91 Sinomalus sieboldii

91.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.nb5xq9
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252261-230224095556074
  Created: 2023-05-20T13:08:51.271+00:00
  Modified: 2023-05-20T13:09:33.429+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252261-230224095556074.zip
  Total records: 1996

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1996 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.374292 ymin: -34.555722 xmax: 151.15622 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,996 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 2      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 3      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 5      9e8 30bc94f2-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 6      9e8 30bc94f2-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 7      8e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 8      8e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 9      8e5 aab0cf80-… "LD:General… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… "sargentii"         
10      8e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
# ℹ 1,986 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 1 996 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Sinomalus sieboldii dans le monde.

Figure 91.1: Occurrences de Sinomalus sieboldii dans le monde.

91.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.6317635271
[1] 0.1097194389
[1] 0.25501002

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Sinomalus sieboldii dans la région d'endémisme.

Figure 91.2: Occurrence de Sinomalus sieboldii dans la région d’endémisme.

91.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                        927 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                         62 
                                                    CC0_1_0 
                                                        224 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         30 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                          3 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         15 
[1] 92.70420301
Occurrence de Sinomalus sieboldii dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 91.3: Occurrence de Sinomalus sieboldii dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 1169

91.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1169 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -4.406901 ymin: 47.749 xmax: 37.4285 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,169 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 2      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 3      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 5      9e8 30bc94f2-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 6      9e8 30bc94f2-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 7      8e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 8      8e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
 9      8e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
10      8e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sino… Sinoma… ""                  
# ℹ 1,159 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

91.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Sinomalus sieboldii dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 91.4: Occurrence de Sinomalus sieboldii dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

91.2 Modélisation de la niche climatique

91.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1169, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -4.406901, 37.4285, 47.749, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= sisi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  sisi

     1168 presences,  0 true absences and  3501 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 5.244   Min.   :-21.580   Min.   :-9.294   Min.   : 205.1  
 1st Qu.:19.928   1st Qu.: -8.486   1st Qu.: 8.659   1st Qu.: 600.1  
 Median :21.480   Median : -3.272   Median :12.034   Median : 725.4  
 Mean   :24.171   Mean   : -4.403   Mean   :11.893   Mean   : 753.6  
 3rd Qu.:28.172   3rd Qu.: -0.132   3rd Qu.:15.701   3rd Qu.: 896.4  
 Max.   :45.488   Max.   : 11.700   Max.   :25.766   Max.   :1281.8  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   5.0   Min.   :  8.443  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 24.073  
 Median : 218.0   Median : 30.779  
 Mean   : 218.2   Mean   : 36.200  
 3rd Qu.: 260.0   3rd Qu.: 39.232  
 Max.   :1070.0   Max.   :121.780  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 91.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 8179, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -9.770833, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 91.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

91.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for sisi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for sisi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for sisi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= sisi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  sisi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- sisi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  sisi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- sisi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  sisi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- sisi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

91.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    sisi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  667.0      95.610
2    sisi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  673.0      95.610
3   sisi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  545.0      95.396
4   sisi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  544.5      95.396
5 sisi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  317.0      96.574
6 sisi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  320.0      96.574
  specificity calibration validation evaluation
1      95.615       0.912      0.876         NA
2      95.722       0.988      0.981         NA
3      95.187       0.905      0.889         NA
4      95.187       0.987      0.987         NA
5      93.583       0.903      0.889         NA
6      93.904       0.985      0.983         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 91.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

91.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 sisi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.201744
2 sisi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.468968
3 sisi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.237349
4 sisi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.010746
5 sisi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.131214
6 sisi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.115014
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 91.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 91.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

91.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 91.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

91.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : sisi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
sisi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, sisi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

91.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 sisi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 sisi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS    451      96.918      95.230
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC    452      96.918      95.287
  calibration validation evaluation
1       0.922         NA         NA
2       0.993         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 91.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 sisi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 sisi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 sisi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 sisi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 sisi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 sisi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.487329
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.241199
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.122065
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.116268
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.074465
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.090091

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 91.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 91.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

91.3 Projections

91.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sisi/current


sp.name : sisi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sisi/sisi.AllModels.models.out )

models.projected : 
sisi_PA1_RUN1_GAM, sisi_PA1_RUN1_MARS, sisi_PA1_RUN1_MAXNET, sisi_PA1_RUN1_GBM, sisi_PA1_RUN1_ANN, sisi_PA1_RUN1_RF, sisi_PA2_RUN1_GAM, sisi_PA2_RUN1_MARS, sisi_PA2_RUN1_MAXNET, sisi_PA2_RUN1_GBM, sisi_PA2_RUN1_ANN, sisi_PA2_RUN1_RF, sisi_PA3_RUN1_GAM, sisi_PA3_RUN1_MARS, sisi_PA3_RUN1_MAXNET, sisi_PA3_RUN1_GBM, sisi_PA3_RUN1_ANN, sisi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 91.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 91.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sisi/current


sp.name : sisi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sisi/sisi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
sisi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, sisi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 91.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

91.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sisi/cont_gre


sp.name : sisi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sisi/sisi.AllModels.models.out )

models.projected : 
sisi_PA1_RUN1_GAM, sisi_PA1_RUN1_MARS, sisi_PA1_RUN1_MAXNET, sisi_PA1_RUN1_GBM, sisi_PA1_RUN1_ANN, sisi_PA1_RUN1_RF, sisi_PA2_RUN1_GAM, sisi_PA2_RUN1_MARS, sisi_PA2_RUN1_MAXNET, sisi_PA2_RUN1_GBM, sisi_PA2_RUN1_ANN, sisi_PA2_RUN1_RF, sisi_PA3_RUN1_GAM, sisi_PA3_RUN1_MARS, sisi_PA3_RUN1_MAXNET, sisi_PA3_RUN1_GBM, sisi_PA3_RUN1_ANN, sisi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 91.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 91.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sisi/cont_gre


sp.name : sisi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sisi/sisi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
sisi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, sisi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 91.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

91.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 91.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 91.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 91.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 91.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

91.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

91.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 91.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 91.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 91.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 91.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

91.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 30          88          247         278.71619   418         841   0      2000
 2 18          38           99         127.10432   191         631   126    2040
 3 20          33           65          91.76319   131         574   126    2060
 4 17          28           52          74.42846   108         586   126    2080
 5 22          35           57          79.58224   110         561   126    2100
 6 19          37           88         113.80302   172         588   245    2040
 7 18          31           46          65.23119    89         520   245    2060
 8 19          31           38          46.24743    54         306   245    2080
 9 18          32           35          37.39470    40         230   245    2100
10 20          40          102         127.88121   190         631   370    2040
11 21          33           47          64.66383    85         495   370    2060
12 23          33           36          39.09896    42         172   370    2080
13 15          20           22          22.31165    24          48   370    2100
14 17          29           75         103.12841   156         625   585    2040
15 18          30           37          46.71966    56         339   585    2060
16 15          21           23          23.58798    26          56   585    2080
17 15          17           20          19.70918    22          28   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 91.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.