262 Pistacia lentiscus

262.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.mp3yac
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0016083-230828120925497
  Created: 2023-09-14T00:03:22.964+00:00
  Modified: 2023-09-14T00:05:02.984+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0016083-230828120925497.zip
  Total records: 63302

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 63302 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -112.2255 ymin: -0.661587 xmax: 46.493 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 63,302 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 923056398 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 2 923056058 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 3 923055968 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 4 923055754 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 5 923055702 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 6 923055680 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 7 923055546 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 8 923055207 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 9 923054789 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
10 923054141 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
# ℹ 63,292 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 63 302 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pistacia lentiscus dans le monde.

Figure 262.1: Occurrences de Pistacia lentiscus dans le monde.

262.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9992891
[1] 0.0001421756
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pistacia lentiscus dans la région d'endémisme.

Figure 262.2: Occurrence de Pistacia lentiscus dans la région d’endémisme.

262.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
       42656        20365          236 
[1] 67.80593
Occurrence de Pistacia lentiscus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 262.3: Occurrence de Pistacia lentiscus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 42892

262.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.692717 ymin: 31.26954 xmax: 46.493 ymax: 51.08793
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
      <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 3959316815 14d5676a-2c5… q-102825744… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 2 2974751832 14d5676a-2c5… q-101433739… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 3 3848100137 23f9546d-6ad… 28fdde32-28… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 4 3848065222 23f9546d-6ad… 28b5667e-fa… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 5 1117417693 75956ee6-1a2… http://flor… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 6 3952405123 14d5676a-2c5… q-102419492… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 7 2978196567 14d5676a-2c5… q-102137308… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 8 3942231854 7226d0e6-149… 16b5cf09-de… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 9 1117283270 75956ee6-1a2… http://flor… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
10 3352560327 b5cdf794-8fa… http://cold… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

262.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pistacia lentiscus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 262.4: Occurrence de Pistacia lentiscus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

262.2 Modélisation de la niche climatique

262.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.692717, 46.493, 31.26954, 51.08793  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pile Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pile

     24192 presences,  0 true absences and  72899 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.084   Min.   :-24.584   Min.   :-13.55   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.912   1st Qu.: -8.752   1st Qu.: 10.44   1st Qu.: 571.1  
 Median :26.748   Median : -0.660   Median : 13.09   Median : 717.4  
 Mean   :26.091   Mean   : -2.653   Mean   : 12.70   Mean   : 740.7  
 3rd Qu.:29.644   3rd Qu.:  4.112   3rd Qu.: 15.92   3rd Qu.: 895.5  
 Max.   :45.580   Max.   : 12.300   Max.   : 25.65   Max.   :1386.3  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.688  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 29.052  
 Median : 217.0   Median : 35.681  
 Mean   : 219.3   Mean   : 41.413  
 3rd Qu.: 261.0   3rd Qu.: 48.588  
 Max.   :1245.0   Max.   :123.066  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 262.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 171768, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 262.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

262.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pile_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pile_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pile_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pile Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pile_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pile_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pile_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pile_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pile_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pile_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

262.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pile_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  980.0      98.285
2    pile_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  973.5      98.450
3   pile_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  524.0      96.843
4   pile_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  475.5      97.272
5 pile_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  330.0      97.282
6 pile_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  329.5      97.282
  specificity calibration validation evaluation
1      72.650       0.710      0.706         NA
2      72.560       0.849      0.844         NA
3      94.585       0.914      0.922         NA
4      94.170       0.990      0.991         NA
5      93.990       0.912      0.918         NA
6      93.990       0.990      0.990         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 262.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

262.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pile_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.311815
2 pile_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.267467
3 pile_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.024905
4 pile_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.168168
5 pile_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.003757
6 pile_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.049393
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 262.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 262.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

262.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 262.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

262.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pile

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pile_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pile_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

262.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pile_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pile_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  485.0      97.966      95.997
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  487.5      97.954      96.018
  calibration validation evaluation
1       0.940         NA         NA
2       0.997         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 262.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pile_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pile_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pile_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pile_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pile_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pile_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.205798
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.448798
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.077223
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.128435
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.189259
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.085959

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 262.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 262.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

262.3 Projections

262.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pile/current


sp.name : pile

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pile/pile.AllModels.models.out )

models.projected : 
pile_PA1_RUN1_GAM, pile_PA1_RUN1_MARS, pile_PA1_RUN1_MAXNET, pile_PA1_RUN1_GBM, pile_PA1_RUN1_RF, pile_PA2_RUN1_GAM, pile_PA2_RUN1_MARS, pile_PA2_RUN1_MAXNET, pile_PA2_RUN1_GBM, pile_PA2_RUN1_ANN, pile_PA2_RUN1_RF, pile_PA3_RUN1_GAM, pile_PA3_RUN1_MARS, pile_PA3_RUN1_MAXNET, pile_PA3_RUN1_GBM, pile_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 262.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 262.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pile/current


sp.name : pile

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pile/pile.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pile_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pile_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 262.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

262.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pile/cont_gre


sp.name : pile

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pile/pile.AllModels.models.out )

models.projected : 
pile_PA1_RUN1_GAM, pile_PA1_RUN1_MARS, pile_PA1_RUN1_MAXNET, pile_PA1_RUN1_GBM, pile_PA1_RUN1_RF, pile_PA2_RUN1_GAM, pile_PA2_RUN1_MARS, pile_PA2_RUN1_MAXNET, pile_PA2_RUN1_GBM, pile_PA2_RUN1_ANN, pile_PA2_RUN1_RF, pile_PA3_RUN1_GAM, pile_PA3_RUN1_MARS, pile_PA3_RUN1_MAXNET, pile_PA3_RUN1_GBM, pile_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 262.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 262.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pile/cont_gre


sp.name : pile

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pile/pile.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pile_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pile_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 262.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

262.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 262.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 262.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 262.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 262.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

262.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

262.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 262.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 262.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 262.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 262.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

262.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  15          23          47          59.34668   101         148   0      2000
 2  17         115         170         169.86138   237         402   126    2040
 3  18         141         224         212.36012   276         485   126    2060
 4  19         150         235         223.49612   284         502   126    2080
 5  25         155         254         234.27023   298         550   126    2100
 6  19         130         193         189.83201   246         390   245    2040
 7  21         154         227         223.24324   285         484   245    2060
 8  80         224         293         306.67926   381         617   245    2080
 9  98         238         318         347.15906   477         640   245    2100
10  17         100         158         151.02737   203         346   370    2040
11  29         187         259         255.16128   321         578   370    2060
12  81         243         334         364.21920   512         653   370    2080
13 153         223         345         363.46057   498         634   370    2100
14  17         126         190         185.40698   249         415   585    2040
15  41         221         293         309.69489   390         619   585    2060
16 136         221         345         364.24035   504         628   585    2080
17 152         202         283         295.55350   367         610   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 262.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.