44 Acer rubrum

44.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.8dmbky
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232105-230224095556074
  Created: 2023-05-11T07:11:41.024+00:00
  Modified: 2023-05-11T07:13:16.339+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232105-230224095556074.zip
  Total records: 73531

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 19603 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.74978 ymin: -39.938276 xmax: 175.23513 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 19,603 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 2    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 3    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 4    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 6    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 7    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 8    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 9    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
10    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
# ℹ 19,593 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 19 603 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Acer rubrum dans le monde.

Figure 44.1: Occurrences de Acer rubrum dans le monde.

44.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.01147783503
[1] 0.988267102
[1] 0.0001020252002

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Acer rubrum dans la région d'endémisme.

Figure 44.2: Occurrence de Acer rubrum dans la région d’endémisme.

44.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        3302        13286         2785 
[1] 31.42001755
Occurrence de Acer rubrum dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 44.3: Occurrence de Acer rubrum dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 6087

44.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 6087 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.74978 ymin: 25.760442 xmax: -53.9514 ymax: 50.154167
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,087 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 2    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 3    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 4    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 6    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 7    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 8    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
 9    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
10    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer r… ""                  
# ℹ 6,077 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

44.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Acer rubrum dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 44.4: Occurrence de Acer rubrum dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

44.2 Modélisation de la niche climatique

44.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 6087, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.7498, -53.9514, 25.76044, 50.15417  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= acru Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  acru

     6084 presences,  0 true absences and  18133 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.728   Min.   :-11.55   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:23.48   1st Qu.:-15.432   1st Qu.: 11.92   1st Qu.: 753.9  
 Median :27.00   Median : -9.348   Median : 17.23   Median : 911.9  
 Mean   :27.03   Mean   : -8.913   Mean   : 15.86   Mean   : 890.1  
 3rd Qu.:31.04   3rd Qu.: -2.052   3rd Qu.: 20.85   3rd Qu.:1054.4  
 Max.   :44.14   Max.   : 22.200   Max.   : 33.18   Max.   :1469.2  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  24.0   Min.   :  5.531  
 1st Qu.: 228.0   1st Qu.: 16.889  
 Median : 297.0   Median : 31.341  
 Mean   : 319.7   Mean   : 38.406  
 3rd Qu.: 348.0   3rd Qu.: 55.958  
 Max.   :1812.0   Max.   :136.351  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 44.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 42597, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9375, -52.6875, 13.02083, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 44.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

44.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for acru_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for acru_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for acru_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= acru Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  acru_PA1 


-=-=-=--=-=-=- acru_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  acru_PA2 


-=-=-=--=-=-=- acru_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  acru_PA3 


-=-=-=--=-=-=- acru_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

44.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    acru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  495.0      96.343
2    acru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  498.5      96.322
3   acru_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  472.0      94.268
4   acru_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  470.5      94.309
5 acru_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  395.0      91.329
6 acru_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  395.5      91.186
  specificity calibration validation evaluation
1      63.491       0.599      0.615         NA
2      63.614       0.767      0.775         NA
3      81.314       0.756      0.768         NA
4      81.294       0.941      0.947         NA
5      82.936       0.743      0.757         NA
6      83.162       0.941      0.948         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 44.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

44.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 acru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.183820
2 acru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.394117
3 acru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.153445
4 acru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.283034
5 acru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.221093
6 acru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.175796
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 44.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 44.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

44.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 44.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

44.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : acru

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
acru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acru_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

44.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 acru_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 acru_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  626.0      96.236      96.289
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  626.5      96.236      96.338
  calibration validation evaluation
1       0.926         NA         NA
2       0.995         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 44.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 acru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 acru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 acru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 acru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 acru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 acru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.457590
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.490732
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.413810
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.448266
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.490867
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.540986

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 44.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 44.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

44.3 Projections

44.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acru/current


sp.name : acru

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acru/acru.AllModels.models.out )

models.projected : 
acru_PA1_RUN1_GAM, acru_PA1_RUN1_MARS, acru_PA1_RUN1_MAXNET, acru_PA1_RUN1_GBM, acru_PA1_RUN1_ANN, acru_PA1_RUN1_RF, acru_PA2_RUN1_GAM, acru_PA2_RUN1_MARS, acru_PA2_RUN1_MAXNET, acru_PA2_RUN1_GBM, acru_PA2_RUN1_RF, acru_PA3_RUN1_GAM, acru_PA3_RUN1_MARS, acru_PA3_RUN1_MAXNET, acru_PA3_RUN1_GBM, acru_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 44.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 44.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acru/current


sp.name : acru

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acru/acru.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
acru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acru_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 44.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

44.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acru/cont_gre


sp.name : acru

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acru/acru.AllModels.models.out )

models.projected : 
acru_PA1_RUN1_GAM, acru_PA1_RUN1_MARS, acru_PA1_RUN1_MAXNET, acru_PA1_RUN1_GBM, acru_PA1_RUN1_ANN, acru_PA1_RUN1_RF, acru_PA2_RUN1_GAM, acru_PA2_RUN1_MARS, acru_PA2_RUN1_MAXNET, acru_PA2_RUN1_GBM, acru_PA2_RUN1_RF, acru_PA3_RUN1_GAM, acru_PA3_RUN1_MARS, acru_PA3_RUN1_MAXNET, acru_PA3_RUN1_GBM, acru_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 44.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 44.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acru/cont_gre


sp.name : acru

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acru/acru.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
acru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acru_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 44.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

44.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 44.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 44.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 44.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 44.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

44.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

44.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 44.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 44.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 44.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 44.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

44.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 273         376         471         453.9164    514         727   0      2000
 2 245         424         503         469.1598    536         665   126    2040
 3 222         398         495         453.2507    529         616   126    2060
 4 239         417         490         460.5170    526         623   126    2080
 5 222         405         513         461.5458    535         603   126    2100
 6 248         434         512         474.5617    541         650   245    2040
 7 227         369         505         459.8017    534         601   245    2060
 8 214         310         488         441.2815    534         624   245    2080
 9 191         277         449         414.8810    516         605   245    2100
10 240         423         507         469.0873    541         645   370    2040
11 218         346         499         447.5185    534         601   370    2060
12 160         253         397         377.7971    510         585   370    2080
13 197         280         348         351.5555    415         621   370    2100
14 250         428         492         463.8382    525         614   585    2040
15 215         323         500         452.0092    543         620   585    2060
16 180         306         399         385.8206    448         653   585    2080
17 179         248         284         293.7905    335         468   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 44.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.