113 Amelanchier alnifolia

113.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.7ftjm7
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252462-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:40:40.259+00:00
  Modified: 2023-05-20T15:41:29.485+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252462-230224095556074.zip
  Total records: 4936

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 4936 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -155.57445 ymin: 34.378765 xmax: 104.1017 ymax: 66.98
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 4,936 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 95c938a8-… 852c0075-41… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 2      9e8 2429287b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 3      9e8 2429287b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 4      9e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 5      9e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 6      8e8 5678b0b3-… 4714         Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 7      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 8      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 9      8e8 2429287b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
10      8e8 2429287b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
# ℹ 4,926 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 4 936 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Amelanchier alnifolia dans le monde.

Figure 113.1: Occurrences de Amelanchier alnifolia dans le monde.

113.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.03849270665
[1] 0.9064019449
[1] 0.002228525122

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Amelanchier alnifolia dans la région d'endémisme.

Figure 113.2: Occurrence de Amelanchier alnifolia dans la région d’endémisme.

113.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         578         2796         1100 
[1] 37.50558784
Occurrence de Amelanchier alnifolia dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 113.3: Occurrence de Amelanchier alnifolia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1678

113.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1678 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -128.673371 ymin: 34.378765 xmax: -64.5625 ymax: 54.957748
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,678 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 95c938a8-… 852c0075-41… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 2      9e8 2429287b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 3      9e8 2429287b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 4      9e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 5      8e8 5678b0b3-… 4714         Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 6      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 7      8e8 2429287b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 8      8e8 2429287b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 9      8e8 2429287b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
10      8e8 2429287b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
# ℹ 1,668 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

113.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Amelanchier alnifolia dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 113.4: Occurrence de Amelanchier alnifolia dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

113.2 Modélisation de la niche climatique

113.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1678, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -128.6734, -64.5625, 34.37877, 54.95775  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= amal Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  amal

     1666 presences,  0 true absences and  5022 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season     
 Min.   :12.52   Min.   :-30.556   Min.   :-11.621   Min.   :  53.42  
 1st Qu.:22.17   1st Qu.:-15.714   1st Qu.:  7.972   1st Qu.: 710.34  
 Median :26.22   Median : -9.392   Median : 14.966   Median : 854.26  
 Mean   :26.39   Mean   : -8.888   Mean   : 13.467   Mean   : 857.06  
 3rd Qu.:30.55   3rd Qu.: -1.184   3rd Qu.: 19.506   3rd Qu.:1055.48  
 Max.   :42.14   Max.   : 22.850   Max.   : 33.409   Max.   :1468.08  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :  25   Min.   :  5.535  
 1st Qu.: 179   1st Qu.: 24.261  
 Median : 268   Median : 41.441  
 Mean   : 311   Mean   : 44.362  
 3rd Qu.: 350   3rd Qu.: 60.501  
 Max.   :1737   Max.   :131.654  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 113.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 11698, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.6042, -52.8125, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 113.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

113.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for amal_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for amal_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for amal_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= amal Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  amal_PA1 


-=-=-=--=-=-=- amal_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  amal_PA2 


-=-=-=--=-=-=- amal_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  amal_PA3 


-=-=-=--=-=-=- amal_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

113.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    amal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  657.0      84.921
2    amal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  651.5      85.446
3   amal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  546.0      87.397
4   amal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  541.5      87.697
5 amal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  410.0      88.072
6 amal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  415.5      87.697
  specificity calibration validation evaluation
1      72.578       0.575      0.559         NA
2      72.280       0.808      0.788         NA
3      82.638       0.701      0.710         NA
4      82.489       0.921      0.918         NA
5      84.054       0.725      0.740         NA
6      84.948       0.927      0.917         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 113.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

113.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 amal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.507808
2 amal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.740450
3 amal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.038243
4 amal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.221067
5 amal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.268451
6 amal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.131537
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 113.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 113.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

113.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 113.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

113.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : amal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
amal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, amal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

113.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 amal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 amal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  622.0      93.878      93.270
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  647.5      93.337      94.046
  calibration validation evaluation
1       0.872         NA         NA
2       0.987         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 113.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 amal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 amal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 amal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 amal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 amal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 amal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.431561
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.486420
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.391960
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.330287
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.223842
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.172078

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 113.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 113.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

113.3 Projections

113.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/amal/current


sp.name : amal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/amal/amal.AllModels.models.out )

models.projected : 
amal_PA1_RUN1_GAM, amal_PA1_RUN1_MARS, amal_PA1_RUN1_MAXNET, amal_PA1_RUN1_GBM, amal_PA1_RUN1_ANN, amal_PA1_RUN1_RF, amal_PA2_RUN1_GAM, amal_PA2_RUN1_MARS, amal_PA2_RUN1_MAXNET, amal_PA2_RUN1_GBM, amal_PA2_RUN1_ANN, amal_PA2_RUN1_RF, amal_PA3_RUN1_GAM, amal_PA3_RUN1_MARS, amal_PA3_RUN1_MAXNET, amal_PA3_RUN1_GBM, amal_PA3_RUN1_ANN, amal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 113.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 113.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/amal/current


sp.name : amal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/amal/amal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
amal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, amal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 113.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

113.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/amal/cont_gre


sp.name : amal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/amal/amal.AllModels.models.out )

models.projected : 
amal_PA1_RUN1_GAM, amal_PA1_RUN1_MARS, amal_PA1_RUN1_MAXNET, amal_PA1_RUN1_GBM, amal_PA1_RUN1_ANN, amal_PA1_RUN1_RF, amal_PA2_RUN1_GAM, amal_PA2_RUN1_MARS, amal_PA2_RUN1_MAXNET, amal_PA2_RUN1_GBM, amal_PA2_RUN1_ANN, amal_PA2_RUN1_RF, amal_PA3_RUN1_GAM, amal_PA3_RUN1_MARS, amal_PA3_RUN1_MAXNET, amal_PA3_RUN1_GBM, amal_PA3_RUN1_ANN, amal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 113.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 113.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/amal/cont_gre


sp.name : amal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/amal/amal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
amal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, amal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 113.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

113.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 113.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 113.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 113.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 113.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

113.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

113.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 113.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 113.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 113.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 113.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

113.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 22          155         173         149.99587   184         256   0      2000
 2 20           32         173         139.39912   192         273   126    2040
 3 20           32         189         147.43183   206         333   126    2060
 4 20           27         193         165.51661   225         502   126    2080
 5 20           29         190         147.49334   205         476   126    2100
 6 20           29         169         132.92602   187         233   245    2040
 7 19           29         183         140.46949   204         482   245    2060
 8 20           29         172         122.47669   196         300   245    2080
 9 20           32         123         132.94496   207         572   245    2100
10 20           32         171         136.74044   188         277   370    2040
11 20           30         186         140.31710   201         487   370    2060
12 20           43          69         113.88442   193         346   370    2080
13 19           31          40          64.97602    53         550   370    2100
14 20           29         198         161.58382   218         487   585    2040
15 19           27         180         128.66814   200         328   585    2060
16 18           28          37          95.86845    93         622   585    2080
17 23           35          39          43.02222    48         377   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 113.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.