362         564         505.5729    703         812   245    2080
 9 128         312         421         456.2513    663         774   245    2100
10 150         404         616         552.4215    715         856   370    2040
11 144         374         581         524.3758    711         820   370    2060
12 115         190         390         424.6367    632         762   370    2080
13  89         117         247         253.3959    385         621   370    2100
14 155         431         645         586.9062    733         848   585    2040
15 128         346         488         477.3775    677         788   585    2060
16 104         123         288         277.4569    397         629   585    2080
17  72          83         103         150.3469    168         367   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 172.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.