256 Magnolia acuminata

256.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.tdr9zq
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0015668-230828120925497
  Created: 2023-09-13T14:13:22.289+00:00
  Modified: 2023-09-13T14:14:22.795+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0015668-230828120925497.zip
  Total records: 1197

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1126 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -94.62248 ymin: 0.481917 xmax: 127.9621 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,126 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *    <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 3393873265 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn…
 2 3393427745 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn…
 3 3393847613 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn…
 4 3393894617 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn…
 5 3393478873 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn…
 6 3393825531 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn…
 7 3393413414 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn…
 8 3393975035 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn…
 9 3393687554 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn…
10 3393388705 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Magn…
# ℹ 1,116 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>, …

Il y a 1 126 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 256.1: Occurrences de Magnolia acuminata dans le monde.

256.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.03197158

[1] 0.9626998

[1] 0.002664298

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Figure 256.2: Occurrence de Magnolia acuminata dans la région d’endémisme.

256.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         161          678          245 

[1] 37.45387

Figure 256.3: Occurrence de Magnolia acuminata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 406

Moins de 500 occurrences utilisables