182 Scandosorbus intermedia

182.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.bx7rgv
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260117-230224095556074
  Created: 2023-05-24T19:59:53.783+00:00
  Modified: 2023-05-24T20:01:01.899+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260117-230224095556074.zip
  Total records: 44100

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 44100 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.08472 ymin: 37.06 xmax: 37.609839 ymax: 69.6487
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 44,100 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 3      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 4      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 5      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 6      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 7      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 8      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 9      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
10      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
# ℹ 44,090 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 44 100 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Scandosorbus intermedia dans le monde.

Figure 182.1: Occurrences de Scandosorbus intermedia dans le monde.

182.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.999047619
[1] 0.0008843537415
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Scandosorbus intermedia dans la région d'endémisme.

Figure 182.2: Occurrence de Scandosorbus intermedia dans la région d’endémisme.

182.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      11353 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       1490 
                                                    CC0_1_0 
                                                      28610 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       1739 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        851 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         15 
[1] 92.67102456
Occurrence de Scandosorbus intermedia dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 182.3: Occurrence de Scandosorbus intermedia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 40829

182.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -7.5595 ymin: 37.09944 xmax: 36.193724 ymax: 69.6487
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     8 e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 2     2 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 3     2 e9 67fabcac-… 15972809     Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 4     2 e9 67fabcac-… 14184027     Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 5     3.e9 67fabcac-… 22413703     Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 6     2 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 7     2 e9 67fabcac-… 10700316     Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 8     2 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
 9     2 e9 b124e1e0-… urn:uuid:4f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
10     2 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Scan… Scando… NA                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

182.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Scandosorbus intermedia dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 182.4: Occurrence de Scandosorbus intermedia dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

182.2 Modélisation de la niche climatique

182.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -7.5595, 36.19372, 37.09944, 69.6487  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= scin Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  scin

     24909 presences,  0 true absences and  72894 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.104   Min.   :-12.205   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:19.82   1st Qu.: -8.800   1st Qu.:  8.886   1st Qu.: 645.9  
 Median :21.32   Median : -4.856   Median : 13.281   Median : 738.5  
 Mean   :24.13   Mean   : -4.868   Mean   : 12.302   Mean   : 767.3  
 3rd Qu.:27.86   3rd Qu.: -0.135   3rd Qu.: 15.698   3rd Qu.: 898.6  
 Max.   :45.86   Max.   : 11.320   Max.   : 26.344   Max.   :1393.2  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.126  
 1st Qu.: 173.0   1st Qu.: 23.560  
 Median : 208.0   Median : 30.405  
 Mean   : 210.7   Mean   : 35.847  
 3rd Qu.: 241.0   3rd Qu.: 39.011  
 Max.   :1257.0   Max.   :123.722  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 182.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174636, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 182.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

182.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for scin_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for scin_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for scin_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= scin Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  scin_PA1 


-=-=-=--=-=-=- scin_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  scin_PA2 


-=-=-=--=-=-=- scin_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  scin_PA3 


-=-=-=--=-=-=- scin_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

182.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    scin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  566.0      96.281
2    scin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  565.5      96.281
3   scin_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  726.0      92.623
4   scin_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  657.5      93.521
5 scin_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  395.0      93.050
6 scin_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  382.5      93.536
  specificity calibration validation evaluation
1      73.595       0.699      0.692         NA
2      73.595       0.783      0.783         NA
3      96.180       0.888      0.884         NA
4      95.315       0.986      0.983         NA
5      96.200       0.892      0.887         NA
6      95.730       0.987      0.984         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 182.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

182.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 scin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.477871
2 scin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.230402
3 scin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.074707
4 scin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.162413
5 scin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.055621
6 scin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.168910
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 182.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 182.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

182.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 182.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

182.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : scin

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
scin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, scin_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

182.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 scin_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 scin_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  445.0      97.471       96.28
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  444.5      97.471       96.28
  calibration validation evaluation
1       0.937         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 182.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 scin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 scin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 scin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 scin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 scin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 scin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.477855
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.200613
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.035539
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.142866
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.021264
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.054069

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 182.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 182.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

182.3 Projections

182.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/scin/current


sp.name : scin

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/scin/scin.AllModels.models.out )

models.projected : 
scin_PA1_RUN1_GAM, scin_PA1_RUN1_MARS, scin_PA1_RUN1_MAXNET, scin_PA1_RUN1_GBM, scin_PA1_RUN1_RF, scin_PA2_RUN1_GAM, scin_PA2_RUN1_MARS, scin_PA2_RUN1_MAXNET, scin_PA2_RUN1_GBM, scin_PA2_RUN1_RF, scin_PA3_RUN1_GAM, scin_PA3_RUN1_MARS, scin_PA3_RUN1_MAXNET, scin_PA3_RUN1_GBM, scin_PA3_RUN1_ANN, scin_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 182.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 182.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/scin/current


sp.name : scin

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/scin/scin.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
scin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, scin_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 182.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

182.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/scin/cont_gre


sp.name : scin

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/scin/scin.AllModels.models.out )

models.projected : 
scin_PA1_RUN1_GAM, scin_PA1_RUN1_MARS, scin_PA1_RUN1_MAXNET, scin_PA1_RUN1_GBM, scin_PA1_RUN1_RF, scin_PA2_RUN1_GAM, scin_PA2_RUN1_MARS, scin_PA2_RUN1_MAXNET, scin_PA2_RUN1_GBM, scin_PA2_RUN1_RF, scin_PA3_RUN1_GAM, scin_PA3_RUN1_MARS, scin_PA3_RUN1_MAXNET, scin_PA3_RUN1_GBM, scin_PA3_RUN1_ANN, scin_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 182.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 182.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/scin/cont_gre


sp.name : scin

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/scin/scin.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
scin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, scin_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 182.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

182.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 182.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 182.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 182.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 182.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

182.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

182.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 182.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 182.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 182.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 182.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

182.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 17          27          160         210.60199   352         705   0      2000
 2 15          22           40          71.85163    93         645   126    2040
 3 16          22           33          49.54437    54         549   126    2060
 4 15          18           29          41.05959    46         559   126    2080
 5 16          22           32          46.12528    50         540   126    2100
 6 15          22           37          63.05857    71         594   245    2040
 7 15          20           28          34.93448    40         471   245    2060
 8 16          21           25          28.08559    33         343   245    2080
 9 15          22           25          25.96068    29         233   245    2100
10 15          22           39          69.53554    87         627   370    2040
11 16          22           29          36.29314    41         462   370    2060
12 16          24           27          27.45336    30         184   370    2080
13 14          17           18          17.95308    19          34   370    2100
14 15          19           34          57.17488    66         610   585    2040
15 16          20           26          29.61413    35         365   585    2060
16 14          18           19          18.90488    20          47   585    2080
17 14          15           16          15.57341    16          22   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 182.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.