201 Ehretia acuminata

201.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.t3pg9g
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260807-230224095556074
  Created: 2023-05-25T10:25:48.889+00:00
  Modified: 2023-05-25T10:26:30.079+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260807-230224095556074.zip
  Total records: 1169

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1169 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -156.395 ymin: -37.101627 xmax: 153.615061 ymax: 47.846388
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,169 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 919607880 1b412457-43cf-4a6… 6828383      Plantae Trach… Magn… Bora… Ehret… Ehre… Ehreti…
 2 919463126 1b412457-43cf-4a6… 5421876      Plantae Trach… Magn… Bora… Ehret… Ehre… Ehreti…
 3 919463125 1b412457-43cf-4a6… 5421880      Plantae Trach… Magn… Bora… Ehret… Ehre… Ehreti…
 4 919463109 1b412457-43cf-4a6… 5421875      Plantae Trach… Magn… Bora… Ehret… Ehre… Ehreti…
 5 919463105 1b412457-43cf-4a6… 5421878      Plantae Trach… Magn… Bora… Ehret… Ehre… Ehreti…
 6 919463102 1b412457-43cf-4a6… 5421877      Plantae Trach… Magn… Bora… Ehret… Ehre… Ehreti…
 7 919463093 1b412457-43cf-4a6… 5421881      Plantae Trach… Magn… Bora… Ehret… Ehre… Ehreti…
 8 919459441 1b412457-43cf-4a6… 5331793      Plantae Trach… Magn… Bora… Ehret… Ehre… Ehreti…
 9 891596013 29d56be4-2b76-4a0… TAI226770    Plantae Trach… Magn… Bora… Ehret… Ehre… Ehreti…
10 685752060 9e7ea106-0bf8-408… WII00616204… Plantae Trach… Magn… Bora… Ehret… Ehre… Ehreti…
# ℹ 1,159 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 1 169 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 201.1: Occurrences de Ehretia acuminata dans le monde.

201.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.0008554319932

[1] 0.009409751925

[1] 0.2908468777

Espèce non endémique