263 Pistacia terebinthus

263.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.cqmagt
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0017058-230828120925497
  Created: 2023-09-14T20:35:54.784+00:00
  Modified: 2023-09-14T20:37:02.301+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0017058-230828120925497.zip
  Total records: 24604

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 24604 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -112.1881 ymin: 5.668225 xmax: 139.3414 ymax: 49.00253
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 24,604 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 932706894 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 2 932705417 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 3 932705291 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 4 932705276 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 5 923053117 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 6 923052454 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 7 923050713 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 8 923045850 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 9 923040538 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
10 923040009 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
# ℹ 24,594 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 24 604 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pistacia terebinthus dans le monde.

Figure 263.1: Occurrences de Pistacia terebinthus dans le monde.

263.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9997561
[1] 4.06438e-05
[1] 8.12876e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pistacia terebinthus dans la région d'endémisme.

Figure 263.2: Occurrence de Pistacia terebinthus dans la région d’endémisme.

263.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
       20982         3532           84 
[1] 85.64111
Occurrence de Pistacia terebinthus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 263.3: Occurrence de Pistacia terebinthus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 21066

263.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 21066 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.208884 ymin: 30.33028 xmax: 46.493 ymax: 49.00253
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 21,066 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
     <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 923053117 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 2 923052454 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 3 923050713 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 4 923045850 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 5 923040538 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 6 923040009 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 7 923035598 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 8 923034927 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 9 923032266 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
10 923030275 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
# ℹ 21,056 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

263.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pistacia terebinthus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 263.4: Occurrence de Pistacia terebinthus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

263.2 Modélisation de la niche climatique

263.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 21066, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.208884, 46.493, 30.33028, 49.00253  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pite Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pite

     21034 presences,  0 true absences and  61681 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.000   Min.   :-10.076   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:21.00   1st Qu.: -8.656   1st Qu.:  9.704   1st Qu.: 608.5  
 Median :26.22   Median : -1.192   Median : 12.732   Median : 714.9  
 Mean   :25.95   Mean   : -3.361   Mean   : 12.343   Mean   : 752.0  
 3rd Qu.:29.31   3rd Qu.:  2.136   3rd Qu.: 15.583   3rd Qu.: 895.8  
 Max.   :45.74   Max.   : 12.376   Max.   : 26.407   Max.   :1394.1  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.227  
 1st Qu.: 180.0   1st Qu.: 27.265  
 Median : 224.0   Median : 33.429  
 Mean   : 226.3   Mean   : 38.980  
 3rd Qu.: 269.0   3rd Qu.: 42.458  
 Max.   :1260.0   Max.   :123.648  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 263.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 147334, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.3125, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 263.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

263.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pite_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pite_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pite_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pite Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pite_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pite_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pite_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pite_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pite_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pite_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

263.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pite_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  717.0      99.097
2    pite_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  706.5      99.168
3   pite_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  514.0      95.561
4   pite_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  517.5      95.531
5 pite_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  411.0      92.215
6 pite_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  411.5      92.167
  specificity calibration validation evaluation
1      67.294       0.664      0.662         NA
2      67.264       0.814      0.814         NA
3      91.752       0.873      0.878         NA
4      91.800       0.980      0.979         NA
5      95.241       0.875      0.882         NA
6      95.301       0.981      0.981         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 263.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

263.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pite_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.509718
2 pite_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.257478
3 pite_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.034399
4 pite_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.358902
5 pite_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.024143
6 pite_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.068085
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 263.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 263.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

263.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 263.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

263.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pite

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pite_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pite_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

263.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pite_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pite_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  506.0      96.896      94.948
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  505.5      96.896      94.948
  calibration validation evaluation
1       0.918         NA         NA
2       0.995         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 263.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pite_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pite_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pite_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pite_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pite_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pite_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.356665
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.296906
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.034608
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.311520
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.176699
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.074691

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 263.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 263.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

263.3 Projections

263.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pite/current


sp.name : pite

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pite/pite.AllModels.models.out )

models.projected : 
pite_PA1_RUN1_GAM, pite_PA1_RUN1_MARS, pite_PA1_RUN1_MAXNET, pite_PA1_RUN1_GBM, pite_PA1_RUN1_ANN, pite_PA1_RUN1_RF, pite_PA2_RUN1_GAM, pite_PA2_RUN1_MARS, pite_PA2_RUN1_MAXNET, pite_PA2_RUN1_GBM, pite_PA2_RUN1_ANN, pite_PA2_RUN1_RF, pite_PA3_RUN1_GAM, pite_PA3_RUN1_MARS, pite_PA3_RUN1_MAXNET, pite_PA3_RUN1_GBM, pite_PA3_RUN1_ANN, pite_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 263.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 263.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pite/current


sp.name : pite

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pite/pite.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pite_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pite_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 263.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

263.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pite/cont_gre


sp.name : pite

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pite/pite.AllModels.models.out )

models.projected : 
pite_PA1_RUN1_GAM, pite_PA1_RUN1_MARS, pite_PA1_RUN1_MAXNET, pite_PA1_RUN1_GBM, pite_PA1_RUN1_ANN, pite_PA1_RUN1_RF, pite_PA2_RUN1_GAM, pite_PA2_RUN1_MARS, pite_PA2_RUN1_MAXNET, pite_PA2_RUN1_GBM, pite_PA2_RUN1_ANN, pite_PA2_RUN1_RF, pite_PA3_RUN1_GAM, pite_PA3_RUN1_MARS, pite_PA3_RUN1_MAXNET, pite_PA3_RUN1_GBM, pite_PA3_RUN1_ANN, pite_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 263.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 263.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pite/cont_gre


sp.name : pite

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pite/pite.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pite_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pite_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 263.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

263.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 263.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 263.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 263.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 263.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

263.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

263.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 263.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 263.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 263.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 263.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

263.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  50         240         437         474.8808    725         855   0      2000
 2  87         477         623         581.8117    715         840   126    2040
 3 116         498         610         594.7775    709         815   126    2060
 4 130         545         653         631.2994    727         811   126    2080
 5 124         555         647         630.0573    719         807   126    2100
 6 113         511         657         615.7854    729         820   245    2040
 7 126         498         575         584.7610    685         797   245    2060
 8 171         512         645         618.0418    714         797   245    2080
 9 198         483         588         583.2320    698         792   245    2100
10  78         460         553         551.6161    677         840   370    2040
11 128         509         613         602.2335    701         807   370    2060
12 229         462         543         567.1755    703         806   370    2080
13 273         356         435         433.5371    519         619   370    2100
14 113         501         640         600.9185    718         813   585    2040
15 155         494         588         587.2459    693         789   585    2060
16 276         387         458         452.1063    527         668   585    2080
17 237         263         326         346.7531    436         529   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 263.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.