32 Liriodendron tulipifera

32.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.ngf5x7
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232045-230224095556074
  Created: 2023-05-11T06:45:01.944+00:00
  Modified: 2023-05-11T06:46:14.747+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232045-230224095556074.zip
  Total records: 20605

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 18732 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.197525 ymin: -42.828062 xmax: 173.293333 ymax: 59.64923
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 18,732 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 2    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 3    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 4    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 6    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 7    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 8    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 9    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
10    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
# ℹ 18,722 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 18 732 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Liriodendron tulipifera dans le monde.

Figure 32.1: Occurrences de Liriodendron tulipifera dans le monde.

32.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.06678411275
[1] 0.9287849669
[1] 0.0033632287

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Liriodendron tulipifera dans la région d'endémisme.

Figure 32.2: Occurrence de Liriodendron tulipifera dans la région d’endémisme.

32.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        4035        12050         1313 
[1] 30.73916542
Occurrence de Liriodendron tulipifera dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 32.3: Occurrence de Liriodendron tulipifera dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 5348

32.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 5348 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.281384 ymin: 27.265306 xmax: -69.14838 ymax: 47.661241
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 5,348 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 2    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 3    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 4    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 6    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 7    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 8    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
 9    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
10    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Magn… Magno… Liri… Liriod… NA                  
# ℹ 5,338 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

32.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Liriodendron tulipifera dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 32.4: Occurrence de Liriodendron tulipifera dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

32.2 Modélisation de la niche climatique

32.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 5348, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.2814, -69.14838, 27.26531, 47.66124  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= litu Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  litu

     5348 presences,  0 true absences and  15943 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   :10.61   Min.   :-30.740   Min.   :-13.15   Min.   :  41.76  
 1st Qu.:24.21   1st Qu.:-14.462   1st Qu.: 11.88   1st Qu.: 752.84  
 Median :28.43   Median : -7.260   Median : 17.28   Median : 887.91  
 Mean   :27.58   Mean   : -7.951   Mean   : 16.14   Mean   : 876.14  
 3rd Qu.:31.15   3rd Qu.: -1.750   3rd Qu.: 21.68   3rd Qu.:1031.14  
 Max.   :43.01   Max.   : 22.446   Max.   : 33.21   Max.   :1468.17  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  23.0   Min.   :  5.439  
 1st Qu.: 230.0   1st Qu.: 16.702  
 Median : 305.0   Median : 29.735  
 Mean   : 319.1   Mean   : 37.869  
 3rd Qu.: 351.0   3rd Qu.: 55.065  
 Max.   :1853.0   Max.   :137.729  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 32.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 37436, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9792, -52.72917, 13.02083, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 32.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

32.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for litu_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for litu_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for litu_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= litu Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  litu_PA1 


-=-=-=--=-=-=- litu_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  litu_PA2 


-=-=-=--=-=-=- litu_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  litu_PA3 


-=-=-=--=-=-=- litu_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

32.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    litu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  535.0      98.761
2    litu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  535.5      98.761
3   litu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  480.0      97.055
4   litu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  433.0      97.779
5 litu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  282.0      98.691
6 litu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  283.5      98.691
  specificity calibration validation evaluation
1      71.646       0.704      0.706         NA
2      71.646       0.809      0.804         NA
3      85.928       0.830      0.838         NA
4      85.227       0.958      0.959         NA
5      83.661       0.824      0.836         NA
6      83.707       0.960      0.959         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 32.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

32.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 litu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.185524
2 litu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.529608
3 litu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.004034
4 litu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.142101
5 litu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.167896
6 litu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.443451
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 32.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 32.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

32.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 32.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

32.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : litu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
litu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, litu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

32.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 litu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 litu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  470.0      97.326      87.687
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  470.5      97.307      87.731
  calibration validation evaluation
1       0.850         NA         NA
2       0.982         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 32.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 litu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 litu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 litu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 litu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 litu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 litu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.147671
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.261035
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.040225
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.182883
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.171104
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.350590

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 32.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 32.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

32.3 Projections

32.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/litu/current


sp.name : litu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/litu/litu.AllModels.models.out )

models.projected : 
litu_PA1_RUN1_GAM, litu_PA1_RUN1_MARS, litu_PA1_RUN1_MAXNET, litu_PA1_RUN1_GBM, litu_PA1_RUN1_ANN, litu_PA1_RUN1_RF, litu_PA2_RUN1_GAM, litu_PA2_RUN1_MARS, litu_PA2_RUN1_MAXNET, litu_PA2_RUN1_GBM, litu_PA2_RUN1_ANN, litu_PA2_RUN1_RF, litu_PA3_RUN1_GAM, litu_PA3_RUN1_MARS, litu_PA3_RUN1_MAXNET, litu_PA3_RUN1_GBM, litu_PA3_RUN1_ANN, litu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 32.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 32.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/litu/current


sp.name : litu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/litu/litu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
litu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, litu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 32.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

32.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/litu/cont_gre


sp.name : litu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/litu/litu.AllModels.models.out )

models.projected : 
litu_PA1_RUN1_GAM, litu_PA1_RUN1_MARS, litu_PA1_RUN1_MAXNET, litu_PA1_RUN1_GBM, litu_PA1_RUN1_ANN, litu_PA1_RUN1_RF, litu_PA2_RUN1_GAM, litu_PA2_RUN1_MARS, litu_PA2_RUN1_MAXNET, litu_PA2_RUN1_GBM, litu_PA2_RUN1_ANN, litu_PA2_RUN1_RF, litu_PA3_RUN1_GAM, litu_PA3_RUN1_MARS, litu_PA3_RUN1_MAXNET, litu_PA3_RUN1_GBM, litu_PA3_RUN1_ANN, litu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 32.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 32.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/litu/cont_gre


sp.name : litu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/litu/litu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
litu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, litu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 32.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

32.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 32.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 32.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 32.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 32.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

32.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

32.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 32.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 32.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 32.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 32.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

32.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 134         342         440         432.3696    522         708   0      2000
 2 123         480         572         544.9259    690         765   126    2040
 3 116         498         645         568.3524    711         764   126    2060
 4 115         456         610         540.3957    688         759   126    2080
 5 116         495         651         570.4709    713         763   126    2100
 6 119         506         622         562.8014    708         767   245    2040
 7 116         482         668         572.5849    717         768   245    2060
 8 114         389         705         586.4412    725         762   245    2080
 9 114         373         699         580.6114    723         746   245    2100
10 128         476         579         548.0195    697         770   370    2040
11 116         509         685         587.3727    722         764   370    2060
12 120         353         712         583.8413    728         749   370    2080
13 114         310         612         516.9002    668         740   370    2100
14 123         441         559         523.7524    671         751   585    2040
15 116         461         706         598.5121    726         768   585    2060
16 116         323         640         536.1091    686         740   585    2080
17  98         285         383         398.0222    497         702   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 32.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.