260 Pinus ponderosa

260.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.j7s7w2
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0015755-230828120925497
  Created: 2023-09-13T16:07:41.788+00:00
  Modified: 2023-09-13T16:09:24.368+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0015755-230828120925497.zip
  Total records: 22788

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 22788 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.9087 ymin: -45.296 xmax: 172.961 ymax: 59.65678
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 22,788 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 997427003 95c938a8-f762… "5f0bc724-2… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 2 930741617 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 3 930740112 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 4 930740107 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 5 930740073 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 6 930740067 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 7 930740065 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 8 930740039 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 9 930740016 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
10 923034578 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
# ℹ 22,778 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 22 788 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pinus ponderosa dans le monde.

Figure 260.1: Occurrences de Pinus ponderosa dans le monde.

260.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.008381604
[1] 0.9889415
[1] 4.388275e-05

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Pinus ponderosa dans la région d'endémisme.

Figure 260.2: Occurrence de Pinus ponderosa dans la région d’endémisme.

260.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        9277        12421          838 
[1] 44.88374
Occurrence de Pinus ponderosa dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 260.3: Occurrence de Pinus ponderosa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 10115

260.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 10115 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.9083 ymin: 26.46972 xmax: -73.6012 ymax: 51.22236
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 10,115 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
     <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 997427003 95c938a8-f762… "5f0bc724-2… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 2 930741617 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 3 930740112 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 4 930740107 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 5 930740073 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 6 930740067 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 7 930740065 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 8 930740039 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
 9 930740016 0096dfc0-9925… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
10 923018351 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus
# ℹ 10,105 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

260.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pinus ponderosa dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 260.4: Occurrence de Pinus ponderosa dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

260.2 Modélisation de la niche climatique

260.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 10115, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.9083, -73.6012, 26.46972, 51.22236  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pipo Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pipo

     10115 presences,  0 true absences and  29999 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.752   Min.   :-12.67   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:22.82   1st Qu.:-14.563   1st Qu.: 12.42   1st Qu.: 666.6  
 Median :26.38   Median : -7.500   Median : 16.50   Median : 800.2  
 Mean   :26.59   Mean   : -8.361   Mean   : 15.49   Mean   : 835.2  
 3rd Qu.:30.45   3rd Qu.: -3.440   3rd Qu.: 19.77   3rd Qu.:1027.4  
 Max.   :44.07   Max.   : 23.000   Max.   : 33.54   Max.   :1465.5  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  22.0   Min.   :  5.439  
 1st Qu.: 200.0   1st Qu.: 27.833  
 Median : 275.0   Median : 49.080  
 Mean   : 297.1   Mean   : 48.541  
 3rd Qu.: 327.0   3rd Qu.: 66.779  
 Max.   :2213.0   Max.   :138.815  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 260.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 70805, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9792, -52.8125, 13.02083, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 260.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

260.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pipo_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pipo_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pipo_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pipo Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pipo_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pipo_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pipo_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pipo_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pipo_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pipo_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

260.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pipo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  758.0      92.845
2    pipo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  853.5      90.818
3   pipo_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  578.0      93.302
4   pipo_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  608.5      92.944
5 pipo_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  334.0      94.204
6 pipo_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  334.5      94.142
  specificity calibration validation evaluation
1      73.789       0.666      0.665         NA
2      75.865       0.822      0.822         NA
3      94.711       0.880      0.884         NA
4      95.119       0.986      0.988         NA
5      94.192       0.884      0.892         NA
6      94.266       0.982      0.985         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 260.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

260.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pipo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.123828
2 pipo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.224654
3 pipo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.131790
4 pipo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.321000
5 pipo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.081251
6 pipo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.100122
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 260.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 260.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

260.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 260.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

260.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pipo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pipo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pipo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

260.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pipo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pipo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  382.0      97.469      94.346
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  383.5      97.430      94.393
  calibration validation evaluation
1       0.918         NA         NA
2       0.995         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 260.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pipo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pipo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pipo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pipo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pipo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pipo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.178548
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.280893
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.121616
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.448059
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.068633
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.123334

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 260.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 260.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

260.3 Projections

260.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pipo/current


sp.name : pipo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pipo/pipo.AllModels.models.out )

models.projected : 
pipo_PA1_RUN1_GAM, pipo_PA1_RUN1_MARS, pipo_PA1_RUN1_MAXNET, pipo_PA1_RUN1_GBM, pipo_PA1_RUN1_ANN, pipo_PA1_RUN1_RF, pipo_PA2_RUN1_GAM, pipo_PA2_RUN1_MARS, pipo_PA2_RUN1_MAXNET, pipo_PA2_RUN1_GBM, pipo_PA2_RUN1_ANN, pipo_PA2_RUN1_RF, pipo_PA3_RUN1_GAM, pipo_PA3_RUN1_MARS, pipo_PA3_RUN1_MAXNET, pipo_PA3_RUN1_GBM, pipo_PA3_RUN1_ANN, pipo_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 260.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 260.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pipo/current


sp.name : pipo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pipo/pipo.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pipo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pipo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 260.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

260.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pipo/cont_gre


sp.name : pipo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pipo/pipo.AllModels.models.out )

models.projected : 
pipo_PA1_RUN1_GAM, pipo_PA1_RUN1_MARS, pipo_PA1_RUN1_MAXNET, pipo_PA1_RUN1_GBM, pipo_PA1_RUN1_ANN, pipo_PA1_RUN1_RF, pipo_PA2_RUN1_GAM, pipo_PA2_RUN1_MARS, pipo_PA2_RUN1_MAXNET, pipo_PA2_RUN1_GBM, pipo_PA2_RUN1_ANN, pipo_PA2_RUN1_RF, pipo_PA3_RUN1_GAM, pipo_PA3_RUN1_MARS, pipo_PA3_RUN1_MAXNET, pipo_PA3_RUN1_GBM, pipo_PA3_RUN1_ANN, pipo_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 260.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 260.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pipo/cont_gre


sp.name : pipo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pipo/pipo.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pipo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pipo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 260.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

260.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 260.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 260.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 260.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 260.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

260.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

260.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 260.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 260.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 260.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 260.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

260.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 58          166         273         258.33604   354         439   0      2000
 2 30          120         319         257.71975   361         416   126    2040
 3 26           94         327         251.22738   356         422   126    2060
 4 25           90         338         261.87067   374         437   126    2080
 5 24           89         323         246.92311   352         392   126    2100
 6 30          102         322         252.39852   354         410   245    2040
 7 24           71         327         244.57371   358         428   245    2060
 8 23           48         283         220.27486   344         399   245    2080
 9 24           40         233         202.83844   335         422   245    2100
10 30          115         315         254.51576   357         412   370    2040
11 24           66         321         238.32307   351         393   370    2060
12 24           36         188         177.62669   300         396   370    2080
13 22           29          67          92.57553   131         375   370    2100
14 29          115         339         269.18804   375         461   585    2040
15 23           53         302         225.56211   344         398   585    2060
16 22           28          95         124.63400   203         409   585    2080
17 24           30          36          45.20600    53         303   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 260.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.