155 Pinus strobus

155.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.qj8hp7
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252661-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:52:19.871+00:00
  Modified: 2023-05-20T17:53:22.020+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252661-230224095556074.zip
  Total records: 30451

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 28897 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.296237 ymin: -45.458 xmax: 176.405684 ymax: 63.4485
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 28,897 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 6     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 7     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 9     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
# ℹ 28,887 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 28 897 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pinus strobus dans le monde.

Figure 155.1: Occurrences de Pinus strobus dans le monde.

155.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.1710558189
[1] 0.8267640239
[1] 0.001557255078

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Pinus strobus dans la région d'endémisme.

Figure 155.2: Occurrence de Pinus strobus dans la région d’endémisme.

155.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        3815        15105         4971 
[1] 36.77535474
Occurrence de Pinus strobus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 155.3: Occurrence de Pinus strobus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 8786

155.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 8786 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.296237 ymin: 15.51666 xmax: -54.2 ymax: 50.314537
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 8,786 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 6     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 7     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 9     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
# ℹ 8,776 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

155.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pinus strobus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 155.4: Occurrence de Pinus strobus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

155.2 Modélisation de la niche climatique

155.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 8786, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -122.2962, -54.2, 15.51666, 50.31454  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pist Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pist

     8785 presences,  0 true absences and  26115 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.740   Min.   :-12.51   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:23.62   1st Qu.:-15.392   1st Qu.: 11.55   1st Qu.: 778.5  
 Median :26.39   Median :-10.612   Median : 17.06   Median : 942.9  
 Mean   :26.75   Mean   : -9.536   Mean   : 15.52   Mean   : 902.0  
 3rd Qu.:30.46   3rd Qu.: -3.896   3rd Qu.: 20.09   3rd Qu.:1055.2  
 Max.   :44.46   Max.   : 22.663   Max.   : 33.54   Max.   :1468.2  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  24.0   Min.   :  5.439  
 1st Qu.: 227.0   1st Qu.: 15.909  
 Median : 291.0   Median : 30.630  
 Mean   : 312.3   Mean   : 38.178  
 3rd Qu.: 337.0   3rd Qu.: 55.873  
 Max.   :2121.0   Max.   :137.436  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 155.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 61498, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9792, -53.02083, 13.02083, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 155.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

155.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pist_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pist_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pist_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pist Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pist_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pist_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pist_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pist_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pist_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pist_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

155.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pist_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  626.0      93.625
2    pist_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  627.5      93.611
3   pist_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  519.0      93.369
4   pist_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  518.0      93.369
5 pist_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  320.0      95.077
6 pist_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  318.5      95.091
  specificity calibration validation evaluation
1      70.920       0.646      0.636         NA
2      70.977       0.792      0.792         NA
3      90.482       0.838      0.818         NA
4      90.482       0.972      0.968         NA
5      88.519       0.836      0.812         NA
6      88.505       0.973      0.967         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 155.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

155.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pist_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.228869
2 pist_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.236521
3 pist_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.097176
4 pist_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.231117
5 pist_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.213083
6 pist_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.252576
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 155.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 155.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

155.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 155.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

155.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pist

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pist_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pist_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

155.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pist_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pist_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  432.0      96.130      91.637
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  432.5      96.118      91.679
  calibration validation evaluation
1       0.878         NA         NA
2       0.990         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 155.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pist_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pist_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pist_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pist_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pist_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pist_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.395834
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.183391
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.048394
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.149332
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.279101
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.112708

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 155.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 155.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

155.3 Projections

155.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pist/current


sp.name : pist

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pist/pist.AllModels.models.out )

models.projected : 
pist_PA1_RUN1_GAM, pist_PA1_RUN1_MARS, pist_PA1_RUN1_MAXNET, pist_PA1_RUN1_GBM, pist_PA1_RUN1_RF, pist_PA2_RUN1_GAM, pist_PA2_RUN1_MARS, pist_PA2_RUN1_MAXNET, pist_PA2_RUN1_GBM, pist_PA2_RUN1_RF, pist_PA3_RUN1_GAM, pist_PA3_RUN1_MARS, pist_PA3_RUN1_MAXNET, pist_PA3_RUN1_GBM, pist_PA3_RUN1_ANN, pist_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 155.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 155.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pist/current


sp.name : pist

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pist/pist.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pist_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pist_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 155.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

155.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pist/cont_gre


sp.name : pist

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pist/pist.AllModels.models.out )

models.projected : 
pist_PA1_RUN1_GAM, pist_PA1_RUN1_MARS, pist_PA1_RUN1_MAXNET, pist_PA1_RUN1_GBM, pist_PA1_RUN1_RF, pist_PA2_RUN1_GAM, pist_PA2_RUN1_MARS, pist_PA2_RUN1_MAXNET, pist_PA2_RUN1_GBM, pist_PA2_RUN1_RF, pist_PA3_RUN1_GAM, pist_PA3_RUN1_MARS, pist_PA3_RUN1_MAXNET, pist_PA3_RUN1_GBM, pist_PA3_RUN1_ANN, pist_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 155.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 155.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pist/cont_gre


sp.name : pist

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pist/pist.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pist_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pist_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 155.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

155.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 155.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 155.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 155.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 155.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

155.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

155.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 155.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 155.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 155.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 155.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

155.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 29          144         262         249.80069   360         514   0      2000
 2 27           75         384         293.75341   422         510   126    2040
 3 27           59         380         281.13638   419         477   126    2060
 4 22           50         349         264.47027   406         456   126    2080
 5 27           58         385         282.83956   423         469   126    2100
 6 27           68         395         297.81256   430         537   245    2040
 7 27           44         359         265.67798   416         464   245    2060
 8 26           36         298         241.03531   407         474   245    2080
 9 21           34         212         207.58555   362         462   245    2100
10 27           74         387         294.69163   425         505   370    2040
11 26           43         367         270.34052   421         475   370    2060
12 26           33         137         188.50776   343         481   370    2080
13 18           29          43          68.70587    90         421   370    2100
14 23           64         360         273.34769   404         457   585    2040
15 26           38         338         257.96397   421         477   585    2060
16 18           29          66          96.46213   134         448   585    2080
17 17           22          25          28.64293    30         227   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 155.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.