45 Aria edulis

45.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.9gyh2b
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232109-230224095556074
  Created: 2023-05-11T07:13:45.446+00:00
  Modified: 2023-05-11T07:19:02.507+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232109-230224095556074.zip
  Total records: 124995

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 124995 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -16.620789 ymin: -41.45 xmax: 147.15 ymax: 68.2139
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 124,995 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 2     1e9 75956ee6-… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 3     1e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 4     1e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 5     1e9 75956ee6-… http://sigo… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 6     1e9 75956ee6-… http://sigo… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 7     1e9 75956ee6-… http://sigo… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 8     1e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 9     1e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
10     1e9 75956ee6-… http://cbnp… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
# ℹ 124,985 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 124 995 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Aria edulis dans le monde.

Figure 45.1: Occurrences de Aria edulis dans le monde.

45.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.999975999
[1] 0
[1] 8.000320013e-06

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Aria edulis dans la région d'endémisme.

Figure 45.2: Occurrence de Aria edulis dans la région d’endémisme.

45.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      119817         3859         1316 
[1] 96.91260241
Occurrence de Aria edulis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 45.3: Occurrence de Aria edulis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 121133

45.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.351358 ymin: 34 xmax: 32 ymax: 68.2139
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    1 e9 75956ee6-… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 2    1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 3    3.e9 bc27185d-… 226626a2-1b… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 4    3.e9 ae771b09-… 182e7e3e-94… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 5    3.e9 f11a63fa-… f5dbfe19-41… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 6    3.e9 e5f16d86-… 98c112f3-e2… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 7    1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 8    2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
 9    3.e9 f11a63fa-… 1505fd00-b7… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
10    2 e9 86306e4b-… bf533ad2-c3… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Aria  Aria e… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

45.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Aria edulis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 45.4: Occurrence de Aria edulis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

45.2 Modélisation de la niche climatique

45.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.351358, 32, 34, 68.2139  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ared Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  ared

     24999 presences,  0 true absences and  72872 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.048   Min.   :-11.803   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.28   1st Qu.: -8.692   1st Qu.:  7.959   1st Qu.: 617.6  
 Median :23.42   Median : -3.360   Median : 12.091   Median : 713.1  
 Mean   :24.76   Mean   : -4.375   Mean   : 11.547   Mean   : 753.4  
 3rd Qu.:27.97   3rd Qu.:  0.152   3rd Qu.: 15.762   3rd Qu.: 895.0  
 Max.   :46.10   Max.   : 12.036   Max.   : 24.973   Max.   :1393.2  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.779  
 1st Qu.: 181.0   1st Qu.: 21.113  
 Median : 224.0   Median : 30.270  
 Mean   : 233.8   Mean   : 34.476  
 3rd Qu.: 292.0   3rd Qu.: 39.024  
 Max.   :1264.0   Max.   :123.760  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 45.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174996, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.47917, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 45.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

45.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for ared_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ared_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ared_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ared Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  ared_PA1 


-=-=-=--=-=-=- ared_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  ared_PA2 


-=-=-=--=-=-=- ared_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  ared_PA3 


-=-=-=--=-=-=- ared_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

45.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    ared_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  758.0       95.52
2    ared_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  755.5       95.59
3   ared_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  594.0       96.30
4   ared_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  594.5       96.30
5 ared_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  364.0       96.40
6 ared_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  370.5       96.24
  specificity calibration validation evaluation
1      76.590       0.721      0.721         NA
2      76.575       0.840      0.840         NA
3      92.085       0.884      0.893         NA
4      92.090       0.980      0.981         NA
5      92.440       0.889      0.896         NA
6      92.740       0.980      0.981         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 45.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

45.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 ared_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.448488
2 ared_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.240962
3 ared_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.020406
4 ared_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.878521
5 ared_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.069317
6 ared_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.085599
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 45.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 45.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

45.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 45.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

45.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : ared

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
ared_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ared_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

45.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ared_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ared_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  631.0      95.968      97.352
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  639.5      95.852      97.489
  calibration validation evaluation
1       0.933         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 45.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ared_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ared_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 ared_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 ared_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 ared_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 ared_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.088900
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.099102
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.019498
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.519960
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.107783
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.125428

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 45.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 45.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

45.3 Projections

45.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ared/current


sp.name : ared

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ared/ared.AllModels.models.out )

models.projected : 
ared_PA1_RUN1_GAM, ared_PA1_RUN1_MARS, ared_PA1_RUN1_MAXNET, ared_PA1_RUN1_GBM, ared_PA1_RUN1_RF, ared_PA2_RUN1_GAM, ared_PA2_RUN1_MARS, ared_PA2_RUN1_MAXNET, ared_PA2_RUN1_GBM, ared_PA2_RUN1_RF, ared_PA3_RUN1_GAM, ared_PA3_RUN1_MARS, ared_PA3_RUN1_MAXNET, ared_PA3_RUN1_GBM, ared_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 45.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 45.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ared/current


sp.name : ared

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ared/ared.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ared_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ared_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 45.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

45.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ared/cont_gre


sp.name : ared

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ared/ared.AllModels.models.out )

models.projected : 
ared_PA1_RUN1_GAM, ared_PA1_RUN1_MARS, ared_PA1_RUN1_MAXNET, ared_PA1_RUN1_GBM, ared_PA1_RUN1_RF, ared_PA2_RUN1_GAM, ared_PA2_RUN1_MARS, ared_PA2_RUN1_MAXNET, ared_PA2_RUN1_GBM, ared_PA2_RUN1_RF, ared_PA3_RUN1_GAM, ared_PA3_RUN1_MARS, ared_PA3_RUN1_MAXNET, ared_PA3_RUN1_GBM, ared_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 45.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 45.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ared/cont_gre


sp.name : ared

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ared/ared.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ared_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ared_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 45.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

45.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 45.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 45.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 45.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 45.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

45.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

45.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 45.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 45.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 45.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 45.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

45.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 198         646         763         724.04566   839         883   0      2000
 2  89         260         552         516.29179   772         863   126    2040
 3  80         172         393         423.67067   687         847   126    2060
 4  83         197         404         443.15349   715         850   126    2080
 5  91         231         445         460.35414   695         837   126    2100
 6  89         250         526         512.40089   780         872   245    2040
 7  76         135         280         350.28413   547         805   245    2060
 8  69         116         255         320.76793   502         795   245    2080
 9  62          91         157         235.56778   367         686   245    2100
10  86         223         512         468.62537   704         841   370    2040
11  74         139         322         358.91076   559         812   370    2060
12  58          80         126         209.25338   343         659   370    2080
13  35          46          56          65.99970    73         217   370    2100
14  86         226         478         477.46702   737         856   585    2040
15  64         102         195         284.60845   457         765   585    2060
16  37          53          64          83.84361    96         267   585    2080
17  25          31          37          37.98481    44          66   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 45.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.