242 Catalpa speciosa

242.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.dvjkgv
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0013533-230828120925497
  Created: 2023-09-11T17:59:42.816+00:00
  Modified: 2023-09-11T18:00:28.138+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0013533-230828120925497.zip
  Total records: 2475

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2434 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.286737 ymin: -40.223793 xmax: 175.58067 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,434 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 8     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
# ℹ 2,424 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 434 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Catalpa speciosa dans le monde.

Figure 242.1: Occurrences de Catalpa speciosa dans le monde.

242.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.0160230074
[1] 0.9823336072
[1] 0.0004108463435

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Catalpa speciosa dans la région d'endémisme.

Figure 242.2: Occurrence de Catalpa speciosa dans la région d’endémisme.

242.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         305         1781          305 
[1] 25.51233793
Occurrence de Catalpa speciosa dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 242.3: Occurrence de Catalpa speciosa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 610

242.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 610 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.281377 ymin: 29.69898 xmax: -71.043314 ymax: 46.6
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 610 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 8     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… NA                  
# ℹ 600 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

242.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Catalpa speciosa dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 242.4: Occurrence de Catalpa speciosa dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

242.2 Modélisation de la niche climatique

242.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 610, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.281377, -71.043314, 29.69898, 46.6  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= casp Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  casp

     610 presences,  0 true absences and  1828 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august       temp_min          temp_wet_quart       temp_season         prec_wet_quart     
 Min.   :14.10400   Min.   :-30.628000   Min.   :-9.152667   Min.   :  63.03181   Min.   :  27.0000  
 1st Qu.:24.43000   1st Qu.:-14.539000   1st Qu.:11.802167   1st Qu.: 777.79372   1st Qu.: 226.0000  
 Median :28.15600   Median : -8.100000   Median :17.532666   Median : 907.20886   Median : 299.0000  
 Mean   :27.62951   Mean   : -8.336887   Mean   :16.057640   Mean   : 894.41781   Mean   : 310.7982  
 3rd Qu.:31.44300   3rd Qu.: -2.842000   3rd Qu.:21.912167   3rd Qu.:1053.66183   3rd Qu.: 337.0000  
 Max.   :44.85200   Max.   : 20.931999   Max.   :32.972000   Max.   :1452.63916   Max.   :1559.0000  
  prec_season        
 Min.   :  5.534999  
 1st Qu.: 17.668276  
 Median : 32.689560  
 Mean   : 38.945541  
 3rd Qu.: 55.801466  
 Max.   :130.919312  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 242.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 4270, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.6041667, -53.89583333, 13.0625, 54.97916667  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10                              11 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)"        "Presences (validation)" 
                             12                              19                              20 
       "Presences (evaluation)"             "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22                              29 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)"           "**Pseudo-Absences**" 
                             30                              31                               1 
"Pseudo-Absences (calibration)"  "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 242.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

242.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for casp_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for casp_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for casp_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= casp Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  casp_PA1 


-=-=-=--=-=-=- casp_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  casp_PA2 


-=-=-=--=-=-=- casp_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  casp_PA3 


-=-=-=--=-=-=- casp_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

242.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration
1    casp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS    530      97.951      61.680       0.596
2    casp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC    541      97.951      61.885       0.740
3   casp_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS    549      87.090      85.451       0.727
4   casp_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC    522      87.705      85.041       0.942
5 casp_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS    369      92.213      82.582       0.750
6 casp_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC    371      92.213      82.787       0.944
  validation evaluation
1      0.639         NA
2      0.777         NA
3      0.738         NA
4      0.933         NA
5      0.770         NA
6      0.948         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 242.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

242.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 casp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.318293
2 casp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.559125
3 casp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.001449
4 casp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.203262
5 casp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.051781
6 casp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.220892
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 242.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 242.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

242.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 242.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

242.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : casp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


models computed: casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: casp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

242.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo
1 casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
2 casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
  filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration validation evaluation
1         TSS EMwmean         TSS    556      95.902      93.381       0.893         NA         NA
2         TSS EMwmean         ROC    542      96.066      93.271       0.988         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 242.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo
1 casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
2 casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
3 casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
4 casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
5 casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
6 casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
  filtered.by    algo        expl.var rand  var.imp
1         TSS EMwmean temp_max_august    1 0.144958
2         TSS EMwmean        temp_min    1 0.095714
3         TSS EMwmean  temp_wet_quart    1 0.035671
4         TSS EMwmean     temp_season    1 0.117980
5         TSS EMwmean  prec_wet_quart    1 0.079957
6         TSS EMwmean     prec_season    1 0.196037

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 242.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 242.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

242.3 Projections

242.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/casp/current


sp.name : casp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/casp/casp.AllModels.models.out )

models.projected : 
casp_PA1_RUN1_GAM, casp_PA1_RUN1_MARS, casp_PA1_RUN1_MAXNET, casp_PA1_RUN1_GBM, casp_PA1_RUN1_ANN, casp_PA1_RUN1_RF, casp_PA2_RUN1_GAM, casp_PA2_RUN1_MARS, casp_PA2_RUN1_MAXNET, casp_PA2_RUN1_GBM, casp_PA2_RUN1_ANN, casp_PA2_RUN1_RF, casp_PA3_RUN1_GAM, casp_PA3_RUN1_MARS, casp_PA3_RUN1_MAXNET, casp_PA3_RUN1_GBM, casp_PA3_RUN1_ANN, casp_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 242.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 242.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/casp/current


sp.name : casp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/casp/casp.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 242.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

242.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/casp/cont_gre


sp.name : casp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/casp/casp.AllModels.models.out )

models.projected : 
casp_PA1_RUN1_GAM, casp_PA1_RUN1_MARS, casp_PA1_RUN1_MAXNET, casp_PA1_RUN1_GBM, casp_PA1_RUN1_ANN, casp_PA1_RUN1_RF, casp_PA2_RUN1_GAM, casp_PA2_RUN1_MARS, casp_PA2_RUN1_MAXNET, casp_PA2_RUN1_GBM, casp_PA2_RUN1_ANN, casp_PA2_RUN1_RF, casp_PA3_RUN1_GAM, casp_PA3_RUN1_MARS, casp_PA3_RUN1_MAXNET, casp_PA3_RUN1_GBM, casp_PA3_RUN1_ANN, casp_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 242.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 242.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/casp/cont_gre


sp.name : casp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/casp/casp.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : casp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 242.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

242.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 242.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 242.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 242.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 242.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

242.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

242.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 242.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 242.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 242.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 242.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

242.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max         ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <fct> <dbl>
 1 146         256         296         350.4211936 472         668         0      2000
 2 156         282         404         413.1321281 524         736         126    2040
 3 172         344         432         454.4819061 554         762         126    2060
 4 132         320         432         451.2588963 554         794         126    2080
 5 148         340         442         464.4499161 574         766         126    2100
 6 154         282         414         428.3352181 540         754         245    2040
 7 132         386         466         492.1621152 608         790         245    2060
 8 198         442         514         530.0641919 644         788         245    2080
 9 144         464         532         540.8777772 660         790         245    2100
10 172         286         404         414.4774799 524         732         370    2040
11 146         394         460         490.2272738 596         774         370    2060
12 264         488         534         554.0247664 646         782         370    2080
13 222         546         608         598.4333632 648         888         370    2100
14 126         294         412         427.7563687 532         786         585    2040
15 170         432         508         526.7088786 654         800         585    2060
16 214         542         618         603.8441352 676         888         585    2080
17 320         566         604         637.6504173 722         878         585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 242.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.