197 Cercidiphyllum japonicum

197.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.x33gg9
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260769-230224095556074
  Created: 2023-05-25T09:34:32.865+00:00
  Modified: 2023-05-25T09:35:26.444+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260769-230224095556074.zip
  Total records: 2010

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 652 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: 29.73797 xmax: 145.03234 ymax: 59.932487
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 652 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3051381846 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Saxi… Cerci… Cerc… Cercid…
 2 3393543076 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Saxi… Cerci… Cerc… Cercid…
 3 3051354884 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Saxi… Cerci… Cerc… Cercid…
 4 3393563131 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Saxi… Cerci… Cerc… Cercid…
 5 3051401985 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Saxi… Cerci… Cerc… Cercid…
 6 3051011381 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Saxi… Cerci… Cerc… Cercid…
 7 3051206750 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Saxi… Cerci… Cerc… Cercid…
 8 3393388734 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Saxi… Cerci… Cerc… Cercid…
 9 3393748339 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Saxi… Cerci… Cerc… Cercid…
10 3393961251 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Saxi… Cerci… Cerc… Cercid…
# ℹ 642 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 652 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 197.1: Occurrences de Cercidiphyllum japonicum dans le monde.

197.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.1809815951

[1] 0.3420245399

[1] 0.476993865

Espèce endémique d’Asie

Figure 197.2: Occurrence de Cercidiphyllum japonicum dans la région d’endémisme.

197.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         269           38            4 

[1] 87.78135048

Figure 197.3: Occurrence de Cercidiphyllum japonicum dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 273

Moins de 500 occurrences utilisables