22 Quercus petraea

22.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.uxm4bk
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0231976-230224095556074
  Created: 2023-05-11T06:12:26.721+00:00
  Modified: 2023-05-11T06:23:23.431+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0231976-230224095556074.zip
  Total records: 176263

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 176263 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -89.933 ymin: -34.9989 xmax: 149.382222 ymax: 69.6461
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 176,263 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7    1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8    1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9    1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10    1 e9 75956ee6-… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 176,253 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 176 263 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus petraea dans le monde.

Figure 22.1: Occurrences de Quercus petraea dans le monde.

22.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9999205732
[1] 0
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Quercus petraea dans la région d'endémisme.

Figure 22.2: Occurrence de Quercus petraea dans la région d’endémisme.

22.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      150804        13488        11957 
[1] 92.34719062
Occurrence de Quercus petraea dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 22.3: Occurrence de Quercus petraea dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 162761

22.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.640175 ymin: 40.48361 xmax: 46.1859 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 86306e4b-… 1770e94b-06… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2    3.e9 c7d7f268-… DSS00439000… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3    3.e9 4551f85c-… a2752277-ee… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4    3.e9 e5f16d86-… 1c3c0c1b-a4… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… "petraea"           
 5    3.e9 14d81697-… 5e806bdd-16… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… "petraea"           
 6    3.e9 e5f16d86-… 32734742-5e… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… "petraea"           
 7    1 e9 75956ee6-… http://cbnp… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8    3.e9 f82bba08-… 0692f97a-09… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… "petraea"           
 9    3.e9 bd8ee748-… ea219b5d-bc… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… "petraea"           
10    3.e9 e93da5bb-… 1e11dd37-f5… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… "petraea"           
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

22.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus petraea dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 22.4: Occurrence de Quercus petraea dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

22.2 Modélisation de la niche climatique

22.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.640175, 46.1859, 40.48361, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qupe Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  qupe

     24996 presences,  0 true absences and  72859 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-21.992   Min.   :-12.310   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.61   1st Qu.: -8.700   1st Qu.:  7.795   1st Qu.: 601.0  
 Median :23.72   Median : -2.224   Median : 12.494   Median : 717.2  
 Mean   :24.88   Mean   : -3.997   Mean   : 11.869   Mean   : 748.6  
 3rd Qu.:27.85   3rd Qu.:  0.804   3rd Qu.: 16.048   3rd Qu.: 894.5  
 Max.   :45.66   Max.   : 11.808   Max.   : 25.885   Max.   :1392.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  6.006  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 18.929  
 Median : 215.0   Median : 29.962  
 Mean   : 216.9   Mean   : 33.619  
 3rd Qu.: 250.0   3rd Qu.: 38.985  
 Max.   :1264.0   Max.   :122.887  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 22.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174984, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 22.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

22.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for qupe_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qupe_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qupe_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qupe Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  qupe_PA1 


-=-=-=--=-=-=- qupe_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  qupe_PA2 


-=-=-=--=-=-=- qupe_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  qupe_PA3 


-=-=-=--=-=-=- qupe_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

22.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    qupe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  595.0      95.904
2    qupe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  591.5      95.989
3   qupe_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  479.0      96.279
4   qupe_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  478.5      96.279
5 qupe_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  344.0      95.984
6 qupe_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  347.5      95.899
  specificity calibration validation evaluation
1      88.165       0.841      0.849         NA
2      88.120       0.969      0.970         NA
3      89.265       0.855      0.860         NA
4      89.265       0.973      0.972         NA
5      89.385       0.854      0.859         NA
6      89.525       0.973      0.973         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 22.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

22.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 qupe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.140337
2 qupe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.146266
3 qupe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.014369
4 qupe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.363608
5 qupe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.018472
6 qupe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.227251
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 22.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 22.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

22.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 22.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

22.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : qupe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
qupe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qupe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

22.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qupe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qupe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  547.0      96.775      92.649
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  550.5      96.703      92.748
  calibration validation evaluation
1       0.894         NA         NA
2       0.990         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 22.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qupe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qupe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 qupe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 qupe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 qupe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 qupe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.189196
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.191741
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.014391
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.232889
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.021448
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.115601

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 22.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 22.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

22.3 Projections

22.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupe/current


sp.name : qupe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupe/qupe.AllModels.models.out )

models.projected : 
qupe_PA1_RUN1_GAM, qupe_PA1_RUN1_MARS, qupe_PA1_RUN1_MAXNET, qupe_PA1_RUN1_GBM, qupe_PA1_RUN1_RF, qupe_PA2_RUN1_GAM, qupe_PA2_RUN1_MARS, qupe_PA2_RUN1_MAXNET, qupe_PA2_RUN1_GBM, qupe_PA2_RUN1_RF, qupe_PA3_RUN1_GAM, qupe_PA3_RUN1_MARS, qupe_PA3_RUN1_MAXNET, qupe_PA3_RUN1_GBM, qupe_PA3_RUN1_ANN, qupe_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 22.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 22.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupe/current


sp.name : qupe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupe/qupe.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qupe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qupe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 22.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

22.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupe/cont_gre


sp.name : qupe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupe/qupe.AllModels.models.out )

models.projected : 
qupe_PA1_RUN1_GAM, qupe_PA1_RUN1_MARS, qupe_PA1_RUN1_MAXNET, qupe_PA1_RUN1_GBM, qupe_PA1_RUN1_RF, qupe_PA2_RUN1_GAM, qupe_PA2_RUN1_MARS, qupe_PA2_RUN1_MAXNET, qupe_PA2_RUN1_GBM, qupe_PA2_RUN1_RF, qupe_PA3_RUN1_GAM, qupe_PA3_RUN1_MARS, qupe_PA3_RUN1_MAXNET, qupe_PA3_RUN1_GBM, qupe_PA3_RUN1_ANN, qupe_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 22.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 22.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qupe/cont_gre


sp.name : qupe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qupe/qupe.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qupe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qupe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 22.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

22.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 22.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 22.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 22.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 22.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

22.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

22.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 22.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 22.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 22.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 22.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

22.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 213         486         754         663.67855   815         878   0      2000
 2 117         306         641         563.14725   798         863   126    2040
 3 110         260         546         506.40183   745         863   126    2060
 4 115         246         529         495.40127   731         857   126    2080
 5 146         281         571         521.16714   747         840   126    2100
 6 117         301         627         558.41421   800         866   245    2040
 7 106         214         435         439.72967   660         834   245    2060
 8 113         202         349         395.34961   587         824   245    2080
 9 113         175         268         317.46704   446         744   245    2100
10 105         287         606         541.70090   778         858   370    2040
11 123         230         450         454.99042   682         841   370    2060
12 111         159         240         288.12898   399         767   370    2080
13  59          87         107         115.05022   135         436   370    2100
14 114         269         602         526.79122   754         854   585    2040
15 107         188         353         393.35555   595         791   585    2060
16  59          94         118         136.20084   169         533   585    2080
17  38          53          60          61.86813    70         236   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 22.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.