278 Taxus baccata

278.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.6t9zyy
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018242-230828120925497
  Created: 2023-09-16T05:30:38.855+00:00
  Modified: 2023-09-16T05:32:24.208+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018242-230828120925497.zip
  Total records: 76972

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 76972 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.373 ymin: -46.45119 xmax: 177.716 ymax: 63.85876
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 76,972 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 998025594 38b4c89f-584c… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 2 998025411 38b4c89f-584c… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 3 998024939 38b4c89f-584c… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 4 997989914 38b4c89f-584c… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 5 997889797 38b4c89f-584c… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 6 997873425 38b4c89f-584c… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 7 997838755 38b4c89f-584c… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 8 997729721 38b4c89f-584c… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 9 991803372 e6c97f6e-e952… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
10 986394260 2429287b-ef65… "urn:catalo… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
# ℹ 76,962 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 76 972 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Taxus baccata dans le monde.

Figure 278.1: Occurrences de Taxus baccata dans le monde.

278.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9956997
[1] 0.001312165
[1] 0.0001169256

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Taxus baccata dans la région d'endémisme.

Figure 278.2: Occurrence de Taxus baccata dans la région d’endémisme.

278.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      39514 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       7556 
                                                    CC0_1_0 
                                                       6522 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                      17295 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       4951 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                        803 
[1] 67.5748
Occurrence de Taxus baccata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 278.3: Occurrence de Taxus baccata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 51790

278.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.13074 ymin: 36.91 xmax: 45.11639 ymax: 63.85876
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
      <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 1104058343 75956ee6-1a2… http://pifh… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 2 1050308038 2e4cc37b-302… 360320       Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 3  852261616 38b4c89f-584… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 4 2877290152 83fdfd3d-3a2… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 5 2961373553 efb3f1a0-43d… CI000233000… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 6 2925172276 5e43a220-a91… 28142        Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 7 1824296547 b124e1e0-475… urn:uuid:98… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 8 3475682377 e5f16d86-e22… a1f7ca0c-35… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
 9 2880260348 83fdfd3d-3a2… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
10 3043773308 2e4cc37b-302… 677340       Plantae Trach… Pino… Pina… Taxac… Taxus
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

278.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Taxus baccata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 278.4: Occurrence de Taxus baccata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

278.2 Modélisation de la niche climatique

278.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.13074, 45.11639, 36.91, 63.85876  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= taba Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  taba

     24934 presences,  0 true absences and  72887 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.084   Min.   :-24.584   Min.   :-12.253   Min.   : 205.1  
 1st Qu.:19.920   1st Qu.: -8.716   1st Qu.:  7.766   1st Qu.: 612.5  
 Median :23.000   Median : -3.420   Median : 12.545   Median : 728.1  
 Mean   :24.541   Mean   : -4.175   Mean   : 11.897   Mean   : 749.4  
 3rd Qu.:27.960   3rd Qu.:  1.148   3rd Qu.: 16.125   3rd Qu.: 895.5  
 Max.   :45.540   Max.   : 12.036   Max.   : 26.213   Max.   :1393.9  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :   3   Min.   :  5.153  
 1st Qu.: 176   1st Qu.: 22.193  
 Median : 218   Median : 31.042  
 Mean   : 230   Mean   : 35.090  
 3rd Qu.: 271   3rd Qu.: 39.334  
 Max.   :1250   Max.   :124.090  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 278.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174736, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 278.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

278.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for taba_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for taba_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for taba_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= taba Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  taba_PA1 


-=-=-=--=-=-=- taba_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  taba_PA2 


-=-=-=--=-=-=- taba_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  taba_PA3 


-=-=-=--=-=-=- taba_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

278.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    taba_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  646.0      94.801
2    taba_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  720.5      92.400
3   taba_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  482.0      95.242
4   taba_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  485.5      95.202
5 taba_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  376.0      95.709
6 taba_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  357.5      96.751
  specificity calibration validation evaluation
1      72.845       0.677      0.680         NA
2      75.280       0.851      0.845         NA
3      83.485       0.787      0.796         NA
4      83.565       0.937      0.941         NA
5      82.810       0.785      0.794         NA
6      81.860       0.937      0.941         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 278.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

278.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 taba_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.210096
2 taba_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.282449
3 taba_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.006724
4 taba_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.370784
5 taba_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.062714
6 taba_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.192371
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 278.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 278.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

278.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 278.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

278.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : taba

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
taba_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, taba_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

278.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 taba_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 taba_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  700.0      95.268      96.152
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  704.5      95.139      96.334
  calibration validation evaluation
1       0.914         NA         NA
2       0.993         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 278.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 taba_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 taba_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 taba_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 taba_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 taba_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 taba_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.312523
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.410253
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.166791
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.443272
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.263270
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.284855

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 278.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 278.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

278.3 Projections

278.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taba/current


sp.name : taba

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taba/taba.AllModels.models.out )

models.projected : 
taba_PA1_RUN1_GAM, taba_PA1_RUN1_MARS, taba_PA1_RUN1_MAXNET, taba_PA1_RUN1_GBM, taba_PA1_RUN1_RF, taba_PA2_RUN1_GAM, taba_PA2_RUN1_MARS, taba_PA2_RUN1_MAXNET, taba_PA2_RUN1_GBM, taba_PA2_RUN1_RF, taba_PA3_RUN1_GAM, taba_PA3_RUN1_MARS, taba_PA3_RUN1_MAXNET, taba_PA3_RUN1_GBM, taba_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 278.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 278.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taba/current


sp.name : taba

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taba/taba.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
taba_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, taba_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 278.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

278.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taba/cont_gre


sp.name : taba

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taba/taba.AllModels.models.out )

models.projected : 
taba_PA1_RUN1_GAM, taba_PA1_RUN1_MARS, taba_PA1_RUN1_MAXNET, taba_PA1_RUN1_GBM, taba_PA1_RUN1_RF, taba_PA2_RUN1_GAM, taba_PA2_RUN1_MARS, taba_PA2_RUN1_MAXNET, taba_PA2_RUN1_GBM, taba_PA2_RUN1_RF, taba_PA3_RUN1_GAM, taba_PA3_RUN1_MARS, taba_PA3_RUN1_MAXNET, taba_PA3_RUN1_GBM, taba_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 278.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 278.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taba/cont_gre


sp.name : taba

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taba/taba.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
taba_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, taba_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 278.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

278.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 278.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 278.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 278.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 278.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

278.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

278.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 278.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 278.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 278.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 278.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

278.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 318         495         790         717.4351    865         930   0      2000
 2 238         394         629         583.3650    769         905   126    2040
 3 249         335         524         513.0555    662         839   126    2060
 4 238         340         520         509.2352    651         866   126    2080
 5 271         374         539         525.4714    666         811   126    2100
 6 241         381         601         576.4378    761         906   245    2040
 7 243         313         426         455.2718    588         844   245    2060
 8 270         336         395         439.1199    533         781   245    2080
 9 210         322         348         382.0378    432         696   245    2100
10 234         360         567         552.8513    724         907   370    2040
11 248         321         438         468.3677    603         806   370    2060
12 242         319         332         367.3408    399         717   370    2080
13 143         222         311         283.2270    340         410   370    2100
14 218         370         574         540.4185    692         882   585    2040
15 246         332         388         432.8461    533         766   585    2060
16 139         263         330         301.4156    347         487   585    2080
17 172         214         257         252.3017    286         354   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 278.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.