230 Tamarix africana

230.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.kbrpxg
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260984-230224095556074
  Created: 2023-05-25T13:11:05.542+00:00
  Modified: 2023-05-25T13:12:14.536+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260984-230224095556074.zip
  Total records: 3941

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 3941 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -80.913607 ymin: -34.138167 xmax: 36.820221 ymax: 52.443671
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 3,941 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 910489882 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:531… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 2 910489641 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:524… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 3 910487444 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:565… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 4 910482892 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:502… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 5 910479401 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:356… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 6 910475519 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:317… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 7 910475496 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:317… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 8 910464845 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:199… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 9 910450623 962cceea-f762-11e… MGC:MGC-Cor… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
10 910450619 962cceea-f762-11e… MGC:MGC-Cor… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
# ℹ 3,931 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 3 941 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Tamarix africana dans le monde.

Figure 230.1: Occurrences de Tamarix africana dans le monde.

230.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.8447094646
[1] 0.0002537427049
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Tamarix africana dans la région d'endémisme.

Figure 230.2: Occurrence de Tamarix africana dans la région d’endémisme.

230.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                    2714 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                     597 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                      18 
[1] 81.52598378
Occurrence de Tamarix africana dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 230.3: Occurrence de Tamarix africana dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 2714

230.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 2714 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.05515 ymin: 29.170683 xmax: 36.820221 ymax: 52.141695
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,714 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 4089644763 7f5260c2-f762-11… https://w.j… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 2 4067191458 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 3 4062054641 e053ff53-c156-4e… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 4 4051152498 017f23ba-bf04-4e… 11e8bdfd-56… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 5 4050743323 017f23ba-bf04-4e… 6da7b425-ec… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 6 4039001373 040c5662-da76-47… http://bins… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 7 4038999377 040c5662-da76-47… http://bins… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 8 4038988374 040c5662-da76-47… http://bins… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
 9 4038698367 040c5662-da76-47… http://bins… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
10 4038692378 040c5662-da76-47… http://bins… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama… Tamari…
# ℹ 2,704 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

230.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Tamarix africana dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 230.4: Occurrence de Tamarix africana dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

230.2 Modélisation de la niche climatique

230.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 2714, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.05515, 36.82022, 29.17068, 52.14169  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= taaf Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  taaf

     2544 presences,  0 true absences and  8124 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 4.404   Min.   :-21.940   Min.   :-9.433   Min.   : 225.5  
 1st Qu.:20.876   1st Qu.: -8.724   1st Qu.:10.712   1st Qu.: 560.2  
 Median :26.861   Median : -0.874   Median :13.617   Median : 715.4  
 Mean   :26.136   Mean   : -2.478   Mean   :12.811   Mean   : 738.7  
 3rd Qu.:29.744   3rd Qu.:  4.936   3rd Qu.:15.634   3rd Qu.: 899.1  
 Max.   :46.104   Max.   : 11.547   Max.   :25.169   Max.   :1367.3  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   6.0   Min.   :  7.319  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 29.040  
 Median : 215.0   Median : 36.129  
 Mean   : 218.4   Mean   : 41.082  
 3rd Qu.: 261.0   3rd Qu.: 48.753  
 Max.   :1148.0   Max.   :120.948  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 230.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 18318, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.47917, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 230.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

230.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for taaf_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for taaf_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for taaf_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= taaf Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  taaf_PA1 


-=-=-=--=-=-=- taaf_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  taaf_PA2 


-=-=-=--=-=-=- taaf_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  taaf_PA3 


-=-=-=--=-=-=- taaf_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

230.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    taaf_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  980.0      99.361
2    taaf_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  978.5      99.361
3   taaf_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  646.0      96.020
4   taaf_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  639.0      96.118
5 taaf_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  283.0      97.690
6 taaf_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  303.5      97.297
  specificity calibration validation evaluation
1      74.988       0.743      0.723         NA
2      74.988       0.873      0.864         NA
3      97.374       0.934      0.934         NA
4      97.282       0.995      0.994         NA
5      95.532       0.932      0.938         NA
6      95.947       0.994      0.995         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 230.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

230.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 taaf_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.007233
2 taaf_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.672262
3 taaf_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.000727
4 taaf_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.097815
5 taaf_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.068248
6 taaf_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.072296
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 230.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 230.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

230.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 230.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

230.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : taaf

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
taaf_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, taaf_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

230.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 taaf_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 taaf_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  425.0      97.602      97.095
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  423.5      97.642      97.095
  calibration validation evaluation
1       0.947         NA         NA
2       0.998         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 230.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 taaf_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 taaf_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 taaf_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 taaf_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 taaf_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 taaf_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.231309
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.442210
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.090425
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.233528
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.118761
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.109089

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 230.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 230.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

230.3 Projections

230.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taaf/current


sp.name : taaf

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taaf/taaf.AllModels.models.out )

models.projected : 
taaf_PA1_RUN1_GAM, taaf_PA1_RUN1_MARS, taaf_PA1_RUN1_MAXNET, taaf_PA1_RUN1_GBM, taaf_PA1_RUN1_ANN, taaf_PA1_RUN1_RF, taaf_PA2_RUN1_GAM, taaf_PA2_RUN1_MARS, taaf_PA2_RUN1_MAXNET, taaf_PA2_RUN1_GBM, taaf_PA2_RUN1_ANN, taaf_PA2_RUN1_RF, taaf_PA3_RUN1_GAM, taaf_PA3_RUN1_MARS, taaf_PA3_RUN1_MAXNET, taaf_PA3_RUN1_GBM, taaf_PA3_RUN1_ANN, taaf_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 230.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 230.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taaf/current


sp.name : taaf

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taaf/taaf.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
taaf_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, taaf_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 230.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

230.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taaf/cont_gre


sp.name : taaf

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taaf/taaf.AllModels.models.out )

models.projected : 
taaf_PA1_RUN1_GAM, taaf_PA1_RUN1_MARS, taaf_PA1_RUN1_MAXNET, taaf_PA1_RUN1_GBM, taaf_PA1_RUN1_ANN, taaf_PA1_RUN1_RF, taaf_PA2_RUN1_GAM, taaf_PA2_RUN1_MARS, taaf_PA2_RUN1_MAXNET, taaf_PA2_RUN1_GBM, taaf_PA2_RUN1_ANN, taaf_PA2_RUN1_RF, taaf_PA3_RUN1_GAM, taaf_PA3_RUN1_MARS, taaf_PA3_RUN1_MAXNET, taaf_PA3_RUN1_GBM, taaf_PA3_RUN1_ANN, taaf_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 230.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 230.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taaf/cont_gre


sp.name : taaf

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taaf/taaf.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
taaf_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, taaf_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 230.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

230.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 230.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 230.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 230.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 230.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

230.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

230.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 230.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 230.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 230.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 230.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

230.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  16          20          23          41.54831    59         176   0      2000
 2  18          30          55          86.23442   146         251   126    2040
 3  19          40         118         128.20364   205         403   126    2060
 4  19          43         116         125.33333   193         392   126    2080
 5  19          44         148         153.66484   237         465   126    2100
 6  18          35          73          97.10543   160         292   245    2040
 7  19          51         143         139.36052   217         387   245    2060
 8  23         136         274         248.30803   357         517   245    2080
 9  26         178         353         301.17631   411         535   245    2100
10  17          29          51          77.56461   128         223   370    2040
11  20          69         196         185.60206   278         466   370    2060
12  30         265         390         338.27565   432         586   370    2080
13 106         351         426         397.83788   491         654   370    2100
14  18          33          67          94.46469   158         271   585    2040
15  21         136         285         255.18799   369         510   585    2060
16  59         321         390         354.85716   426         589   585    2080
17  94         370         397         392.58356   446         596   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 230.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.