222 Quercus glauca

222.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.h2qegg
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260948-230224095556074
  Created: 2023-05-25T12:55:43.644+00:00
  Modified: 2023-05-25T12:56:24.028+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260948-230224095556074.zip
  Total records: 2505

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2505 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.294582 ymin: 21.977222 xmax: 140.54694 ymax: 47.630064
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,505 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 919462971 1b412457-43cf-4a6… 5419716      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 2 919462959 1b412457-43cf-4a6… 5419728      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 3 919462933 1b412457-43cf-4a6… 5419729      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 4 919462930 1b412457-43cf-4a6… 5419730      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 5 919462920 1b412457-43cf-4a6… 5419715      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 6 919462917 1b412457-43cf-4a6… 5419711      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 7 919462863 1b412457-43cf-4a6… 5419627      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 8 919462854 1b412457-43cf-4a6… 5419629      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 9 919462851 1b412457-43cf-4a6… 5419633      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
10 895177931 834a4794-f762-11e… 5DEA6298-EE… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
# ℹ 2,495 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 2 505 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus glauca dans le monde.

Figure 222.1: Occurrences de Quercus glauca dans le monde.

222.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.001596806387
[1] 0.007185628743
[1] 0.9912175649

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Quercus glauca dans la région d'endémisme.

Figure 222.2: Occurrence de Quercus glauca dans la région d’endémisme.

222.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1026         1422           35 
[1] 42.73056786
Occurrence de Quercus glauca dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 222.3: Occurrence de Quercus glauca dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1061

222.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1061 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 85.4 ymin: 22.242222 xmax: 140.54694 ymax: 39.82
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,061 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
     <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 919462971 1b412457-43cf-4a6… 5419716      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 2 919462959 1b412457-43cf-4a6… 5419728      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 3 919462933 1b412457-43cf-4a6… 5419729      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 4 919462930 1b412457-43cf-4a6… 5419730      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 5 919462920 1b412457-43cf-4a6… 5419715      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 6 919462917 1b412457-43cf-4a6… 5419711      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 7 919462863 1b412457-43cf-4a6… 5419627      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 8 919462854 1b412457-43cf-4a6… 5419629      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 9 919462851 1b412457-43cf-4a6… 5419633      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
10 736077535 86185376-f762-11e… 7d12c59a-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
# ℹ 1,051 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

222.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus glauca dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 222.4: Occurrence de Quercus glauca dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

222.2 Modélisation de la niche climatique

222.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1061, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 85.4, 140.5469, 22.24222, 39.82  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qugl Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  qugl

     1023 presences,  0 true absences and  3180 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-42.884   Min.   :-17.64   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:22.57   1st Qu.:-21.604   1st Qu.: 15.94   1st Qu.: 674.3  
 Median :28.05   Median : -4.352   Median : 21.10   Median : 839.8  
 Mean   :26.02   Mean   : -8.141   Mean   : 19.54   Mean   : 915.8  
 3rd Qu.:30.22   3rd Qu.:  3.136   3rd Qu.: 24.20   3rd Qu.:1288.5  
 Max.   :40.53   Max.   : 25.300   Max.   : 34.50   Max.   :1923.0  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :  10.0   Min.   : 11.83  
 1st Qu.: 200.0   1st Qu.: 50.89  
 Median : 426.0   Median : 77.53  
 Mean   : 510.1   Mean   : 77.91  
 3rd Qu.: 704.0   3rd Qu.:101.66  
 Max.   :4155.0   Max.   :164.43  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 222.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 7275, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.02083, 146.8542, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 222.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

222.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for qugl_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qugl_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qugl_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qugl Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  qugl_PA1 


-=-=-=--=-=-=- qugl_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  qugl_PA2 


-=-=-=--=-=-=- qugl_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  qugl_PA3 


-=-=-=--=-=-=- qugl_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

222.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    qugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  904.0      99.633
2    qugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  907.0      99.633
3   qugl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  556.0      98.044
4   qugl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  555.5      98.044
5 qugl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  358.0      97.922
6 qugl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  356.0      97.922
  specificity calibration validation evaluation
1      71.025       0.707      0.717         NA
2      71.025       0.814      0.826         NA
3      94.817       0.929      0.914         NA
4      94.817       0.986      0.991         NA
5      93.168       0.911      0.924         NA
6      93.168       0.984      0.989         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 222.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

222.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 qugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.260550
2 qugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.138255
3 qugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.051205
4 qugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.852260
5 qugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.243988
6 qugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.070461
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 222.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 222.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

222.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 222.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

222.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : qugl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
qugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qugl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

222.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qugl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qugl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  598.0      97.752      96.981
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  603.5      97.752      97.170
  calibration validation evaluation
1       0.949         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 222.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 qugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 qugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 qugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 qugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.027624
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.282244
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.066450
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.179144
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.342069
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.182916

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 222.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 222.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

222.3 Projections

222.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qugl/current


sp.name : qugl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qugl/qugl.AllModels.models.out )

models.projected : 
qugl_PA1_RUN1_GAM, qugl_PA1_RUN1_MARS, qugl_PA1_RUN1_MAXNET, qugl_PA1_RUN1_GBM, qugl_PA1_RUN1_RF, qugl_PA2_RUN1_GAM, qugl_PA2_RUN1_MARS, qugl_PA2_RUN1_MAXNET, qugl_PA2_RUN1_GBM, qugl_PA2_RUN1_ANN, qugl_PA2_RUN1_RF, qugl_PA3_RUN1_GAM, qugl_PA3_RUN1_MARS, qugl_PA3_RUN1_MAXNET, qugl_PA3_RUN1_GBM, qugl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 222.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 222.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qugl/current


sp.name : qugl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qugl/qugl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qugl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 222.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

222.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qugl/cont_gre


sp.name : qugl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qugl/qugl.AllModels.models.out )

models.projected : 
qugl_PA1_RUN1_GAM, qugl_PA1_RUN1_MARS, qugl_PA1_RUN1_MAXNET, qugl_PA1_RUN1_GBM, qugl_PA1_RUN1_RF, qugl_PA2_RUN1_GAM, qugl_PA2_RUN1_MARS, qugl_PA2_RUN1_MAXNET, qugl_PA2_RUN1_GBM, qugl_PA2_RUN1_ANN, qugl_PA2_RUN1_RF, qugl_PA3_RUN1_GAM, qugl_PA3_RUN1_MARS, qugl_PA3_RUN1_MAXNET, qugl_PA3_RUN1_GBM, qugl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 222.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 222.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qugl/cont_gre


sp.name : qugl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qugl/qugl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qugl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 222.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

222.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 222.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 222.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 222.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 222.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

222.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

222.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 222.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 222.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 222.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 222.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

222.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 161         189         192         192.2650    197         220   0      2000
 2 167         194         201         199.0906    206         223   126    2040
 3 155         177         186         185.4046    194         216   126    2060
 4 159         183         196         193.8237    205         229   126    2080
 5 152         173         181         184.0342    197         224   126    2100
 6 164         190         202         197.8629    208         228   245    2040
 7 163         187         196         195.2987    204         229   245    2060
 8 160         178         184         187.1403    194         231   245    2080
 9 142         172         180         179.0985    185         214   245    2100
10 168         195         202         200.3097    207         225   370    2040
11 153         176         183         184.8547    193         223   370    2060
12 139         172         179         177.3705    184         203   370    2080
13 143         170         189         182.4747    192         207   370    2100
14 164         192         201         197.6358    206         226   585    2040
15 151         179         184         186.7391    191         235   585    2060
16 139         179         189         185.1934    193         206   585    2080
17 143         187         192         188.0369    195         214   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 222.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.