210 Melia azedarach
210.1 Données d’occurrences GBIF
Collecte des données du GBIF :
<<gbif download metadata>>
Status: SUCCEEDED
DOI: 10.15468/dl.2shyut
Format: SIMPLE_CSV
Download key: 0260832-230224095556074
Created: 2023-05-25T10:58:14.621+00:00
Modified: 2023-05-25T10:59:08.851+00:00
Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260832-230224095556074.zip
Total records: 16251Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et
exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du
tableau) :
Simple feature collection with 16251 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension: XY
Bounding box: xmin: -159.6527 ymin: -43.563914 xmax: 174.904389 ymax: 63.434
Geodetic CRS: WGS 84
# A tibble: 16,251 × 51
gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
* <int64> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
1 3117617908 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Melia… Melia Melia …
2 3117975970 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Melia… Melia Melia …
3 3117620932 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Melia… Melia Melia …
4 3118080242 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Melia… Melia Melia …
5 3118042147 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Melia… Melia Melia …
6 3117972929 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Melia… Melia Melia …
7 3117957863 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Melia… Melia Melia …
8 3117616932 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Melia… Melia Melia …
9 3117957906 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Melia… Melia Melia …
10 3117613898 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Melia… Melia Melia …
# ℹ 16,241 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
# verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
# countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
# individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
# decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
# elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …Il y a 16 251 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :
Figure 210.1: Occurrences de Melia azedarach dans le monde.
210.1.1 Données par région
On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.
[1] 0.2422620146[1] 0.2657067257[1] 0.08984062519Espèce non endémique