187 Ulmus laevis

187.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.mntapm
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260240-230224095556074
  Created: 2023-05-24T21:31:24.505+00:00
  Modified: 2023-05-24T21:32:21.404+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260240-230224095556074.zip
  Total records: 12656

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 12656 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -93.413668 ymin: 25.02 xmax: 116.47 ymax: 65.02931
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 12,656 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 3      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 4      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 5      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 6      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 7      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 8      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 9      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
10      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
# ℹ 12,646 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 12 656 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ulmus laevis dans le monde.

Figure 187.1: Occurrences de Ulmus laevis dans le monde.

187.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.8841656131
[1] 7.901390645e-05
[1] 0.0048988622

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Ulmus laevis dans la région d'endémisme.

Figure 187.2: Occurrence de Ulmus laevis dans la région d’endémisme.

187.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                    8511 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                    1459 
                                                 CC0_1_0 
                                                    1208 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       9 
   https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       3 
[1] 86.88114388
Occurrence de Ulmus laevis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 187.3: Occurrence de Ulmus laevis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 9722

187.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 9722 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -7.51667 ymin: 38.44 xmax: 46.96063 ymax: 65.02931
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 9,722 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 3      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 4      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 5      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 6      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 7      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 8      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
 9      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
10      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … NA                  
# ℹ 9,712 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

187.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ulmus laevis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 187.4: Occurrence de Ulmus laevis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

187.2 Modélisation de la niche climatique

187.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 9722, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -7.51667, 46.96063, 38.44, 65.02931  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ulla Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  ulla

     9719 presences,  0 true absences and  28861 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.036   Min.   :-10.428   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.74   1st Qu.: -9.140   1st Qu.:  9.062   1st Qu.: 611.4  
 Median :24.25   Median : -3.142   Median : 13.617   Median : 735.6  
 Mean   :25.05   Mean   : -4.201   Mean   : 12.633   Mean   : 761.1  
 3rd Qu.:27.91   3rd Qu.:  0.780   3rd Qu.: 16.605   3rd Qu.: 905.5  
 Max.   :44.96   Max.   : 11.484   Max.   : 24.703   Max.   :1345.3  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  6.328  
 1st Qu.: 172.0   1st Qu.: 20.354  
 Median : 210.0   Median : 30.911  
 Mean   : 210.5   Mean   : 34.560  
 3rd Qu.: 241.0   3rd Qu.: 39.684  
 Max.   :1227.0   Max.   :121.858  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 187.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 68042, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.3125, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 187.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

187.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for ulla_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ulla_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ulla_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ulla Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  ulla_PA1 


-=-=-=--=-=-=- ulla_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  ulla_PA2 


-=-=-=--=-=-=- ulla_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  ulla_PA3 


-=-=-=--=-=-=- ulla_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

187.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    ulla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  485.0      94.894
2    ulla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  482.5      94.984
3   ulla_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  603.0      88.862
4   ulla_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  607.5      88.733
5 ulla_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  405.0      89.621
6 ulla_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  409.5      89.466
  specificity calibration validation evaluation
1      57.007       0.518      0.507         NA
2      56.968       0.691      0.700         NA
3      90.782       0.796      0.772         NA
4      90.923       0.945      0.937         NA
5      89.753       0.794      0.771         NA
6      90.023       0.950      0.944         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 187.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

187.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 ulla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.557542
2 ulla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.144404
3 ulla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.049989
4 ulla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.591806
5 ulla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.068513
6 ulla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.049318
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 187.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 187.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

187.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 187.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

187.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : ulla

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
ulla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ulla_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

187.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ulla_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ulla_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  487.0      96.913      93.192
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  570.5      95.216      94.927
  calibration validation evaluation
1       0.901         NA         NA
2       0.992         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 187.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ulla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ulla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 ulla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 ulla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 ulla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 ulla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.674689
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.667557
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.254831
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.254873
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.194397
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.277821

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 187.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 187.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

187.3 Projections

187.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulla/current


sp.name : ulla

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulla/ulla.AllModels.models.out )

models.projected : 
ulla_PA1_RUN1_GAM, ulla_PA1_RUN1_MARS, ulla_PA1_RUN1_MAXNET, ulla_PA1_RUN1_GBM, ulla_PA1_RUN1_ANN, ulla_PA1_RUN1_RF, ulla_PA2_RUN1_GAM, ulla_PA2_RUN1_MARS, ulla_PA2_RUN1_MAXNET, ulla_PA2_RUN1_GBM, ulla_PA2_RUN1_ANN, ulla_PA2_RUN1_RF, ulla_PA3_RUN1_GAM, ulla_PA3_RUN1_MARS, ulla_PA3_RUN1_MAXNET, ulla_PA3_RUN1_GBM, ulla_PA3_RUN1_ANN, ulla_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 187.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 187.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulla/current


sp.name : ulla

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulla/ulla.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ulla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ulla_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 187.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

187.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulla/cont_gre


sp.name : ulla

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulla/ulla.AllModels.models.out )

models.projected : 
ulla_PA1_RUN1_GAM, ulla_PA1_RUN1_MARS, ulla_PA1_RUN1_MAXNET, ulla_PA1_RUN1_GBM, ulla_PA1_RUN1_ANN, ulla_PA1_RUN1_RF, ulla_PA2_RUN1_GAM, ulla_PA2_RUN1_MARS, ulla_PA2_RUN1_MAXNET, ulla_PA2_RUN1_GBM, ulla_PA2_RUN1_ANN, ulla_PA2_RUN1_RF, ulla_PA3_RUN1_GAM, ulla_PA3_RUN1_MARS, ulla_PA3_RUN1_MAXNET, ulla_PA3_RUN1_GBM, ulla_PA3_RUN1_ANN, ulla_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 187.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 187.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulla/cont_gre


sp.name : ulla

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulla/ulla.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ulla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ulla_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 187.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

187.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 187.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 187.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 187.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 187.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

187.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

187.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 187.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 187.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 187.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 187.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

187.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 212         417         513         529.3470    656         819   0      2000
 2 238         365         529         503.1988    631         826   126    2040
 3 135         339         487         467.4657    578         846   126    2060
 4 186         339         474         471.7737    594         864   126    2080
 5 292         355         493         487.0752    604         855   126    2100
 6 244         367         540         517.9502    650         838   245    2040
 7 106         301         409         411.4299    532         778   245    2060
 8 122         315         390         417.4151    537         827   245    2080
 9 124         306         337         348.6003    430         682   245    2100
10  99         354         496         476.3946    597         765   370    2040
11 126         318         443         438.7565    550         815   370    2060
12 123         284         324         325.5883    397         668   370    2080
13 113         131         137         156.1969    167         431   370    2100
14 219         354         495         481.7607    604         840   585    2040
15 121         310         389         397.4535    523         769   585    2060
16 114         133         140         170.9044    200         451   585    2080
17 116         133         157         174.6100    216         312   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 187.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.